荒野を走る、赤いエアバイクとメカ豹。バイクを駆る青年の名はダイゴ大滝。メカコンに入隊するためビクトールタウンへと向かっているのだ。無事、街にたどり着き入隊を果たした夜、秘密結社マドクターのメカ部隊が街を襲撃した。メカコンの一員としてこれを迎撃するダイゴ。だが、敵の圧倒的な戦力の前に味方は全滅の危機に。そこに、どこからともなく青いロボットが現れた。

見知らぬ場所、サントーレで目覚めるダイゴ。彼を介抱していた女性は、自分をダイゴの姉サオリだという。家族は全て死亡したと信じていたダイゴは怒ってしまう。しかし、サントーレの少女ロゼが、ダイゴにサオリの火傷の原因を語った。サオリはダイゴを救うため、彼女にとっては危険な青いロボット、ゴーディアンに搭乗したというのだ。そこでダイゴは、なき父が遺したメッセージを聞く。

ダルフの恋人キャシーが持っていたビクトールタウンの設計図がマドクターの配下によって盗まれた。ダイゴはマドクターを追って赤い砂漠へ向かう。しかし、砂漠には敵のバトルピューター・ヘルアリゴンが待ち受けていた！共に追っていたメカコン隊に危機が迫る。

サオリのケガが悪化した。しかし、サントーレの秘密を守るため医者が呼べない。コンピュータの父は、サントーレの地下にある万病を癒す聖なる泉にサオリを侵せと言う。ダイゴはプロテッサーに乗り、サオリを連れて地下へ向かった。しかし、その頃マドクターのサソリアームがビクトールタウンを攻撃していた。

基地建設のため駆り出される第１８連隊。ところが、工事などダイゴにとっては面白い筈もなく、サボって銃の練習を始める。オマケに調子にのって、見張り台を破壊。さらに、バリー・ホーク隊長の命令を無視してマドクターを深追いし、基地の守りを手薄にしてしまった。その結果、別動隊の奇襲を受けて多くの死傷者が出た！バリーに叱られたダイゴは、隊を辞めると言っては飛び出す。

ダイゴはピーチィと休日のショッピングに出掛けていた。偶然立ち寄ったレストランの窓から奇妙なモニュメントが公園に作られているのを見かける。公園は建造が禁止されている区域なのだ。その話をしていると突然店員が襲いかかってきた！

ダイゴはゴーディアンを駆って、カーペ・ヴィレッジに住む育ての親、ゲン爺さんに会いに出かけた。しかし、その動きはマドクターに察知されていた！ダイゴの帰郷を歓迎するパーティ会場を襲い、懐かしい人々を殺していくマドピュータ・モノラドン。しかも炎に包まれた会場にはまだゲンが残っていた。

故郷を焼かれ、ゲン爺さんを失ったダイゴは放心状態に陥っていた。彼を追ってカーペ・ヴィレッジまでやって来たピーチィは彼に手錠をかける！４８時間の無断外出に加え、今まで様々な違反を起こしていたため、逮捕命令が出たのだ。その頃、マドピュータ・ムカデックの大群がカーペ・ヴィレッジ近辺に迫っていた。

マドクター内部ではサクシダー、クロリアス、エリアスの３人が総統の座を狙って激しく争っていた。中でもサクシダーとエリアスは、最近頭角を現してきたバラスを引き入れようと策謀を巡らす。その動きを知ったクロリアスは、部下のギラリスとバルバダスに、自分の出動中、バラスを射殺しろと命令する。

ビクトールタウンに１人のインディアンが辿りついた。彼の名はレッド・ノーズ。彼の土地にマドクターが基地を建設したため、救援を求めて来たのだ。ダイゴとピーチィ、ダルフは爆破のスペシャリストのブラスター・バックに連れられ、徒歩で現地へと向かう。４人は基地に潜入、爆破に成功する。しかし、バックが負傷したうえ、敵に包囲されてしまう。

