捲入某個事件中，被貼上有前科標籤的高中生雨宮蓮，處於一年的監護觀察期，在身份擔保人佐倉惣治郎的家中開始了生活。此時，在去轉學的秀盡學園的途中，誤入了異世界……

蓮開始了新的學生生活。但是作為有著前科的轉學生卻責難重重。與鴨志田有爭執的同級生·坂本龍司，與蓮同樣在學校裡為孤立的存在。他和蓮相遇，蓮啟動了神秘的應用軟體“異世界導航”，嘗試再次進入異世界。

害怕來自鴨志田不講理的暴力，排球社社員們被虐待著。另一方面，蓮的同班同學高卷杏也是排球社社員，而她的好友卻一直是替補。顯露出扭曲願望的鴨志田以此為條件不斷接近高卷。高卷對此煩惱著。

為了讓鴨志田改過自新，蓮他們在學校裡張貼“預告信”。與成為新伙伴的杏和莫爾甘納一起，為了偷走實體化的“寶物”而再次潛入城堡，但在那裡等待著他們的是陰暗的鴨志田本人。

順利讓鴨志田改過自新的蓮等人，決定今後也要為了讓自私的大人們改悔而繼續幹下去，並成立了“心之怪盜團”。其中，在網路上建成了名為“怪盜委託頻道”的BBS網站……

蓮等人與著名畫家斑目一流斎的年輕門生，喜多川祐介相遇。祐介懇求杏說“希望你能成為我畫畫的模特兒”，這讓大家感到了困惑。到了週末，在祐介的邀請下大家來到了斑目的個人畫展，對於顯得清廉的斑目，蓮似乎感覺到了違和感。

蓮他們確認了宮殿的存在，清楚了祐介的本心，決定下一個目標為斑目。蓮和龍司潛入宮殿時，杏作為祐介畫畫的模特兒接受了做誘餌的工作，在斑目宅邸的保管庫裡，發現了某個東西……

清楚斑目的真意後覺醒了的祐介，自願申請加入怪盜團。蓮他們發出預告書，為了盜出斑目的寶藏而侵入宮殿，但在那裡等待他們的，是攜帶著“描畫出抱著嬰兒姿態的《小百合》”的陰暗斑目。

自從讓斑目悔改後，蓮等人感覺到心之怪盜團的存在逐漸逐漸被世人所知。此時，他們被摩爾加納囑咐最好認真學習，於是大家過著各自短暫的學生日常。

蓮、龍司、杏他們三人為了社會實踐參觀而來到了電視台，他們在那裡遇到了被邀請去做嘉賓的高中生名偵探·明智吾郎。他們對於在節目裡提及到怪盜團的明智感到不安，另一方面，在秀盡學園裡詢查蓮他們的動向的人物出現了……

從虛偽的自我中擺脫並覺醒了persona的真，作為怪盜團的參謀成為一員。蓮他們為了讓瞄準年輕人敲詐錢財的犯罪集團的老大·金城悔改，再次潛入宮殿之中。

成功盜出寶藏讓金城悔改的怪盜團，從金城那裡聽說，除了大家以外似乎還有個被稱為“黑面具男”的人出入異世界。另一方面，煩惱著想畫又畫不出畫的祐介跟蓮商量了一件事……

蓮他們接連成功讓人悔改，作為怪盜團不斷取得成果。此時，蓮在真的希望下一同去新宿的繁華街嘗試做某個驗證。兩人在那裡目擊到了秀盡學園的女學生在一些可疑的店裡進出，

期末考試結束，蓮等人去參加滿心期待的煙火大會。然後在逐個選定悔改的目標時，怪盜團突然收到了國際駭客集團“梅傑德”的宣戰預告。

一個自稱阿里巴巴的神秘人物，向怪盜團提出有比收拾梅傑德更需要改過自新的人。其目標正是，惣治郎因某個事件從熟人那裡接管的少女·佐倉雙葉。

雙葉在蓮等人的說服下靠自己的意志打開了房間的門，並追在為了偷走寶藏再次潛入宮殿的怪盜團的身後，自己也潛入宮殿。雙葉在那裡遭遇到了，以母親姿態出現的並抱怨自己的巨大怪物。

克服關於母親的扭曲記憶，並覺醒了persona的雙葉，為了自己的目的而希望成為怪盜團的伙伴。然後，為了讓還很拘謹的雙葉加深友情，蓮等人提議一起去海邊玩。

修學旅行來到了夏威夷的蓮等人，各自享受著南國的氛圍。但是，他們一回國以後，就收到了秀盡學園的校長非自然死亡的通知，怪盜團產生了動搖。

摩爾加納離開了蓮等人卻沒有回來。蓮他們擔心著摩爾加納的同時，侵入下一個目標——奧村的宮殿。而在那裡阻擋著怪盜團去路的，是行蹤不明的摩爾加納和自稱美少女怪盜的少女。

互相傳達彼此的想法，蓮等人和摩爾加納順利和解。另一方面，為了拯救被強求與父親決定的未婚夫結婚而感到苦惱的少女·奧村春，怪盜團再次嘗試潛入奧村的宮殿。

怪盜團成功從春的父親·奧村的宮殿裡偷走了寶藏，然後全員聚在一起舉行慶賀派對。但是，正在召開的奧村的記者招待會上發生了意外的事件，蓮等人到此為止作為怪盜團所做的事情產生了疑問。

明智作為嘉賓被邀請去秀盡學園的學園祭，蓮等人加強了警戒。然後在學園祭當天，明智出現在蓮他們的身邊，並意外地提出了一個有關怪盜團的提議。

為了讓真的姐姐，檢察官·新島冴悔改，怪盜團收到了明智希望協助的請求，於是他們潛入了冴的宮殿。另一邊，說是雙葉親戚的男人出現在了惣治郎的身邊……

為了偷走冴的寶藏，怪盜團潛入了新島的宮殿。在宮殿裡陰暗的冴自言自語。了解了扭曲的想法的真，決心必須得盡快阻止冴。

怪盜團試圖從新島的宮殿裡逃出來。他們各自分開逃走，然而作為誘餌角色的蓮被埋伏著的機動警察給抓起來了。蓮受到了無情的審訊，然後剩下的伙伴們嘗試來一次起死回生的大作戰……！