コード００１――叫竜の姫によって乗っ取られたストレリチア。これを鍵として、スターエンティティは叫竜の制御の元、起動してしまう。

だがそんなニンゲンと叫竜の決戦の場に、突如として空から謎の存在が降り立つ。ＶＩＲＭと名乗るその存在を、叫竜の姫は“侵略者”と呼び、敵意を剥き出しにする。

叫竜もニンゲンも関係なく無差別に攻撃するＶＩＲＭ。一方、ストレリチアを奪われた形のゼロツーは、自身と叫竜の姫との衝撃的な因縁を博士から聞かされて……。

ニンゲンと叫竜の戦いは終わった。

叫竜は“侵略者”であるＶＩＲＭを迎え撃つため、次々と地上を離れ宇宙へと上がっていった。その中には、誰も乗っていないはずのストレリチア・アパスも含まれていた。

生き残ったコドモたちは、新たな生活を始めていた。あまりにも厳しい環境に放り出されながらも、誰に頼ることもなく懸命に生きる日々。

そんな中、戦いの後で抜け殻のように虚ろになってしまったゼロツーに、ヒロは献身的に寄り添っていた。

仲間たちと別れたヒロは、ＶＩＲＭとの最後の決着を付けるため、ストレリチア・アパスとともに宇宙の果てを目指していた。

虚無にも等しい真っ暗な宇宙空間をひたすら飛び続ける――永遠にも思えるその旅路は、やがてヒロの時間の感覚すらも失わせていく。

一方、地球では、宇宙から戻ったコドモたちがそれぞれの未来へ向けての生活に没頭していた。

ミストルティンの復興、コールドスリープで眠らされていたコドモたちの目覚め、そして新たな命の誕生。別れと出会いを繰り返しながら、一歩一歩確かめるようにして、彼らは“大人”になろうとしていた。