レンの優勝で幕を閉じた《スクワッド・ジャム》から二週間後、レンのプレイヤー・小比類巻香蓮の部屋に、６人の女子高校生が集まった。彼女たちは《スクワッド・ジャム》でレンが最後に戦った相手チーム《ＳＨＩＮＣ》のプレイヤーたち。彼女たちは香蓮を慕い、大会の録画映像を観ながら勉強会をしたいと申し出たのだ。彼女たちは第２回の大会に向けて、早くも準備を始めていた。北海道の実家に帰り、友人の篠原美優と親交を温めた香蓮のもとに一通のメールが届く。それは第２回《スクワッド・ジャム》開催のお知らせだった。しかし…… 「……正直、出なくてもいいかな……」 乗り気でないまま東京に戻ってきた香蓮が自宅のマンションに入ろうとしたとき、ひとりの男が現れる。

《セカンド・スクワッド・ジャム》が開催される。今回は小比類巻香蓮の友人、篠原美優も参戦。彼女は別のVRMMORPGからキャラクターをコンバートし、フカ次郎というアバターで《ガンゲイル・オンライン》を始める。レンは、フカ次郎を連れて、武器を購入しに行くが……。 「と、その前にＳＪ２の参加登録しなきゃ！」 　レンの《セカンド・スクワッド・ジャム》参加が公表されると、第１回《スクワッド・ジャム》のライバルたちが打倒レンに向けて動き始める。

残りは６チーム。サバンナで戦うレンとフカ次郎のふたりは《MMTM》の襲撃を受けた。そのとき、前回《スクワッド・ジャム》のライバルチーム《ＳＨＩＮＣ》が、レンたちの前に現れる。《ＳＨＩＮＣ》のボスは、レンにガチのタイマン勝負を申し込むが……。 「ごめん……それはできない」 　唯一ピトフーイを止められるのはレンのみ。７チームを返り討ちにして勢いが止まらないピトフーイとエムのチーム《PM4》に《ＳＨＩＮＣ》と《LF》が挑む。エムの狙撃をかいくぐり、最強の盾を突破することはできるのか……。 「各員、気合い入れな！　目標《ＰＭ４》！　《お菓子作戦》を開始する！」

《セカンド・スクワッド・ジャム》もいよいよ大詰め。レンとピトフーイの一騎打ちが始まった。 「こんなに追い詰められたのは、レンちゃんのおかげ！　滾る勝負ができて、本当に嬉しいわ」 　ゲームに本気で命をかけている、と言うピトフーイ。そんな彼女にレンは挑発する言葉をかけ、その感情を揺さぶろうとする。激しい戦いの中、レンは絶体絶命に追い詰められるのだった。 　はたして、ふたりの戦いの行方は？　《セカンド・スクワッド・ジャム》を制する者は誰か？　そしてレンはピトフーイの命を救うことが出来るのか!?