茂野大吾は、いまも現役のプロ野球選手を父にもつ小学生。かつてメジャーリーグでも活躍した父親・吾郎に憧れて、少年野球チーム「三船ドルフィンズ」で野球を始める。しかし、二世ならではのプレッシャーのなか思うように上達できず、大吾は1年足らずで野球をやめ、無気力な生活を送っていた。迎えた小学6年生の春、大吾の目の前にアメリカから帰国したという転校生が現れる…。注目の新作野球アニメ、ついにプレーボール!!

アメリカからやってきた転校生・佐藤光の父親は、大吾の父・吾郎の盟友にして、大リーグでも活躍した名捕手の佐藤寿也だった！ さっそく光は「近所の野球チームに入りたい」と大吾にたずねるが、すっかり野球に嫌気がさした大吾は、光に対してつれない態度をとる…。その晩、大吾の母・薫のもとにドルフィンズ監督の田代から「週末の練習試合に人数が足りなくなり、大吾を貸してくれないか」という依頼が舞い込む。

強肩強打の元メジャーリーガー佐藤寿也の息子であり、野球の本場・アメリカから帰国したばかりの光が、さっそく練習試合で外野手として起用された！ 大吾やベンチの藤井や田代も、光のファーストプレーを息をのんで見守るが、なんと平凡な外野フライを後逸&大暴投…。実は、光はまったくの野球初心者だったのだ…。悪びれずに初めての野球の実戦をエンジョイする光。一方、大吾は光の身体能力や運動センスに驚かされていた。

練習試合で光のずば抜けた野球センスを目の当たりにした大吾は、自らの野球の才能と引き比べ、ひとり意気消沈していた。そうして周りの目ばかり気にする大吾に対し、光は「君は野球が好きなんだよ」と励まし、ドルフィンズの練習に誘う。迎えた週末、早朝の河川敷には光と大吾の姿があった。おもむろにキャッチボールをはじめる二人。そんな二人の姿をドルフィンズのエース・卜部と正捕手のアンディが土手から眺めていて…!?

「楽しそうだからピッチャーがやりたい」と言い出した光は、ボールの握り方もフォームもめちゃめちゃだったが、目を見張る剛球の持ち主だった…！そんな光の練習相手にかりだされた大吾に対し、光は無邪気にふたりでバッテリーを組もうと提案する。肩の弱い自分がキャッチャーに向いているとは到底思えず、大吾は光のアイディアを拒否するが、姉のいずみは、大吾の性格や野球の知識はキャッチャー向きだと指摘するのだった。

母・薫の思わぬケガもあり、大吾はしかたなくバッティングセンターで速球を捕る練習をはじめる。その矢先、大吾の目の前に元メジャーリーガーの佐藤寿也が現れた！ 父・吾郎とバッテリーを組んだ強肩強打の名捕手であり、なにより光の父でもある寿也の登場に呆然とする大吾…。実は、寿也が大吾のもとにやってきたのは、父・吾郎の計らいでもあった。さっそく寿也は、バッティングセンターで大吾の練習に付き合うようになる。

光とひさしぶりにキャッチボールをし、あらためてバッテリーとしての手ごたえを感じた大吾。しかし、迎えた週末の練習で、急きょ光が母方の実家の群馬に引っ越したことがわかり、ショックを受ける。ひとことも告げることなく、ドルフィンズを去り転校していった光に失望する大吾は、気にかける睦子にもいらだちをぶつけてしまう。寿也のキャッチャー特訓も断り、部屋に引きこもる大吾。その大吾の部屋にやってきたのは…。

わたしは佐倉睦子。三船小学校6年2組、茂野大吾くんのクラスメートです。お兄ちゃんが地元のドルフィンズにいたこともあって、小さいころから野球が大好きです！ 茂野くんや光くんが練習する姿を見ていて、野球をやりたい気持ちが押さえられなくなりました。中学受験もあって、お父さんはシブっていましたが、なんとか認めてもらって、無事ドルフィンズの一員になりました！ さて、きちんと誰かに野球を教えてもらわないとな…。

