樺太で再会を果たした杉元とアシㇼパ。キロランケの死や尾形の逃亡を経て相棒の契約を更新した二人は、他の先遣隊メンバーや白石と共に国境を越えてロシア領を後にする。北海道への帰還を目指してさらに移動を続ける中、鶴見中尉に状況を伝える電報を打つため敷香の街に立ち寄ることにした一行。ところが杉元が味噌を調達している間に、仲間たちが何者かの銃撃を受ける事態が発生ッ！　正確無比な射撃を行う狙撃手の正体とは……!?

土方と牛山は関谷に与えられた毒を飲み、仮死状態で地中に埋められていた。だが、覚醒した牛山が外にはい出し、朦朧とした意識のまま徘徊。そこに居合わせたいじめられっ子の少年・チヨタロウと奇妙な関係を築く。一方、捜索を続ける門倉とキラウㇱは関谷から脅迫状を受け取っていた。関谷の要求は、刺青人皮と土方を埋めた場所の交換。しかし、折しも刺青人皮を持つ永倉は不在で、受け渡しまで時間はない。二人はどう動くッ!?

第七師団御用達の登別温泉を訪れた宇佐美と二階堂は、そこで療養生活を送っていた菊田特務曹長と有古一等卒に接触する。同地には情報収集のために按摩に扮した都丹とその仲間たちが出入りしており、菊田と有古は雪山を行き来する不審者の存在から彼らの正体に迫りつつあった。そのことを知った都丹は、自分たちのほうから打って出ることを決断。不審者の捜索に出掛けた菊田と有古を待ち伏せ、夜の暗闇に紛れて襲撃を掛けるッ！

昔日の鹿児島。14歳の鯉登は、問題行動の多い「ボンボン」として腫れ物のように扱われる毎日を過ごしていた。そこに訪れた鶴見中尉との出会い。鶴見中尉は食って掛かる鯉登の頬を張り、心を許した彼の言葉に耳を傾ける。そして二人は一緒に月寒あんぱんを食べ、いつか再会できた日には友人になろうと約束するのだった。それから2年後の函館。海軍兵学校への受験を控えた16歳の鯉登が、何者かに誘拐される事件が発生するッ！

鶴見中尉が大泊まで来るとの知らせを受け、豊原で待機することになった杉元一行。山でクズリを獲ると意気込むアシㇼパは、その前にお祈りをすると言い出す。“新しいアイヌの女”でありながら儀式を大切にする姿を不思議に思う杉元に対し、自分なりの考えを述べるアシㇼパだが、どうすればアイヌの文化を残せるのか答えを見出せずにいた。そんな二人の前に活動写真を撮影中という男たちが現れた矢先、樹上からクズリが襲いかかるッ！

大泊に向かう前に登別を訪れた鶴見中尉は、有古が持ち帰った都丹のものとされる刺青人皮を受け取る。だが、翌日になって有古が鶴見中尉の刺青人皮を奪って逃走。向かった先で、彼は死んだと思われていた都丹と合流する。一見、有古の裏切りに見えるこの行動には裏があった。有古と土方陣営の関係を見抜いた鶴見中尉が彼を脅迫し、わざと刺青人皮を持たせて二重スパイとして潜り込ませたのだ。巧妙な罠に対し、土方はどう動くッ!?

大泊で鶴見中尉と対面した杉元一行。もっともらしい口実でアシㇼパを杉元たちから引き離そうとする鶴見中尉だが、その魂胆に気づいたアシㇼパはアイヌの未来についての考えを問い、アイヌのために金塊が使われないのなら協力を拒むと言い放つ。彼女の態度に対し、額から髄液を垂らしながら笑い出す鶴見中尉。異様な光景を前に周囲の者がたじろぐ中、アシㇼパが空に向けて矢を放ち、彼女の意図を感じ取った杉元も行動を起こすッ！

北海道に到着後、宗谷地方にあるアイヌコタンで世話になった杉元たちは、雨竜川で砂金が採れるとの情報を得る。だが付近には人を殺した熊・ウェンカムイも出没しており、何人もの砂金掘り師が犠牲になっているという。当座の路銀を稼ぐため現地に向かった杉元たちは、そこで遭遇した砂金掘り師の平太の教えを頼りに砂金掘りを開始する。そんな折、ウェンカムイが近くにいると言い出した平太がひとりで姿を消す事態が起こり……!?