ダルフが缶詰泥棒の容疑者に！？食料危機の折り、彼は隊を辞めさせられてしまう。しかしそれは偽装だった。彼の故郷ロスシティにある秘密工場に、新型設計図を届ける秘密任務を受けたのだ。マドクターのスパイはその計画を察知、工場を破壊するためマドピュータ部隊をロスシティへと進軍させた！

ゴーディアンが友達と嘯く少年がいた。彼を捜す命令が１８連隊に下る。ダイゴは荒野でならず者にさらわれかけた少年ヤシンを助ける。ヤシンこそダイゴが捜していた少年だった。しかし、マドクターに雇われた名うてのガンマン、トロス・クルスにヤシンをさらわれてしまう。

ビクトールタウンの設計者・カドクラ博士がマドクターの襲撃を受けていた。助けに入ったダイゴの名を聞いて喜ぶ博士。彼はダイゴの父・大滝博士の知り合いだったのだ。ダイゴは博士のライブラリーで昔の記録を見る。そこには巨星ソコネスが地球をかすめた過去の映像が残されていた。

チョコマはタウンでの買い出しの帰りに不良にからまれ、マリーナと言う女性に助けられた。優しい母のようなマリーナにひかれた彼は、ロゼにも内緒で彼女の養子になることを決心する。マリーナも喜び、２人はお祝いに旅行に出かけることに。ところが、ピクトールタウンを出た所でマドクターの隊員が現れた。

ダムが破壊され、タウンは深刻な水不足に陥っていた。雇われガンマンのトロス・クリスは、マドクターの領地にあるグリーンレイクの淵を爆破、かつてのようにタウンまで川を流そうと申し出た。長官は大金を払って計画の実施を依頼する。ただし、目付け役にダイゴが同行することに。

トロス・クルスはダイゴに、彼の父を殺した奴を知っていると告げる。ダイゴは、トロスを問い詰めるがその最中、街に爆発音が響きわたる。闇に紛れ、マドクターのスナイパーが潜入、中央発電所が占拠されたのだ。トロスはダイゴに闇の中でも戦えるように銃の訓練を施した。

ダイゴはサントーレの崖上からビクトールタウンを眺めて、もの思いにふけっていた。ただ、カッコイイからという理由でメカコンに入隊したのに、思いもかけない事態に巻き込まれてしまったのだと・・・。様々な事件を思い起こすうち、ダイゴはマドクターを倒さなければという衝動にかられて、ゴーディアンで出撃してしまう。

サクシダーのマドピューター部隊がビクトリータウンを包囲した。そして、２時間以内にタウンから退去しなければ、毒ガスを積んだ小型のスカンドラを市内で破壊すると脅迫。メカコンは防毒マスク装備の隊員にスカンドラを退治させることにする。ダイゴは仲間と合流しようと崖道を進んでいたが、途中マドクターと遭遇、崖下に落とされてしまう！

ダイゴはビクトールタウンの地下で不思議な建物を見た。サオリと共に再び地下へ向かうが、そこには何も無かった。ダイゴは父親を問い詰めようとサントーレへと帰っていった。しかし、その場にはトロス・クルスと、彼に雇われたハナマキ博士が隠れていた。博士はこの場所に人工の力が働いていて、これだけの物を造れるのは「プロジェクトＸ」を提案した大滝博士しかいないという。

滝の前で睨み合うダイゴとトロス。トロスはキョウタロウから、いまのダイゴに足りないもの「死と向き合った時の闘志」を引き出す役を引き受けたのだ。ダイゴは気迫を見せ、トロスにとどめを刺そうとするが、サオリに止められる。サントーレを血で汚したくないというのだ。ダイゴは父にマウンテンホーンに行けと言われる。

ビクトールタウンで青シャツ党によるテロが起き始めた。ピーチィは第１３地区の青シャツ党の幹部ゲバリスタの会議を盗聴するが、党員のアニタに発見されてしまう。助けに入ったダイゴはアニタを人質にし、ゲバリスタに会う。

