Daigo, accompagnato dalla fedele pantera-robot Clint, attraversa una landa desolata molto simile al deserto del far west in sella al suo motoscooter; sta andando ad arruolarsi come volontario nel reggimento terrestre comandato da Barry che è stato messo a difesa di Victor City.

Daigo si risveglia all'interno d'una base misteriosa nascosta dentro una montagna e vede così per la prima volta la giovane Roset, il piccolo Chokoma e Saori; quest'ultima le rivela d'esser nientemeno che sua sorella maggiore.

Daigo e Peggy vanno a cercare Dalph, che s'è recato a trovare la fidanzata Kathi. Ritrovano l'amico ferito, dopo esser stato attaccato dai Madocter che cercavano di impossessarsi di una preziosa mappa conservata gelosamente dalla ragazza da quanto gli è stata consegnata a suo tempo direttamente dalle mani del padre oramai defunto.

Saori si trova ancora bloccata a letto a causa delle gravi ferite riportate per aver voluto pilotare il Gordian. Consigliato dal padre Daigo sceglie di portarla alla sorgente sacra sotto la montagna ove si trova Santore; solo con le sue acque magiche si può difatti sperar di guarirla velocemente.

L'esercito terrestre si trova alle prese con la costruzione di una base militare nella Valle della morte, la quale secondo le intenzioni dei comandanti dovrebbe far da avamposto a difesa di Victor City.

Daigo e Peggy si recano assieme nella zona commerciale di Victor City per far spese e commissioni varie. In un ristorante però si rendono presto conto che tutti i camerieri fanno in realtà parte d'una pattuglia di nemici invasori.

Daigo si reca in licenza a trovare lo zio Gen, l'unico parente con cui è cresciuto. Tornato al paese della sua infanzia è immediatamente accolto con calore e cordialità dall'intera popolazione, la quale organizza anzi subito una festa di bentornato.

Roset accompagnata da Chokoma vanno alla ricerca di Daigo che sembra svanito letteralmente nel nulla; nel bel mezzo del deserto un soldato nemico moribondo fa in tempo a dire che Gordian è stato avvistato nelle vicinanze del paese di CapeVillage.

Nel quartier generale di Dokuma si trama nell'ombra, ognuno dei comandanti cerca difatti di prendere il sopravvento sugli altri per ricevere il comando supremo delle operazioni.

Il vecchio capo pellerossa chiamato Naso Rosso, dopo aver protestato animatamente ma senza alcun esito contro i Madocter che stanno costruendo una base militare all'interno del suo territorio, si reca al comando terrestre di Victor City per chieder aiuto.

Al reggimento sotto il comando di Barry viene ordinato di collaborare col gruppo che segue gli ordini dell'eroico ma alquanto altezzoso e superbo capitano Caster, abbigliato come un perfetto soldato nordista della guerra di secessione americana, il 7º reggimento.

Dalph accusato di furto viene allontanato dal reggimento di Barry, si tratta in realtà di una missione segretissima volta a scoprir un probabile traditore tra le file dell'esercito Mechacon.

I Madokter assumono lo spregiudicato e senza scrupoli pistolero Tross-Cross perché si metta alla ricerca e catturi un bambino che afferma di essere amico di Gordian e conoscer la sua ubicazione segreta.

I Madokter sono riusciti a stanare il professor Kadokura, vissuto fino a quel momento all'interno d'una base segreta nel bel mezzo del deserto; ma Gordian riesce ad aiutarlo, Daigo viene così a conoscenza di alcuni importanti avvenimenti riguardanti la storia sua e quella del padre.

Il piccolo Chokoma andato in città a far compere viene aggredito da un gruppetto di bulli da strada, ma fortunatamente viene soccorso appena in tempo da una donna di nome Anna Marina, la quale lo invita nella sua casa per esser medicato.

A Victor City l'acqua comincia a scarseggiare, le riserve sono infatti quasi esaurite: tutti si rendono immediatamente conto che senza acqua è la fine definitiva.

Tross-Cross, che da poco ha saputo d'esser stato l'involontario assassino del padre di Daigo, il celebre dottor Otaki, si offre di allenare il ragazzo con l'intento di farlo diventare un abile pistolero, agile ed acutissimo.

Tross-Cross ha rivelato a Daigo di conoscere il nome di colui che gli ha ucciso il padre quand'egli era ancora molto piccolo ed ora si trova a riflettere sui molteplici avvenimenti che si sono rapidissimamente succeduti a partire dal momento in cui andò ad arruolarsi da Berry.

I Madokter stanno aggredendo Victor City utilizzando le fognature e i profondi cunicoli sotterranei sotto di essa come passaggi: Daigo e Dalph tentano di sbarrargli la strada provando a chiudere il passaggio.

La misteriosa energia che ha permesso temporaneamente a Daigo di muoversi alla velocità della luce viene studiata con estrema attenzione dai Madokter, decisi più che mai a scoprirne il segreto ed impossessarsene.

