四月。二年級的高中生遠藤和他的朋友遼和健吾度過了平常的生活。直到那天晚上，在購物後的回家路上，遠藤遭到一個骯髒的小偷襲擊，但是一個叫蕾西亞的漂亮人形機器人來解救了他。

在與新人簽訂了業主合約之後，蕾西亞已經和遠藤一起生活了。新人的妹妹由佳已經完全接受了蕾西亞，甚至將她帶去人形機器人模特兒試鏡。於此同時，新人無法掩飾自己的憂慮，與一個看上去像是一個與自己同齡的美女生活在一起。

儘管他意識到有類比入侵，但新人卻不由自主的被蕾西亞所吸引。在這一切中，蕾西亞在由佳面前被“綁架”。新人對警方感到不滿，因為他們不願意把這件事視為財產被竊，所以他得到了遼和健吾的幫助，自己展開調查。

紅霞，一個自稱是蕾西亞第一個妹妹的暴力人形機器人。以她對抗體網絡的控制，正計劃實施恐怖主義的恐怖行為。當新人得知她的計劃會使健吾處於危險之中時，新人得到蕾西亞的幫助以拯救健吾。

新人到達工業促進中心，那正是抗體網路恐怖攻擊的目標。他走上樓梯，看到他父親研發的人形機器人政治家光理，讓他感到不安。不久之後，由紅霞率領的恐怖組織和另一個蕾西亞級的人形機器人也趕到現場，一場大戰一觸即發！

新人在工業促進中心的災難中拯救出健吾。然而，即使回到正常的生活，他發現自己被日益深入的神秘所佔據。於此同時，在模因攝影企業中，派別糾紛升級。在劇變之中，蕾西亞級人形機器人梅忒黛，即將採取行動。

蕾西亞有一場新的模特兒演出。這是一場促進人形機器人與人類之間新型關係的形象商業活動，人們將人形機器人的異性視為平等的合作夥伴。稱這場活動為“男孩遇見女孩”，新人對這個大膽的廣告概念感到驚訝，而這概念正挑戰著這個社會。

在與紫織簽約後，梅忒黛在拍攝廣告時突然襲擊蕾西亞。而新人和蕾西亞周圍的情況即將大幅度轉移，一名新轉學生艾莉卡伯羅斯抵達新人的高中－這名出生於21世紀的睡公主，從休眠中醒來，新人感受到她的敵意。

紫織將她的計劃付諸行動。 按此速度，新人將失去蕾西亞的所有權。 〝新人先生， 請允許我和你在一起〞蕾西亞這個意外的請求，讓新人感動，隨後他前往中部國際機場阻止紫織。

梅忒黛和蕾西亞之間的戰鬥，讓新人被處以兩星期停學，並必須支付她們所造成的450萬日元的損失。 因為對他的父親耕三提出道歉，父親願支付一半的賠償金。新人將蕾西亞、由佳和遼帶到筑波，那裡正在進行大規模人形機器人實驗。

梅忒黛在蕾西亞面前綁架由佳。新人和遼負責搶救她，但是阻止他們是在試驗城市中所有的人形機器人，他們都被渡來銀河感染，變成像殭屍一樣。 為了讓人形機器人重新恢復控制權，新人和遼前往行政中心，但是…

渡來銀河i的死亡，結束了實驗城市的事件。 在這一切混亂期間，新人向蕾西亞表達了他的感情。由佳對家中這種突如其來的新結合百感交集。於此同時，安全警衛和蕾西亞級的主人們開始應對這種不斷變化的情況。

被艾瑞卡召到巴羅斯莊園之後，蕾西亞級人形機器人的戰鬥進入了下一階段。紅霞感到她未來可能很快會被關閉，因為她成為中部機場爆炸案的嫌犯被安全警察追捕。

紅霞獨自帶出一位攻擊次代社會研究中心的抗體網路恐怖分子成員。紅霞的壓倒性破壞力遍布全球，激起群眾的恐懼和熱忱。 這是紅霞走向未來的途徑。

健吾被安全警察逮捕，涉及紅霞的恐怖活動。 新人決定拯救健吾，並給予蕾西亞這個命令。 按照她制定的計劃，新人發現自己與負責摧毀紅霞的軍事集團，私人軍事服務公司“HOO”面對面。

受到紅霞破壞的影響，雪花蓮執行了自己的計劃，接管三鷹變電所，以確保穩定的能源供應並為周圍的環境帶來災難。 新人和蕾西亞試圖阻止她，但梅忒黛和遼擋住他們的去路。

蕾西亞的秘密被揭露。 新人無法掌控，只好離開蕾西亞。 他單獨無法抵抗，被梅忒黛和遼抓住，在那裡他什麼都不能做，只能眼睜睜看著監視器，因為雪花蓮傳播了她毀滅的種子。

新人被紫織和由佳慫恿，決定再次面對蕾西亞。 如果他最後的命令仍然有效，蕾西亞應該試圖阻止雪花蓮。 有了這個想法，新人開始朝著三鷹的方向前進，這個地方已經被雪花蓮的力量轉變成一個無法辨認的景觀。

自三鷹變電所發生悲劇事件已有兩個月。 這個世界在表面恢復了正常，新人和蕾西亞對於接下來即將發生的事情低調準備著。 然而，超智能人工智慧聯繫他們後，他們短暫的快樂時光受到了干擾。

超智能人工智慧激發了社會的變革。 隨著圍繞新人和蕾西亞的戰鬥升級，老守衛的領導人討論了他們如何能夠將自己的利潤最大化。 在參與者中，只有艾瑞卡巴羅斯對他們的愚蠢行為表達了憤怒。

超智能希金斯。模因攝影企業的核心，人類未來的關鍵之一，也是蕾西亞的創造者。 新人和蕾西亞穿過一個巨大的地下設施來聯繫希金斯。 在那裡他們會發現遠超人類想像的未來…

再一次，梅忒黛似乎在希金斯所在的地下設施中阻礙了新人和蕾西亞。 他們也必須小心警覺雪花蓮，她是由超智能人工智慧派到那裡的。 隨著衝突升級，新人和遼盡其所能履行其身為人類代表的職責。

雪花蓮出現在地下設施中，成為鳥與人之間的混種，這是一種由超智能人工智慧創造的奇特新生物，它不再需要人類的存在。蕾西亞試圖破解存儲人形機器人行為控制的雲系統，以阻止雪花蓮。 她的努力將決定整個人類的結局。

新人和蕾西亞走向希金斯儲存設施的中心，以便選擇未來。 他們兩人行為一致，因為他們互相幫助和支持。 然而，因為在激烈的戰鬥中受損，蕾西亞所剩的時間並不多...