マドクターは第１２地区に攻め込み、体育館に避難していた子供たちを人質にとった。１２地区に取り残されたダイゴとピーチィは、ピーチィの幼なじみのポールと、ジョー少年と協力することに。マドクターが知らないはずの裏道を使い、メカコンとの連絡に出たジョーが襲われた。

マドクターの占領地区境の戦いは熾烈を極めた。そんな折り、西側の地下からマドピュータの反応があるとチョコマが言ってきた。ダイゴは市中央のビクトールハウスを地下から狙う計画だろうと考え、知事のガードに向かう。しかし、護衛のメカコンに化けたマドクターが知事をさらってしまう。

長官のもとに援軍要請に赴いたダイゴは、いきなり第５地区の医療センターの手伝いに回されてしまう。しかし、ここにも戦火が迫っていた。病人の避難はほぼ終ったが、まだ医者ドブロスが病院に取り残されていた。ドブロスは５年前に息子をマドクターに殺され、以来酒浸りになってしまったのだ。

ビクトールタウンのほとんどがマドクターに占領されてしまった。ビクトールハウスを死守していた１８連隊も敵に囲まれ、苦境に陥っていた。その頃、メカコン本部ではレッド・ノーズがタウンの南から炎の魔王が来ると予言。魔王とは闘獣士ムシャロン4体を含む、マドクターの総攻撃部隊のことだった。

ゴーディアンは４体のムシャロンの連係攻撃に苦しめられていた。１８連隊も弾薬の残りが僅となり、苦境に陥る。その頃、ロゼの道案内で崖伝いにサントーレへと向かっていた市民にマドクターの空挺部隊が迫っていた。

マドクターは、バルバダスの後釜に東西南北の４将軍を配置するなど、新体制を整えていた。その頃、サオリは長官やバリーにサントーレを案内していた。サントーレには一般市民の居住区、メカコン用の指令室など、これからの生活に必要な全ての設備が整っていた。そこに飛びこんでくるジョー。ポール達が捕われている両親を助け出そうと、ビクトールタウンへと出かけて言ったというのだ。

サントーレでも新たな組織作りが始まっていた。メカコンも解体され、新たにサントーレ隊が組織された。だが移住区では、女の子がアニタと同じ部屋に住むのを嫌がり、騒ぎを起こしていた。青シャツ党だったアニタへの風当たりは強く、彼女の職業先さえ決まっていなかった。アニタは兄の罪を償うべく、青シャツ党が掘った穴を使ってドクマ殿の爆破を試みる。

生活が落ち着いたためか、サントーレの中に沈滞ムードが広まりつつあった。暗い雰囲気を吹き飛ばすためにとパーティが開かれた。だがその頃、ビクトールタウンの地下通路では、エリアスがプロジェクトＸの秘密を捜索していた。そして、ついにイクストロネネルギーを発掘。ダイゴは父からの報せきを聞き、エリアスの行動を阻止するべく、特殊攻撃班と共に襲撃する。

イクストロンがタウンの地下から南東５キロの荒野へ移動した。マドクターは、まず邪魔なサントーレを破壊しようと考えた。だが、鉄壁の要塞サントーレは、マドクターの攻撃を寄せつけなかった。一方、メリー知人を頼ってビースタンドタウンに行こうとする。しかし途中、サクシダーに見つかってしまう。

マドクターは、ゴーディアンと一緒に行動するメカ豹に狙いをつけた。サントーレで子供たちが誘拐される事件が起きた。早速捜査に出るダイゴとクリント。子供は見つかるが、クリントは敵のメカウルフを深追いし、ビクトールタウンへ誘い込まれてしまう。ダイゴはバリー達の制止を振り切り、ゴーディアンでタウンへと踏み込んだ。

激しい雷雨が叩きつける中、ダイゴがビクトールタウンへと潜入した。マドクターに捕われたロイド将軍を救済するためだ。サントーレ防衛のためには、優れた戦略家であるロイド将軍と、その部下の力が必要なのだ。将軍と面会し、脱走のための穴を掘るダイゴ。ついに決行の日が来た！当初、脱走は成功したかに見えた。しかし、地面に電流が流されていて、脱走がばれてしまう。