Daigo, venuto a conoscenza del nome di colui che senza pietà gli ha assassinato il padre inerme, non esita a sfidare Tross-Cross a duello.

A Victor City c'è aria di rivolta, difatti un gruppo di ribelli capitanati da un certo Massimiliano, le cosiddette camicie blu, stanno tramando con l'intento di far sollevare l'intera popolazione e scatenar così una rivoluzione che giunga ad abbattere il governo dei Mechacon.

I Madokter sono riusciti a prendere in ostaggio dei bambini inermi; mentre Daigo cerca di imbastire un piano con l'intento di salvarli tutti senza alcun spargimento di sangue.

I Madokter stanno senza soluzione di continuità portando il loro attacco sempre più verso il cuore pulsante di Victor City, riuscendo addirittura a sequestrare l'attuale governatore della città, un uomo rimasto fino ad allora con un carattere pavido ed insicuro.

Victor City si trova sotto costante assedio, i feriti si sommano ai feriti e gli ospedali sono stracolmi. Daigo incontra un medico che si è dato disperatamente all'alcol dopo la perdita del suo unico figlio; l'allarme suona in continuazione mentre l'uomo in camice bianco vaga barcollante lungo i corridoi aggrappato alla bottiglia. Solo una giovane infermiera continua fedelmente e con fiducia a fargli da assistente.

Si combatte oramai senza soluzione di continuità strada per strada, le truppe poste a difesa di Victor City si trovano allo stremo delle forze; il capo indiano Naso Rosso cerca in un ultimo disperato tentativo d'invocare gli spiriti a favore dei Mechacon.

Durante il viaggio in direzione della montagna con le due teste di pietra scolpite, Santore, la carovana dei profughi guidata da Roset e Chokoma viene attaccata da un reparto Madokter nel bel mezzo del deserto.

Il nemico è giunto infine a prendere interamente il controllo di Victor City e comincia a riorganizzare le proprie truppe in vista di ulteriore consolidamento delle posizioni. Protetti all'interno di Santore intanto la popolazione civile prova a collaborare con i militari in preparazione della difesa comune di quell'ultimo baluardo di libertà rimasto loro.

Anita, la giovane sorella dell'ex rivoltoso Massimiliano viene scacciata e rifiutata da tutti gli altri rifugiati, le viene difatti scaricata addosso la responsabilità di tutti gli attentati e delle perdite umane subite dai cittadini di Victor City per colpa delle camicie blu comandate dal fratello.

I Madokter stanno avvicinandosi sempre più alla conoscenza ultima dei segreti della cosiddetta sostanza vivente denominata X-tron, scoperta ed utilizzata a suo tempo dal dottor Otaki per metter a punto il Gordian.

I Madokter desiderano al più presto possibile assoggettare al loro dominio anche l'intera Santore e, per penetrarne le difese, non esitano a procurarsi la cartina dell'intero agglomerato con l'inganno dalla moglie spaurita del defunto governatore.

I Madokter si sono accorti che Clint, la pantera nera meccanica, accompagna fedelmente in ogni occasione Gordian, e cercano di approfittarne; tentano di catturarla per attirare così Daigo in una micidiale trappola.

Daigo è riuscito via paracadute ad introdursi in uno dei campi di prigionia installati dai Madokter per rinchiudervi i soldati terrestri catturati; suo obiettivo è quello di liberare uno dei generali più valorosi rimasti ancora in vita.

Paul è seriamente preoccupato per la sorte che attende il padre, prigioniero dei Madokter; l'uomo difatti rischia d'esser presto giustiziato assieme ad altri inermi cittadini catturati.

Tutti i capi e i governatori delle città confinanti con Victor City e Santore si riuniscono in un'enorme sala congressi.

Un giovane abbigliato come un antico samurai riesce ad entrare senza esser scorto da alcuno fino alla sala comandi di Santore; si tratta di Ryoma, un caro amico d'infanzia di Daigo. Porta con sé dei piani preziosi che posson aiutare i Mechacon nella loro lotta in difesa della libertà.

Elias, la generalessa a capo della squadra adibita alla ricerca scientifica dei Madokter, viene fortunosamente intercettata e fatta prigioniera dai Mechacon; rifiuta però ogni tipo di collaborazione e si appresta a lasciarsi morire di fame.

Durante la prima grande catastrofe planetaria abbattutasi sulla Terra anni prima uno dei satelliti artificiali messi in orbita per monitorare costantemente la situazione nel mentre questa si evolveva, precipitò in mezzo al deserto. Ora, sia i Mechacon che i Madokter ne sono alla ricerca, entrambi fermamente convinti che le informazioni contenute al suo interno possano rivelarsi un prezioso aiuto per la propria causa.

È stata prevista, dopo accurati calcoli, la caduta d'un gruppo di grossi frammenti meteoritici; l'impatto sarà esattamente su Minor City. Purtroppo però il sindaco di quella città non sembra aver preso molto sul serio il segnale di pericolo.

I Madokter accerchiano e mettono sotto assedio la base-rifugio di Santore, questa volta con l'ausilio di un gigantesco cannone che punta direttamente contro la montagna.