夏の大会を直前に控えた練習試合でチームワークを深め、大吾たち三船ドルフィンズのメンバーは少しだけ自信と手ごたえをつかむ。その一方で、あわただしく母の実家がある群馬に転校していった光は、ドルフィンズの仲間とも離れ、心の晴れない日々を送っていた。祖父や母の前では、けなげに明るくふるまう光だったが、転校した新しい小学校で野球チームに誘われても「いまはそんな気分になれない」と断ってしまう。

いよいよ夏の大会の初戦がやってきた！ 大吾たち6年生にとっては、三船ドルフィンズでむかえる最後の大会だ。ここ数年、1回戦での敗退を繰り返してきたドルフィンズの相手は谷川イーグルス。監督の田代は、少しづつ上達してきた大吾を2番ライトで起用する。ところが、「親の七光り」を目の敵にするエース・卜部や、大吾のかわりに8番バッターに降格した永井は、大吾のスタメン起用が気に食わず、厳しい目を向けるのだった。

谷川イーグルスとの夏の大会初戦、三船ドルフィンズは4点をリードし、試合は終盤に突入していた。ドルフィンズを引っ張るエースの卜部と4番でキャッチャーのアンディは、大会を勝ち進み、かつて自分たちが所属していた強豪・東斗ボーイズにリベンジを果たしたいと奮闘する。大吾たち野手陣も泥臭いプレーでなんとかリードを守り続け、むかえた最終回、ここまで力投を続けていた卜部は、もはや体力を使い果たしていた…。

夏の大会初戦、4点リードして最終回をむかえながら、大吾のタイムリーエラーで同点に追いつかれてしまった三船ドルフィンズ。エラーの責任を背負い込んですっかり意気消沈する大吾だったが、バックネット裏から思わぬ声をかけられ、目を見張る。なんとそこには、群馬から光が駆けつけていた！ チームを去ってしまった気恥ずかしさもあり、ユニフォームではなく、私服で応援にあらわれた光。だが、光のバッグの中には…!?

光と大吾の新バッテリーの活躍もあり、三船ドルフィンズは夏の大会の1回戦を突破する。悲願の勝利に監督の田代は号泣して喜ぶが、試合中に負傷したアンディは全治10日と診断され、翌週の2回戦に向けてチームは不安材料を抱えることになった。そんななか、チームの初戦突破をただベンチから見守るしかなかった睦子は、グラウンドで躍動した大吾や光の姿を思い浮かべ、モヤモヤした気持ちを捨てきれずにいた。

夏の大会の2回戦、大吾たちドルフィンズの相手は虹ヶ丘ビートルズに決まった。ビートルズのエース玉城（たまき）は、小学生離れした長身ながら山なりの超スローボールが武器。偵察した卜部は、玉城の謎めいた投球スタイルを警戒する。そして、ビートルズ監督の小森は、かつて大吾の父・吾郎とバッテリーを組んだ堅実な捕手でもあり、しかもドルフィンズの前監督でもあった…。くせ者ぞろいのチームが大吾にゆさぶりをかける！

バントや盗塁など、小技をからめた虹ヶ丘ビートルズの「スモールベースボール」。初めて先発バッテリーを組んだ卜部と大吾のスキを突かれ、ドルフィンズはいきなり初回に2点を失ってしまう。さらに、ビートルズのエース玉城が投じる超スローボールとヒット性の当たりをなんなく処理していく相手守備の前に、打線も封じられてしまう。なんとかして相手のクセを見抜くべく、攻守に頭脳をフル回転させる大吾だったが…。

スローボールだけで緩急の差をつけ、タイミングを狂わせるビートルズ・玉城の前に凡打を重ねるドルフィンズ。キャッチャーを大吾からアンディに交代させ、なんとか守備のリズムを取り戻しながらも、試合は終盤にさしかかる。ところが、これ以上の失点は許されない6回表、ライトの睦子が相手の策略にハマり、さらに追加点を与えてしまう！ 3点差を追いつかねばならないドルフィンズ、6回裏の攻撃は9番の睦子から始まる…。

