読書と空想が好きなぼっち気味の女子高生、鍵村葉月。現実を忘れ物語に没頭する 『物語症候群』 の持ち主である葉月はある日一冊の古めかしい本と、魔法使いの少女と出会う。 「好きです！」 思わず告白してしまった少女を追って図書館に飛び込んだ葉月は、まさかの魔法学園にワープしてしまうのだった。

魔法の力を秘めた物語の 『原書』。迷い込んだ先のクズノハ女子魔法学園で学園長と出会った葉月は、自分が 『シンデレラ』 の原書に選ばれたと告げられる。 『原書使い』 を目指す見習いの 『メドヘン』 になった葉月は、魔法使いの少女・土御門 静に教わり、基礎魔法 『ブーフ・ヒュレ』 に取り組むがうまく行かず…。

年に一度、各国の魔法学園の間で行われる対抗戦 『ヘクセンナハト』。この大会で優勝した選手には、どんな願いでも叶う魔法が与えられるという。その出場枠をかけた日本校対諸国連合の最終予選の日取りが決まった。その試合を、そして新しく見つかったシンデレラの原書を見るため、続々と各校のリーダーが集まってくる。

アメリカのリン、ロシアのマリヤ、中国の雪梅・雪蘭、インドのマハーカーリー。各校代表の露天風呂バトルの幕が開ける…!? 葉月はイギリス代表のアーサーに心の弱さを指摘され、諸国連合リーダーのカザンに戦いを挑まれ傷を負ってしまう。それを見た静は 「私はあなたの友達ではありません」 と冷たく別れを告げるのだった。

原書との契約を打ち切り記憶を消す薬を受け取った葉月は魔法学園を去る。そんな葉月の前に現れた学園長が語る、ある一人のメドヘンの昔話とは…。葉月抜きで諸国連合との最終予選に挑む決意をした静、有子、舞。決戦の時はクリスマス、逃げることをやめた葉月は静のもとへと急ぐ。走れ葉月！

強敵・諸国連合に苦戦を強いられる日本校。今大会三強の一人、 『かぐや姫』 の原書使いである静の最終魔法 『月の船』 が 『酒呑童子』 カザンの最終魔法 『大泥棒』 によって奪われてしまう。静の大ピンチに空から降ってきた葉月は、ついに自分の物語を見つけると大胆にも原書 『シンデレラ』 を書き換え、新しい題名を宣言する。

最終予選から1ヶ月後。マリヤ率いるロシア校はお人良しの同志タチアナの悲願を叶える誓いを立てた。そして本戦一回戦の相手となる日本校に完全勝利する完璧な計画を立案、それを実行に移した…はずだった…。ヘクセンナハト開幕が明日に迫る中、ロシア校の罠が葉月と静を襲う！

ついに開幕したヘクセンナハト。第1回戦はドイツ校vsインド校に次いで、日本校vsロシア校の試合が開始された。 『天候操作』 『爆笑』 『全吸収』 『強制協力』 と恐ろしい魔法を立て続けに繰り出すロシア校に苦戦する日本校だが、タチアナと葉月の魔法をきっかけに謎の混戦に…。勝利はどちらの手に!?

アメリカ校vs中国校の決着をもってヘクセンナハト第一夜は終了した。1週間後の第二夜に備えて土御門本家で強化合宿を行う日本校の面々だが、静はひとり十三人委員会に呼び出され、ある嫌疑により 『原書』 の提出を強制される。嫌疑を晴らしたい想いと仲間との第二夜出場の間で揺れる静だったが…。

静抜きでアメリカ校戦を迎えた日本校。だがアメリカ校リーダーのリンの卑怯な策謀に愛想をつかしたドリューとキャメロンも出場を辞退し、互いにメンバーを減らしたまま第二夜『殲滅戦』が開始される。自称日本校エースの日野さちも参戦し善戦する日本校だが、 『マッチ売りの少女』 リンの魔法は強力だった…。

ヘクセンナハト最終夜はイギリス校に不戦勝したアガーテ率いるドイツ校と、アメリカ校に勝利した日本校の間で行われることに。決勝戦がまさに始まろうとしていたそのとき、何かに憑りつかれたようにリンが乱入…。アガーテまでもが魔法獣フレックに取り込まれてしまい、七年前の悲劇が繰り返されようとしていた。

アーサーが語る予言、それは仲間の犠牲による必然の勝利、でもハッピーエンドではない物語だった。原書 『シンデレラ』 にも参戦を止められる葉月。だがそれを認めない葉月は叫ぶ。 「物語を作るのは私たち！」 だから信じてと告げる葉月の魔法は、アガーテやリンを救い、強大な魔法獣フレックを止めることができるのか!?