Il dottor Otaki rivela per la prima volta l'esistenza di un dispositivo segreto nascosto a Santore, il cosiddetto "Sistema protezione base": due potenti cannoni posti ai lati della montagna che possono spazzar via in un batter d'occhio qualsiasi forza nemico.

A Santore si verifica una grave carenza di munizioni e armamenti difensivi, per cui si comincia a valutare l'ipotesi di chiedere aiuto a Cape Galaxy, il più grande centro commerciale della regione dove ci si può rifornire e comprare armi senza alcun problema di sorta. Si deve però richiedere la preventiva approvazione da parte della governatrice della città, la quantomai misteriosa Madame Quinn.

Daigo viene preso dalla nostalgia e ripensa con tristezza al caro zio Gen con cui aveva trascorso felicemente e spensieratamente l'intera infanzia e giovinezza prima di approdare dai Mechacon; torna così alla sua vecchia casa ora abbandonata e in preda alla rovina.

Con un attacco sferrato a sorpresa la città di Tiger City invade la vicina Rainbow City con l'intento d'impossessarsi delle loro preziosissime miniere di super-uranio; per cercar d'interromper al più presto la lotta fratricida, la quale giova solo ed esclusivamente ai Madokter, intervengono anche i Mechacon.

Ora la fortezza di Santore si trova a corto di cibarie e beni di prima necessità, parte dunque una squadra quasi totalmente femminile capitanata da Buck e Roset in direzione della ricca e prosperosa Maxell City.

Il generale Smith, superbo ed insolente capo di York City, giunge a Santore appena viene a conoscenza che Katy, sua nipote ed unico parente rimastogli, vi si trova.

Il satellite del pianeta che ha causato la prima catastrofe si sta sempre più pericolosamente avvicinando alla Terra, causando terremoti, eruzioni ma soprattutto una terribile siccità: i Mechacon, che stanno provando a convincere le città vicine ad unirsi in una lega anti-Madokter grazie all'opera diplomatica e persuasiva di Ryoma, portano per quanto è nelle loro possibilità, sollievo e conforto agli abitanti provati.

Oramai sia i Madokter sia i Mechacon son venuti a conoscenza delle enormi potenzialità insite nell'energia derivante dall'X-Tron; entrambi i gruppi pertanto inviano una missione per esplorare le profonde gallerie sotterranee presenti sotto la superficie di Victor City, dove sanno esservi ingentissimi giacimenti della preziosa materia prima.

Ryoma si appresta a dirigersi verso York City per provar a convincere i suoi governanti ad entrar a far parte della lega santoriana istituita dai Mechacon.

Berry, durante uno scontro campale, finge di esser rimasto gravemente ferito ad un braccio per poter in tal modo affidare provvisoriamente il comando a Daigo; vuole in tal modo dargli l'opportunità prendere confidenza con le responsabilità e i doveri superiori degli alti gradi dell'esercito.

Un tremendo tornado si scatena avvicinandosi sempre più a Santore e venendone a minacciar così l'integrità e sicurezza; accompagnato da una tormenta di neve e da un abbassamento drastico e del tutto inaspettato della temperatura, mette in serie difficoltà i rifugiati.

Geronimo, giovane ma valoroso capo tribù pellerossa, sedicesimo in linea di successione della sua stirpe, è alla disperata ricerca assieme ai suoi uomini del cosiddetto "schermo del sole": un'antichissima leggenda tramandata dalla sua gente afferma infatti che, seguendo l'indicazione del suo raggio, si potrà trovare la salvezza per l'umanità dalla "fine del mondo".

Ryoma, nel corso del suo peregrinare di città in città nel tentativo di convincerne gli amministratori ad allearsi ai Mechacon nella lega santoriana, giunge in un paese ove il suo sindaco lo accoglie molto malvolentieri.

Geronimo, assieme a Roset, Naso Rosso e agli altri, all'interno dell'astronave extraterrestre trovata per merito dello "schermo solare" in mezzo alla foresta, stanno ad ascoltare la storia appassionante raccontata loro da Adam III, unico superstite della sua antica razza e che li stava attendendo da molto tempo.

A Santore si cerca di spiegare la situazione ai rifugiati, alla luce delle nuove ed incredibili scoperte appena fatte: 50mila anni prima il pianeta Terra è stato colonizzato in contemporanea dagli abitanti di Estrom e di Dokma.

Roset, Geronimo e i suoi uomini si trovano imprigionati dentro una bufera di neve che sembra non lasciar scampo neppure alla luce del sole.

Il gruppo guidato da Geronimo riesce a giungere davanti all'astronave spaziale denominata da Adam Anoha e riescono faticosamente a penetrarvi proprio quando anche i Madokter giungono in vista all'orizzonte.

Durante il combattimento tra le due fazioni avverse l'Anoha rimane bloccata in mezzo ai ghiacci eterni; intanto Gordian viene mandato a portar soccorso ai superstiti di White City attaccati dai Madokter, tra cui si trovano anche i genitori di Peggy.

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