チャンピオン、クジョウ・キョウヤのガンプラバトルを目にして、自分もＧＢＮの世界に飛び込む決心を固めたミカミ・リクと、親友のヒダカ・ユキオ。ダイバーのリクとユッキーとして初めて歩く電脳仮想空間（ディメンション）には想像以上の光景が広がり、驚きの連続がおさまらない。だが、そんな２人を物陰から見つめる１人のダイバーがいた。

初めてのＧＢＮ体験を振り返るリクとユキオ。そんな彼らの前にサッカー部への勧誘を狙うモモカが現れるが、ＧＢＮへの歩みは止められない。再び電脳仮想空間（ディメンション）にダイブしてサラと再会した２人は、ガンプラバトルではなくキーアイテムの収集を目的とするコレクトミッションをプレイする。

ガンプラフォーストーナメントの激闘を目の当たりにして、改めてチャンピオンへの強い憧れを再確認したリク。ユキオと共に、それぞれが用意した新たな武器を試そうとする。そんな２人に感化されたモモカは、ついにＧＢＮの参加を決意。ディメンションにダイブした３人は、キョウヤと名乗る青年ダイバーから連戦ミッションの協力を求められた。

ＧＢＮの世界を守りたいと語ったクジョウ・キョウヤに、ダイバーとしてのスケールの違いを思い知ったリク。少しでもチャンピオンに近づくためには、何をすれば良いのか悩む。そんな彼に知り合いのダイバーを紹介するマギー。リクが進むべき道を学ぶため、ユッキー、そして正式アカウントを取得したモモの３人は、中華風の世界が広がるエスタニア・エリアへとダイブする。

リク達の次の目的地は世界中のビルダーが集い、許可なくガンプラの乗り入れが禁止されている中立地帯のペリシア・エリア。見渡す限りの大砂漠をダイバー姿で歩く３人だったが、行けども行けども蜃気楼が浮かぶ変わらない風景に、やがて途方に暮れてしまう。そこに現れた１台のジープ。乗っていたのはアヤメと名乗る女性ダイバーだった。

フォースを立ち上げる決意を固めたリク達。結成することで自分達だけのスタイルや強さを見つけたいと意気込む彼らだが、新たなメンバーの人選に苦労する。上を目指すなら上級者をスカウトするべきだとアドバイスするシャフリヤールが指したガンプラは、モモがレンタルしていた素晴らしい出来のカプルだった。

ついに新フォース・ビルドダイバーズを結成したリクは、そのデビューにフォース限定の団体戦、フォースバトルを選ぶ。一週間後のバトルに向け、ガンプラをパワーアップさせるためにコーイチのアドバイスを受けつつ準備を順調に進めていくメンバー達。しかし、予想外の問題が発覚してしまう。

デビュー戦で鮮烈な印象を残したビルドダイバーズには、他のフォースから対戦の申し込みが殺到していた。勢いに乗り、次のバトルの相手を決めようとするメンバー達。そこに現れたマギーは、フォースでできることはバトルの他にもあるのだと彼らに伝える。

ビルドダイバーズはバトル内容がランダムで決まるバトランダムミッションに参加することを決める。その相手とはリクが初めて勝利したドージ、そして初めての敗北を味わったオーガが所属するフォース・百鬼。今まで経験を積んで得た力をオーガにぶつけ、自身の成長を確かめたいリクが期待に胸を高鳴らせる一方で、ドージはリベンジに心を燃やしていた。

非公式ツールのブレイクデカール、それを扱うマスダイバー達の脅威は留まることなく、ロンメルのフォースですらその力を進化させた彼らに敗北してしまう。チャンピオンのクジョウ・キョウヤはＧＢＮを守るために、ある重要人物との接触を図る。

チャンピオン率いる有志連合とマスダイバーによる戦いが苛烈を極めていく中で、リクの前に突然立ちはだかったアヤメはビルドダイバーズに加入した本当の理由を語り始める。それは、彼女の過去と深く関係していた。

