白野在不斷重複的虛擬世界 SE.RA.PH 生活之際，察覺自己的怒氣越來越強烈，卻也讓他充滿了使命感。

“邊獄”，白野被自稱“Saber”的少女救了姓名。記憶曖昧，連自己誰不知道，只曉得「憎恨」變強的白野，但從Saber口中得知SE . RA . PH舉行聖杯戰爭的參加者是以熾天之欄為目標，第一戰的會場到達了，就是白野和Saber眼前的廣闊美麗的海洋都市。兩人為了尋找對抗對手，圍繞著海洋城市開始行動——

白野和Saber到達了，第一層·新設海洋都市Cape。在那裡，禦主為了保障生活，將英靈賣給政府。白野和Saber遭到了白野學園時代的朋友的慎二的英靈們襲擊，在原禦主·遠坂凜的幫助下，英靈找不到白野等人的踪跡。凜是為了登上上層需要打倒慎二，了解情況之後，白野決定再次與謹慎對抗。

第一層階層主的謹慎和德雷克被白野和Saber打敗了。為什麼要以上層當目標呢，德瑞克向白野問道。在到達第二階層的同時，被什麼人襲擊，俯視著逃進森林的兩人。 Saber為了救白野而受傷，因此陷入了困境。這時，一個少女出現在兩人的面前——

白野和Saber在遭到丹和羅賓漢的襲擊，暫避於拉尼Ⅷ的藏身之所。了解到現在3020年，SE·RA·PH崩潰的話，人類滅亡的情況。三人進行再戰的作戰會議。拉尼Ⅷ表示，丹是勝利也無法登上上層的，羅賓漢有兩種的寶具，但無法同時使用。白野等人再次向丹和羅賓漢發起挑戰朝森林行進。

丹和羅賓漢被白野奪勝後。第二階層因為失去了階層主而要消亡的時候，拉尼Ⅷ決定留下與該階層共存亡。白野和Saber前往下一個階層。第三階層是亡靈和夢想的廢土，通稱無名之森。凜表示，這是Code中的BUG。電子幽靈遊蕩於森林和荒城中，在城中搜索的白野看到了人影而追了上去。

感到奇怪的白野等人繼續在無名之森探索的時候，突然出現了“怎麼也無法殺死的怪物”，Saber將其斬殺，眾人卻重新回到了起點。凜表示，怪物的本體是“愛麗絲”用了“這一日”，按照自己所想返回原狀。為了突破現狀而再次展開探索的白野也暴露了心聲，向眾人說明自己的憎恨。

經過第三階層的戰鬥，懷著希望以上層為目標的白宮，到達了「沙沙作響的街道」第五階層。雖然在遠處可以看到延續到上層的拉達，但是在這個階層中徘徊著被稱為殺人鬼的尤里烏斯，據說，在到達拉達之前如果遇到了就不得不戰鬥了。然後在路上，白宮他們遇到了尤里烏斯和伯瑟克。由於從Berserker的攻擊保護了Hakuno的事，Saber負大的傷被強迫苦戰。

尤里烏斯和李書文的戰鬥敗北，倒下的白宮和Saber。暈倒了的Hakuno，在像試映室一樣的地方遇到作為Saber的原主人的岸波白野。在那裡，能顯出關於白野和nero的過去的話，並且saber的生涯的映像。恢復意識的Hakuno，對Saber毫不隱瞞地說出了自己的真實身份，坦白自己沒有作為主人的資格。

尼祿開展了寶具《招蕩的黃金劇場》，擊敗了李書文。白宮也發現了死神的面具，並在與尤里斯的戰鬥中獲勝。留下Lin和Lani，Hackno和Nero朝著下一個階層進入了Rader。到達第六層後，就會出現大量和琳酷似從者和巨大的拉尼。這個二人組不知為何好像在對付敵人。在感到困惑的尼祿和河野面前，一起戰鬥到第五層的林出現了。

越過第六階層，終於到達了一千年間誰都無法來到的地方，登上第七階層的尼祿和白野。在第七階層的道路上，迎接他們的是雷歐的從者高文。在知曉走向破滅的人類史和mooncell的事情后，岸浪白野為了讓mooncell恢復原貌樹立起新的決意。當鐘聲響起，雷歐阻擋在兩人面前。

一千年前，雷歐贊同了與之對峙的特維斯的想法，覺悟到人類已無法被拯救。被高文的寶具擊落到最底層的尼祿和岸浪，依靠從第四層獲得的書籤向著光芒照射的地方走去，再次回到第七層。在SE.RA.PH臨近崩潰的時刻，白野發動死相給予了尼祿最大限度的魔法供給，與雷歐對抗。

在第七階層竭盡全力打敗雷歐主從的尼祿和岸浪白野，不是為了過去、而是為了將來，懷抱著恢復mooncell的決心，終於登上了最頂層的熾天之門檻。在那裡，等待他們的是特維斯·H·皮斯曼。岸浪白野和尼祿將作為最後的挑戰者。懷抱著作為新的『誰』生存下去而勇往直前的岸浪白野——輝煌的Encore在這裡閉幕。