遠い未来。

人類は荒廃した大地に、移動要塞都市“プランテーション”を建設し文明を謳歌していた。

そんなプランテーションのひとつ、「セラスス」では、パラサイトたちの入隊式を翌日に控えていた。

パラサイト候補の一人であるコード０１６「ヒロ」は、事前のテストで落第を言い渡され、失意の中にいた。

入隊式の説明会にも出ず森に入ったヒロは、奥にある泉で、見知らぬ少女が泳いでいるのを目撃する。

コード００２「ゼロツー」と名乗ったその少女の額からは、艶めかしい二本のツノが生えていた。

起動テストでの失敗のあと、気まずいヒロとイチゴ。

ヒロはもう一度ゼロツーと乗られるようにナナやハチに掛け合おうとする。そんなヒロに対し、ゴローがある噂を口にする。

「３回以上、ゼロツーと一緒に乗れたパートナーはいない」と。

それを知りつつも、他に道はないと答えるヒロ。

そんなとき、１３部隊がはじめての実戦に出ることに。

ただしＡＰＥ本部からは、ストレリチアの出撃は禁止とされた。

「いいの？　あの子たち、みんなやられちゃうよ？」

そんなゼロツーの言葉を聞きながら、もどかしい気持ちでヒロが見守る中、１３部隊が叫竜と遭遇して……。

ゼロツーがミストルティンから去った後、１３部隊は、グランクレバスという叫竜の一大拠点を制圧する作戦に参加することとなった。

この拠点を奪取できれば、叫竜との長きにわたる戦いは一気に優勢に転じる。ＡＰＥにとっては重要な作戦であった。

他の多くの移動要塞都市、およびそこに所属する多数のフランクス部隊も戦いに投入される。その中には９’ｓとともに行動するストレリチアの姿もあった。

一方、パートナー不在となったヒロは、出撃する１３部隊の仲間たちを見送って一人だけ１３都市に残る。そこへフランクス博士が現れて……。

ヒロはストレリチア・アパスに取り込まれたゼロツーとの再会を願い、他のコドモたちとともに宇宙へ旅立つ。

叫竜の艦隊は、火星宙域に集結しつつあった。

だがそこでは、叫竜の艦隊とＶＩＲＭによる、地上で行われていたものとは比べられないほどの大規模で激しい戦いが繰り広げられていた。

一方、ミツルはココロに付き添って地上に残り、二人の問題に向き合おうとするが……。