南の収容所に収監されている一般の処刑が始まるという。全部隊で陽動をかけ、その間にダルフとポールを中心とした少年隊が収容所を襲い、救出する計画になった。だが、父の姿を見たポールが独断先行し、計画は失敗に終る。父親と再会したポールは、処刑はゴーディアンを葬るための罠と知らされる。

タウン会議が開かれることになった。死んだ知事のかわりに、アンノンジー長官とバリーが出席することに。各タウンの代表者が集まり会議は始まるが、代表者の中にマドクターが紛れていた。そしてサクシダーが、議長が搭乗するビーチタウンの飛行機を襲撃。

ダイゴの竹馬の友、オカモト竜馬がサントーレを訪れた。竜馬は今まで各地を放浪し、マドクターによって滅ぼされたいくつもの街を見てきた。そして、マドクターに対抗できる力を持っているのはサントーレしかないと考え、軍師となるためにやって来たのだ。彼が旅の途中で見た巨岩戦車が、新月の闇に紛れ、守りの手薄な地点から攻めてきた。

偵察に出たダイゴと竜馬は、遠乗りに出ていたエリアスを捕らえた。エリアスから聞きだしたところ、マドクターは紀元前４千年頃、エジプトで発祥したという。それ以降、歴史の裏から世界を操ってきたのだ。そして今、選ばれた民だけによるマドクター王国建設を計画している。そのためにプロジェクトＸを狙っているというのだ。

ピーチィが砂嵐の中から、２０年前に堕落し、行方不明になった観測衛星の破片を発見した。衛星のデータを悪用されたら大変なことになる。早速、衛星の捜索が始まった。竜馬は天気図から現在の砂嵐が偽装で、マドクターもまた衛星を捜していると推測する。その後、ピーチィが衛星が埋まっている場所を発見。だが、マドクターとの争奪戦になってしまう。

回収した衛星のデータを解析した結果、再び地球に危機が迫っている事が判明した。新たな隕石群が地球に接近し、未知の放射能であるイクストロンを含んだ隕石が地球に降り注ぐというのだ。隕石を破壊するべく、落下地点のマイナータウンへ向かうダイゴ達。だが、マドクターもその動きを知り、待ち伏せを仕掛けてきた。

マドクターはサントーレの硬い岩盤をも打ち砕く、巨大砲塔を開発した。ダイゴたちの目が囮部隊に向いている間に、砲台をサントーレの近くに据えつける。さらに人質を楯にして、ダイゴ達を手の出せない状態にする！サントーレの外壁に穴を開けたマドクターは、メカコンと市民の退去を求めてきた。

カウビレッジがマドクターに襲われた。カウは、かつてビクトールタウンの保護下にあった村だ。出動しようとするゴーディアン。だが、寸前にサントーレの射出口が破壊され、ガービンとデリンガーの感応装置が故障・使用不能になってしまう。

ダイゴたちは武器と弾薬を仕入れるため、ケープギャラクシータウンへと向かった。タウンの権力者、マダムクィーンと面会するダイゴ達。クィーンを見て動揺するサオリ。ダイゴ達の直後に、マドクターが面会に訪れた。

母を失ったダイゴ。彼は、ゲン爺さんが何かを遺していた可能性を期待して、カーペ・ヴィレッジへと向かった。懐かしの我が家には、シスターミッチェルと、マドクターの攻撃で声を失ったエリンコが住んでいた。

タイガータウンの市長は、第２のビックカタストロフの到来を知っていた。そこで脱出用宇宙船のエネルギー・ネオヘリウランを狙ってレインボータウンの攻撃を開始。そこでサクシダーは、タイガータウンへの援助を申し出る。

生活物資が底をついたため、プロテッサーと買い出し部隊が商業都市マクセルタウンへ向かった。だが、タウンの市長はサントーレ側の提示した額の２倍にあたる金額を吹っ掛けてきた。

