一群被选中的人从小时候开始就被赋予编号，男女一组驾驶名为FRANXX的机械人，这是他们人生唯一的使命，无法做到这一点的孩子，就没有存在价值。入队仪式即将开始，每个驾驶员都要找一个搭档，但过程不是想像般简单……

大家准备要出战对抗一只造成灾害的Conrad级叫龙，由于广未能成为驾驶员，只好留在基地。由于现场释放的熔岩能量，引来大量叫龙，必须派出鹤望兰号协助，但因广不是雄蕊驾驶员，纵使零二坚持要与他一起驾驶鹤望兰号，但为大局，广只好叫零二和满二人前往救援……

本次作战的目的只有一个，那就是镇压大裂口地区。目前第4批联合中队正在进行攻击，但遇上叫龙们的反击，战局窘迫，第6批联合中队准备出击……

孩子们上了宇宙中战斗，直冲APAS所在之处，希望把一切种族隔阂消除而战斗。广打算和零二一起通过传送门，前往太阳系之外，不再回地球了……