Dois anos após a misteriosa Erupção que matou a sua família, Aiko quase já consegue andar novamente. Mas a chegada de um aluno transferido vira-lhe a vida do avesso.

Kanzaki leva Aiko à Cidade, onde Kurose, antigo colega de trabalho do pai dela, lhe revela algo inacreditável: o cérebro dela foi transplantado num corpo artificial.

O OCSA prende Aiko e Yuya, mas os Mergulhadores libertam-nos. Embora a Matéria esteja novamente ativa, o grupo tenciona deslocar-se ao Ponto Primário.

O grupo atravessa a Barragem numa altura em que o governo ordena uma evacuação. O seu primeiro alvo é a Separadora em K1, mas a Matéria está ativa.

No interior da Área, o grupo descansa e reabastece-se no acampamento. Nanbara recebe boleia de Kurose, mas ela e Isazu parecem ter os seus próprios planos.

As Forças Especiais do OCSA intercetam o grupo e tentam recuperar Aiko. Kurose percebe que Yuzuha, a filha de Isazu, tem uma ligação à Matéria.

Os Mergulhadores confrontam Aiko e Kanzaki, mas concordam em continuar a missão. Isazu torna-se diretor do laboratório e toma conhecimento do corpo duplicado número um.

A equipa chega ao seu destino no Ponto Primário, mas Isazu consegue confrontar Kanzaki acerca das suas intenções através de uma transmissão de vídeo.

Aiko tem a oportunidade de falar com o seu outro eu dentro da Matéria Maligna. Entretanto, a Matéria de forma humana traga Yura, revelando Yuzuha.

Isazu estabelece uma ligação com a Matéria para poder interrogar Yura. Os Serviços de Autodefesa preparam-se para incinerar a Área, apesar das objeções de Nanbara.