Der junge Ren Amamiya findet sich nach einem missglückten Raub in Polizeigewahrsam wieder. In einer intensiven Befragung soll er zu den Ereignissen im April Stellung nehmen, als er mit einer Bewährungsstrafe ein neues Leben an einer neuen Schule begann. Hat er wirklich diese Taten begangen, die ihm vorgeworfen werden und was ist das für eine seltsame App auf seinem Handy, die sich nicht löschen lässt?

Nachdem Ren und Ryūji wieder zurück in der realen Welt sind, gilt es zunächst, mit dem Erlebten fertigzuwerden. Sie konfrontieren Kamoshida, doch dieser scheint nicht zu wissen, wovon sie reden. Die einzige Lösung scheint darin zu bestehen, erneut in Kamoshidas Palace vorzudringen. Dort erhalten sie überraschend Hilfe von einem neuen Freund …

Ren und Ryūji ermitteln im Fall Kamoshida an der Schule und stellen verschiedene Schüler zur Rede. Doch keiner will ihnen sagen, was wirklich vor sich geht. Nicht mal Shiho und Ann, die beide involviert zu sein scheinen. Als Shiho dann noch etwas Schlimmes zustößt, müssen die beiden zurück in Kamoshidas Palace. Doch es scheint sich mit ihnen noch jemand anderes eingeschlichen zu haben …

Nachdem sie ihm ihr Kommen angekündigt haben, rüsten sich die Phantomdiebe für ihren bevorstehenden Coup in Kamoshidas Palace aus. Der Schatz ist zum Greifen nah, doch auf einmal entwickelt Kamoshida ungeahnte Kräfte. Der Kampf dürfte heftiger werden als geahnt …

Ren, Ryūji, Ann und Morgana belohnen sich für ihren letzten Erfolg mit einem ausführlichen Essen. Dort werden sie allerdings schon mit den nächsten Problemen konfrontiert. Probleme, die nur die Phantomdiebe lösen können. Der nächste Palace wartet bereits und Morgana offenbart der Gruppe Neuigkeiten, die für sie alle überraschend sind …

Die vier Helden lernen Yūsuke Kitagawa kennen, Schüler des berühmten Malers Ichiryūsai Madarame. Dieser scheint sich besonders für Ann als Modell für seine Bilder zu interessieren. Doch irgendetwas kommt der Gruppe an ihm nicht ganz geheuer vor. Auch der Name seines Mentors Madarame weckt gewisse Erinnerungen …

Um in Madarames Palace vorzudringen, müssen sich die Phantomdiebe etwas einfallen lassen. Morgana schmiedet einen Plan, der Ann zunächst allerdings gar nicht gefällt. Doch sie willigt ein und gemeinsam schaffen sie es. Die Konfrontation mit Madarame beginnt …

Madarame hat die höchsten Sicherheitsvorkehrungen getroffen, um seinen Schatz zu schützen. Doch Morgana hat schon einen Plan. Wird sich nun endlich das Geheimnis hinter der wahren „Sayuri“ aufklären und wird Madarame seine Taten gestehen?

Die Phantomdiebe verbringen die Zeit ohne einen neuen Auftrag, müssen aber Probleme in ihrem direkten Umfeld lösen. So gibt es offene Fragen um den Leichtathletik-Klub zu beantworten und im Lehrerkollegium geht es auch heiß her …

Während eines Schulausflugs zu einem Fernsehstudio trifft die Gruppe erneut auf Akechi. Doch wie viel weiß er wirklich von den Phantomdieben? Wieder zurück an der Schule tritt die Schülersprecherin Makoto Niijima mit einem Handelsvorschlag an Ren heran. …

Kaneshiro stellt sich den Phantomdieben entgegen. Werden sie ihn trotz einiger Trumpfkarten, die er in petto hat, bekehren können?

Yūsuke braucht die Hilfe seiner Freunde, um aus einer Schaffenskrise herauszufinden. Durch die Teilnahme an einem Kunstwettbewerb will er unter Beweis stellen, dass er nach wie vor das Zeug zum Maler hat …

Die Phantomdiebe lösen neue Fälle in Mementos, als sie den nächsten dicken Fisch an die Angel bekommen. Makoto und Ren müssen in einer einseitigen Beziehung vermitteln, während Sae sich damit abfinden muss, dass ihre Schwester jetzt auch auf ihrer Ermittlungsliste steht.

Die Hackergruppe Medjed erpresst die Phantomdiebe, um eine Bekehrung zu erzwingen. Gehen Ren und seine Freunde darauf ein und wer steckt überhaupt neben dem mysteriösen Account? Was will er oder sie wirklich?

Die Phantomdiebe erfahren von Sōjirō mehr über Futabas Vergangenheit. Es zeigt sich, dass sie mit ihrer Vermutung zu ihrer Identität richtiglagen …

Die Phantomdiebe dringen erneut in Futabas Palace ein, aber erhalten unerwarteten Besuch. Die Lage spitzt sich zu. Kann Futabas innigster Wunsch doch noch erfüllt werden?

Nachdem sie Futaba fürs Erste von ihrem Einsiedlerdasein geheilt haben, gilt es nun, sie wieder an das normale Leben unter Menschen zu gewöhnen. Was könnte da besser geeignet sein als ein gemeinsamer Ausflug an den Strand?

Die Freunde machen eine Klassenfahrt nach Hawaii, während an ihrer Schule die Ermittlungen um Kamoshidas Missbrauchsfall laufen. Zurück in Tōkyō brauchen sie neue Anhaltspunkte. Könnte Makotos Schwester da eine Quelle sein?

Nachdem Morgana immer noch nicht aus dem Metaverse zurückgekehrt ist, machen sich die Phantomdiebe auf die Suche nach ihm. Daneben kommen sie Okumuras wahren Absichten auf die Spur …

Die Phantomdiebe haben ein neues Mitglied und wappnen sich für den Kampf gegen Okumuras Shadow. Ist er wirklich für alles verantwortlich, oder ist da noch jemand im Hintergrund, der die Strippen zieht?

Die Polizei ermittelt an der Shūjin und befragt auch Ren und seine Freunde. Während die Zustimmung für die Phantomdiebe in den Keller geht, versucht jemand im Hintergrund, ihnen wieder auf die Beine zu helfen ...

Akechi wird als Gastredner auf das Kulturfest der Shūjin-Schule eingeladen. Weiß er mehr über die Phantomdiebe, als diese vermuten?

Auch mit Akechis Hilfe ist den Phantomdieben der Zugang zum Palace versperrt. In der realen Welt kämpft Sōjirō mit miesen Anschuldigungen, die das Sorgerecht für Futaba betreffen …

Die Phantomdiebe kämpfen sich im Casino voran, obwohl ihnen von der Hausherrin einige Steine in den Weg gelegt werden. Zuletzt müssen sie ihre Kräfte vereinen, um gegen sie im Kampf bestehen zu können …

Nach Jokers Verhaftung schmieden die Phantomdiebe einen Plan, wie sie ihn wieder befreien können. Währenddessen muss sich Ren einem Verhör durch Sae stellen.