平太の死で杉元たちの砂金掘りは頓挫した。だが、平太が持っていた砂金の標本から金塊の産地となった川に脱獄囚の海賊房太郎がいるとわかり、次の標的に定める。同じ頃、土方のもとには樺太で杉元たちの前から姿を消した尾形が姿を現していた。尾形は土方に、網走監獄潜入後の出来事に加えてソフィアの存在とアシㇼパが暗号を解く鍵を思い出したことを報告。そんな中、札幌で脱獄囚の犯行と思われる連続娼婦殺人事件が発生するッ！殺人事件の情報は土方や鶴見中尉も知るところとなり、それぞれ脱獄囚の関与を疑う。土方は一味を率いて札幌へと向かい、オホーツク海沿岸でアシㇼパらを捜索中だった鶴見中尉も菊田に宇佐美を伴って現地で斥候として活動するよう命じる。鶴見中尉には、この任務に宇佐美の持つある特性が役に立つという確信があった。鶴見中尉と宇佐美の出会いは、宇佐美が12歳の頃にさかのぼる。鶴見は宇佐美と友人の智春が通う道場に出入りしており、二人から慕われていた。だがある日、鶴見をめぐる嫉妬心を暴発させた宇佐美が智春を殺してしまう。この出来事を経て日清戦争から戻った鶴見は、愛こそが兵士の攻撃性を引き出すと考えるに至るのだった。

大泊で杉元たちと行動を共することができなかった谷垣。彼は鶴見中尉からインカㇻマッが自分の子を宿していると知らされ、解放する代わりにアシㇼパを連れ戻すよう命じられていた。だが北海道に戻った谷垣は、インカㇻマッとこれから生まれてくる子の傍にいる道を選択。彼女が入院している病院を突き止め、ついに二人は再会を果たす。しかしそこに見張り役の月島が現れ、鶴見中尉の命令を反故にした谷垣に銃口を突きつけるッ！

房太郎が客室にいる間、彼と手を組むかどうかで杉元と白石の意見は分かれていた。難色を示す杉元に対し、提案に乗ることに前向きな白石。だが杉元の荷物を見て自分が標的だと気づいた房太郎は、戻るなり二人を始末しようとする。アシㇼパがそれを防ぎ、再び戦闘状態となる杉元と房太郎。木の枝にぶつかって川に落下したあとも戦いは続き、房太郎は杉元を川底に引きずり込む。水中での活動に長けた房太郎を相手に杉元の勝機はッ!?

引き続き殺人犯を追う宇佐美は、捜査のための自慰行為にふけっていた。あきれた菊田が尾形を引き合いに出すと、怒った宇佐美は彼との過去を語り始める。父の愛を確かめるため弟・勇作を手に掛けた尾形だが、父は彼のことを見向きもしなかった。杉元との戦いで重傷を負って入院中だった尾形は、そのことを嘲笑した宇佐美を殴打して脱走したのだ。苦々しい記憶を振り返りながら、宇佐美は自分たちの前に尾形が再び現れると確信する……。同じ頃、杉元たちは札幌郊外の森の中にいた。杉元と二人で行動中、彼と心を通わすことに喜びを覚えるアシㇼパ。杉元と一緒にいられる今の状態が続くことを望む気持ちから、アシㇼパは杉元に金塊が見つかったあとの身の振り方をたずねる。だがそのとき、伐採の準備が進む大木の将棋倒しが発生し、二人は木の下で身動きが取れなくなってしまう。アシㇼパの無事を確認し、一緒になるはずだった梅子のことや彼女の治療費が金塊探しの動機だと明かす杉元。その後、白石らが二人を救出し、杉元たちは房太郎と金塊探しに関わる情報を共有する。その情報から父の思いを汲み取ったアシㇼパには、自分のやるべきことが少しずつ見え始めていた……。