皇家警察特殊犯罪搜查科（RIS）正在追查某个犯罪者。这个以凶恶犯罪者为目标的连续杀人魔总是在犯罪现场留下“B”的字样，因此被成为“杀手B（Killer B）”。某一天，刻有“B”字的犯罪事件再次发生，搜查官莉莉赶到现场时遇到一个男子。留着胡须的懒散中年男子，名字叫做基斯·风间·弗利克，是回归RIS的搜查官。就在RIS搜索“Killer B”的时候，突然接到军用战车在街市上引发暴动的消息。

RIS来到议员一家惨杀事件的现场进行调查。基斯看了一眼现场留下的“B”字，就识破这是冒充者的犯罪行为。然后在那里突然收到发现新的尸体的报告。那是一具与议员一家无关的男性尸体。分析结果表明该男性是被新型毒气毒杀。接到犯人下次要在市长举办的宴会上实行犯罪的预告，RIS来到现场做好警备工作。在那样严密的戒备的会场中，现出了一个露出凶恶笑容的男子的身姿……。

仿佛被什么东西指引而来的黑羽和一个谜之角色伊邪那美对峙。黑羽毫不犹豫地对引诱自己的伊邪那美对发起攻击。二人间脱离人类范畴的战斗开始了。另一方面，远离因毒气事件造成混乱的宴会会场的基斯，目击到黑羽离开会场的身影，于是和与鲍里斯一起追踪上去。在公路上展开战斗的黑羽和伊邪那美，最后二人来到了一个无人的湖泊。

为了寻找各自怀着的重大疑问的答案，基斯和黑羽不约而同地来到同一坐图书馆。另一方面，对接连不断发生的不可思议事件有种不协调感的莉莉，为了让自己混乱的头脑清醒，突然拜访基斯家。莉莉对一系列的事件展开讨论并寻求建议，但不知为何基斯拒绝讨论此事，并警告不要再深究下去。

布莱恩因为抓住了什么重要线索而遭到袭击。虽然RIS全力搜查而没有显著进展，大家都万分焦虑。犯罪进行时的监控录像全被抹除，考虑到警察相关人员参与犯罪的可能性，情况越来越严重。这时，基斯以布莱恩留下的信息为基础单独展开行动。察觉到这一点的莉莉想协助他，基斯却总是躲避着她，让她越来越焦急。

RIS开始追捕被误认为是袭击布莱恩的犯人的基斯。追寻着基斯的足迹的鲍里斯一行人目睹了堆积如山的资料，一窥追逐着什么似的的基斯的神秘过去。 另一方面，成功与黑羽接触的基斯，知道了黑羽不断地刻上“B”字的理由，开始讲述二人之间的联系。就在基斯和黑羽继续对话的时候，谜之组织的刺客袭来！

基斯和黑羽遭受皆月率领的谜之组织的袭击。无论如何都想得到黑羽的身体的皆月，不顾同伴的生死，向黑羽发起总攻击。完全没做好范围皆月对策的黑羽，身体被撕裂得支离破碎。但是即便如此，黑羽还是向自己一直所追寻的东西伸手。筋疲力尽的黑羽就要被带走的危难时刻，基斯采取的行动是……

警察上层依旧把行动不明的基斯视为嫌疑犯处理，追究埃里克的责任，以解散RIS为威胁加紧对基斯的搜索。RIS搜查基斯的房间的时候，莉莉从无数的计算公式中发现了一个女性的身影。那个时候，与负伤的黑羽一起隐居起来的基斯，述说了以往发生的杀人事件彼此相互交错的那段过去。

基斯和埃里克在审讯室对峙。曾经是师徒关系的二人围绕着案件展开了对决。埃里克掌握到一连串的案件背后有着一个被称为“造市者”的公共隐秘组织干预着。可是，基斯更加深入地推导出操纵着这一切的那个人物才是真正的元凶。已经查明真相的基斯打算再次单独行动，但是埃里克以朋友的身份喝住了那样的基斯。

向老人星飞去……黑羽相信着这句话，一直在北壁的顶峰等待着那个时刻的来临。另一方面，按照基斯的策略，以自身为诱饵的莉莉，因为敌人的巧妙伪装而失去踪影。在所剩不多的紧迫时间里，在基斯和埃里克的指挥下，驱使着大脑和技术迅速地确定了莉莉的所在地。而那个时候，手术台上醒来的莉莉，面对的是将要切开她皮肤的锋利的手术刀。

基斯和黑羽终于迎来了最后时刻。把多年来所思所想刻在胸中，前往各自的决战地点。基斯把手枪藏在怀里，乘上公交；黑羽从悬崖跳下顺风飞起，直向老人星。

“正如碑文所显示的那样，你和那家伙在这里迎来最后的时刻……舞台已经布置好了。将所爱之人的最后，烙印在这双眼睛上。”

Koku is approached by Kirisame, a figure from his childhood who he thought was dead. He asks Koku to join him in his fight for a new world order.

Kirisame’s subordinates force Koku into carrying out an act of violence against a senator. Then Koku breaks into the royal palace.

The royal palace refuses to fully cooperate with the RIS investigation. Lily and Koku head out to get more information on Keith's disappearance.

Keith's friends narrow down possible locations where he's being held, but with Keith already starting to hallucinate from hunger, time is running out.

Koku, Izanami and Yuna have to fight off an ambush from Kirisame’s subordinates. Lily gets pulled over while driving with the king in her car.

With the RIS continuing their pursuit of Killer B, Koku goes into hiding, but Kirisame seeks him out for a final confrontation.