マスダイバーの黒幕、シバ・ツカサとついに相対したリクとサラ。シバの全身からほとばしるＧＢＮへの強烈な憎悪にひるまず、２人は対話を行おうとする。一方、主戦場である資源衛星付近の宇宙空間では、ブレイクデカールの力によってさらなる力を得た巨大モビルアーマーが起動していた。

マスダイバーとの戦いは終結し、有志連合の活躍によってＧＢＮからブレイクデカールの存在は根絶した。ＡＶＡＬＯＮのフォースネストで行われた祝勝会で互いの健闘を称え合うダイバー。しかし、そこにリク達ビルドダイバーズの姿はなかった。

実機バトル「ＧＰデュエル（ＧＰＤ）」でシバと死闘を繰り広げた結果、リクのダブルオーダイバーエースも大きなダメージを受けた。ＧＢＮとは違い、大切な相棒が現実で傷ついてしまったリクを心配したコウイチは、彼を元気づけようとする。しかし、彼の反応は意外なものだった。

一定時間内に難攻不落のロータス要塞を攻略しなければならない、まさに難攻不落のクリエイトミッション「ロータスチャレンジ」。チャンピオンフォース・ＡＶＡＬＯＮですら手を焼く難関を、ガンダムダブルオースカイを得たリク達のビルドダイバーズが果敢に挑戦する。

難関ミッションのロータスチャレンジをクリアし、ＧＢＮ世界の賞金をゲットしたビルドダイバーズ。リク達メンバーがそれぞれ夢のある使い道を考える中で、モモはとんでもなくスケールの大きな提案を出してくる。

ビルドダイバーズの新たなフォースネストを存分に満喫するメンバー達。有名フォースにも引けを取らない充実したこの環境は、ダイバーとして大きくレベルアップしたリクのおかげだと称えるユッキー。しかし彼の胸中には、同時に芽生える想いもあった。

ＧＢＮのタイムアタックミッションでトップテン入りを果たすほど、ダイバーとして成長したリク。ビルドダイバーズの仲間や先輩ダイバー達が祝福する中、フォース・虎武龍のタイガーウルフは、かつて修行を付けたリクを弟子ではなく、もはや１人のライバルとして認めていた。

レイドバトルのプレイベント、女性限定ナデシコアスロンの開催が近づく。優勝すればガールズダイバー募集キャンペーンのイメージガールに採用されるということもあり、色めき立つ女性ダイバー陣。それはＧＢＮの外にいるナナミの耳にも届いていた。

ナデシコアスロンをきっかけに、ビルドダイバーズの新メンバーとして加入することとなったナミ。兄を巻き込んだガンプラバトルのデビュー計画を既に進めていたナミだったが、よりＧＢＮを楽しむためリク達にあるお願いをする。

サラが電子生命体「ＥＬ（エル）ダイバー」であり、その存在がバグの発生原因であることを公式発表したＧＢＮ運営は、同時に彼女の捜索を開始する。一方、リク達ビルドダイバーズも居なくなったサラを探し続けていた。

全ダイバーに向けたＧＢＮの臨時放送で、クジョウ・キョウヤの傍にサラが並んでいたことに驚くビルドダイバーズのメンバー達。今までとは別人のような厳しい表情を見せるキョウヤ、そして自ら仲間の元を去ったサラの真意を確かめるため、リクはキョウヤに連絡を取ろうとする。

サラを取り戻すため、フォースバトルを提案したビルドダイバーズ。ＧＢＮ世界を守るため、その挑戦を受けたクジョウ・キョウヤ率いる有志連合。それぞれが抱く想いをかけた決戦の火ぶたが切って落とされた。

第二次有志連合戦も佳境に突入し、遂にリクとクジョウ・キョウヤが相まみえる。目標としていたチャンピオンとかつて交わした約束を思いだし、迷いを見せるリク。しかし、キョウヤはあくまで１人のダイバーとしてリクに厳しい言葉をかける。

レイドボスがバグの影響によって凶暴化し、各地に変異体が出現。極東ベースのロビータワーに取り付いた変異体は急速にメインシステムへの浸食を行い、このままではＧＢＮ世界が崩壊してしまう。リクや仲間達、そして全ダイバーの力を結集したレイドバトルが幕を開ける。