キャシーの祖父、ヨークタウンのスミス将軍がやって来た。彼はサントーレの市民をヨークへ避難させると言ってきた。人々は、市民だって戦えると反発。さらに将軍は孫娘を連れ戻そうと考え、男らしく見えないダルフを罵倒する。

異常な干ばつが起きた。マドクターは人々の不安に付け込み、異変から守る術を知っていると嘯き、同盟を作り始める。ダイゴはスタータウンのクーパーの説得に向かう。成功すれば義兄に当たるジョージ市長のジョージタウンとも同盟が結べるのだ。

バルカーノ地方でマグニチュード１５という大地震が起きた。これはウカペのイクストロンの影響による。ビックカストロフの始まりと思われた。父からイクストロンの重要性を聞き、荒野に眠るイクストロンの探索に向かうダイゴとメカコン。

異常な長雨が降っていた。サントーレは各タウンと同盟を結ぶため、竜馬を大使として派遣することを決意した。最初に訪れる場所をヨークタウンにし、ダルフやキャシーと共に出発する竜馬。途中、マドクターの待ち伏せにあう。

異常な長雨は終わった。マドクターは大部隊を使って、荒野のイクストロンの掘り出しを始めていた。ダイゴは負傷したバリーの代行として指揮をとり、地下道を使ったボーリング爆破作戦を開始する！

ウカペが地球に接近しはじめた。その影響をうけ、各地に竜巻が発生した。そしてサントーレにも竜巻が襲いかかってきた。それに乗じて進軍してくるマドクター軍。地雷源の修復に出たバックの隊がマドクターに襲われた。

地球に氷河期が訪れようとしていた。そんな時、ダイゴはジェロニモ１６世と再会する。彼はインディアンの神話に語り継がれてきた美しき命を導くという"太陽のすかし"を捜していた。

ビックカタストロフの影響は、各地で大きな自然災害を起こしていた。そんな中、竜馬はマドクターに対抗するサントーレ同盟を結ぶため、ヨーロッパ共同体タウン＝ECTを説得に訪れていた。

吹雪の中、太陽のすかしを求めてカナードの遺跡を訪れたジェロニモ１６世達。彼らの後を追跡していたエリアスは、遺跡発見を本部に報告。知らせを受けたバラスは、闘獣士ドードを差し向ける。

ピーチィの緊急連絡で、サントーレへ帰還したダイゴ。何と、マドクターとの戦い以外に不安を抱いた人々が長官室に押しかけていたのだ。サオリは全てを人々に公表しようと提案する。

ビックカタストロフの到来を知った人々は、徐々にサントーレに移動しつつあった。だが、マドクターはこれらの人々を標的にした。これに対し、サントーレはレスキュー隊を組織。一方、ジェロニモたちはアノー号を求めて猛吹雪の中を突き進んでいた。

アノー号を求めて旅を続けるジェロニモの一行は、ようやく目的の地キンバリー山系に到着する。しかし、ジェロニモの部下達が、太陽が出ないのがロゼのせいだと騒ぎ始める。

イクストロンが使えないことから、アノー号に補助エンジンを取り付ける作業を急ピッチに進めるダイゴ達。その最中、サントーレへ向かうホワイトタウンの人々が襲われているとの報を聞き、ゴーディアンが現場に急行。救出された人々は一時アノー号に収容された。

竜馬は荒廃したジョージタウンでサントーレ同盟の総仕上げとして、マドクターの青年将校・ガウスたちと密会の場を持つ。ところが、スパイからの暗号通信でそれを知ったサクシダーは自ら現場に赴いた。

マドクターの反撃もすさまじく、苦戦を強いられるアノー号。そして新たに、敵の空挺部隊が追っていた。だが、ガウス達反乱部隊がそれを迎撃。怒り心頭のバラスは、闘獣士コンコルダスにダイゴ達の注意をそらさせ、その間、レインジャー部隊にアノー号の補助エンジンを爆破させる作戦を決行する。

