エリス神殿での闘いで、響子の小宇宙は消えた。邪神を討つために彼女を救えなかった自身の存在意義に心揺れる沙織。しかし城戸光政の遺志を継ぎ、「銀河戦争」は無情にも始まってしまう。一方、闘いで負傷した翔子は沙織から別れを告げられ納得が行かず落ち込む中、姉にもらったペガサスのペンダントを落としてしまう。拾ってくれた少年は、「銀河戦争」に参戦する、ペガサスの星矢だった。

黄金の矢が沙織を襲うー　時を同じくして、蠢き活性化する邪霊たち。邪神の器であった翔子は邪気に引きずられるように、意識を失ってしまう。邪霊の沈下に励むマユラと聖闘少女たち、そして星矢たち青銅聖闘士は、アテナを救うため聖域に向かう。今、十二宮の死闘が始まったー。