竜馬の死に報いるためにも、アノー号奪回に執念を燃やすダイゴ達。残留していたバック達の特殊工作により、マドクターの補助エンジン取り付けは失敗。そこでドクマ大帝統は、作業の陣頭指揮を総統バラスに命じる。

ハナマキ博士はアノー号の中に、プロジェクトXの鍵となるクローンスリープルームを発見する。一方、イクストロンの制御方法を入手したドクマ大帝統は、４人の女性による暗殺のプロ"影"にダイゴ大滝暗殺を命じた。

マドクターは３将軍に、サントーレ総攻撃を命じた。ゴーディアンはこれを退け、敵のサイマドックが戦死。一方、サクシダーはこの戦いを観察し、ゴーディアンの３体分離時に一瞬の隙があることを発見する。

バラスが倒されたことで、業を煮やすドクマ大帝統。冷えきった地球に停まることに耐えきれず、４日以内に総攻撃を仕掛け、アノー号を奪取せよ厳命する。ドクマンと死闘を繰り広げたゴーディアンが無傷であるはずがないと確信するエリアスは、残る２将軍にゴーディアンの観察を命じた。

イクストロンを利用した砲台を設置し、総攻撃の準備を整えるマドクター。一方、ダイゴ達はマドクターとの決戦に勝ち、人類救出計画＝プロジェクトXを成功させるために話し合う。その場で大滝博士は、ドクマ殿を破壊するため自らのエネルギー回路を変換し、イクストロン砲を作動させることを提案する。

エリアスの号令の下、マドクターは総攻撃を開始した。それを察知したサントーレは総攻撃シフトを敷いて対応。第一攻撃、ドクマ殿に向け、立て続けにイクストロン砲を２発発射。が、ドクマ殿は回転しながらそれを交わす。戦いは熾烈を極める。

最終決戦に勝利したダイゴ達は、地球居残り組に別れを告げ、アノー号を発進させた！目指すは、人類が移住可能な新天地。しかし、船には未知の部分が多いため、各部署に担当者を配置。艦長にはバリーが、副艦長にはサオリと、次々に担当者が決まる中、乗員の前にカナードの遺跡で死んだはずのアダムスリーが現れた。

太陽系を離れ、銀河系に進路をとるアノー号の前に、エネルギー波を放つ発光体が現れた。早速コンタクトを試みた乗員達は、発光体から使者を交換しようという返答を受ける。バックと護衛のゴーディアンが向かうが、発光体の中にはドクマ円盤が潜み、拿捕されてしまう。

オリオン星雲にさしかかったアノー号は、SOS信号を受信。発信者は２０年後の地球から発進したサントーレ号の艦長・ジェロニモ１７世だという。発信地点、次元の谷へ直行するアノー号。一方、通信を傍受したマドクターもまた現場へ向かう。

イクストローム星人の超高速波をキャッチしたアノー号は、発信元の惑星へ進路をとった。一方、ドクマ円盤もこれを追う。アダムスリーはこの星が、ストローム＝希望の惑星だという。喜び勇んで地球に似た星の調査を開始するダイゴ達。

アノー号はＳ１５惑星の南連合に所属するイクストローム星人ゴメスから送られた、救援を要請する内容のディスクを回収。同惑星の北連邦がドクマと密約を結んで侵略戦争を開始する。

イクストローム星人の子孫が乗る移民船がドクマ殿艦隊に追われ、救助を求めていた。アーカーシャと名乗る存在がその要請に応え、イーレム通信で移民船を誘導するが、謎の空間に激突、爆沈してしまう。通信をキャッチして発信源へ向かうアノー号。

ピーチィから調査隊がマドクターと交戦中との報告を受けたアノー号は、コンバット隊を派遣。アダムスリーはゾーンの彼方にある超宇宙こそ、捜し求めてきた生存可能領域であることを推測し、消滅してしまう。バリーはダイゴ達を帰還させ、ゾーンへ突入を決意する。