光の劇的な逆転満塁ホームランが飛び出し、夏の大会2回戦で難敵ビートルズを下した三船ドルフィンズ。ところが息つくヒマもなく、昼の休憩を挟んで、3回戦の本郷シャークス戦を迎えることになった。2回戦に登板した卜部は連投制限のため、光が先発ピッチャーを務めることに。そして、非凡なバッティングセンスを発揮した睦子もベンチにまわり、今まで外野のレギュラーだった永井がふたたびスタメンに起用された。

光の完封勝利で準々決勝に進出したドルフィンズ。次の相手は、卜部やアンディも所属していた名門・東斗ボーイズに決まった。この強豪チームの中心選手が、左腕エースの眉村道塁（みちる）と4番でキャッチャーの渉（わたる）の双子の姉弟だ。眉村姉弟の父・眉村健は、かつて大吾の父・吾郎とワールドシリーズで投げ合った元メジャーリーガーの名投手。道塁と渉の圧倒的な存在感に、ドルフィンズメンバーは衝撃を受ける。

ドルフィンズのエース・卜部には、野球好きの父親に鍛えられ、意気揚々と名門東斗ボーイズに入団した過去がある。当初、ピッチャーとして活躍を夢見ていた卜部だったが、小学4年生のころ、途中から入団したメジャーリーガーの2世である眉村渉の台頭に押し出され、幼なじみのアンディとともに東斗ボーイズをやめてしまう。ついにかなった因縁の東斗ボーイズとの対決に闘志を燃やす卜部に、監督の田代から一本の電話が入り…。

夏の大会準々決勝、三船ドルフィンズは、光と大吾の先発バッテリーで強豪・東斗ボーイズに挑む。一方の東斗ボーイズは、準決勝を見越してエース左腕の眉村道塁を温存、控え投手の小松を先発マウンドに送る。道塁が先発してこないことに、卜部は「なめられた!?」と怒りと落胆を隠せない。ところが、控えとはいえ、小松も球威抜群のストレートを繰り出し、名門東斗の底力と選手層の厚さに大吾や田代は圧倒されるのだった。

ドルフィンズ先発の光は、1点こそ失ったものの、メガネが壊れるという思わぬアクシデントを乗り越え、立ち直りを見せる。3回表には、大吾の捨て身のスクイズで1点をもぎとり、全国レベルの強豪・東斗ボーイズに食い下がる。ところが、同点に追いついたばかりの3回裏、光の速球を眉村道塁が打ち返し、さっそく出塁。なんとかコントロールを工夫しようとする光だったが、小手先の対策が通用する東斗打線ではなく…。

強力な東斗打線につかまり、先発の光が途中降板し、急きょ卜部がリリーフに立ったドルフィンズ。卜部の丁寧なピッチングと、気を取り直した光の豪快なホームランで追い上げ、ふたたび試合の流れを取り戻そうと奮闘する。そして、中盤の5回表、ドルフィンズ打線は、ついに疲れの見えた東斗先発の小松をとらえて試合は振り出しに！ 思いもよらぬドルフィンズの反撃に、ついに相手エース・眉村道塁がマウンドへと向かう。

格下と見ていたドルフィンズに同点に追いつかれ、今まで静観をきめこんでいた東斗ボーイズの監督・乾が動き出した。4番眉村渉にはつなぎのバッティングを命じ、スクイズも加え、あっという間に2点を追加、ドルフィンズを突き放しにかかる。さらに、緊急登板した東斗のエース眉村道塁は連続三振の快投を演じ、試合は最終回へ。ドルフィンズも大吾や卜部が粘りの出塁を果たし、ワンアウト満塁で4番光の打席を迎えるのだった…。

夏の大会・準々決勝、名門東斗ボーイズと対戦した大吾たちドルフィンズは、永井の起死回生の振り逃げで同点に追いつく。迎えた7回裏、東斗はツーアウト満塁と卜部を攻め、ふたたび光がマウンドへ上がる。ふたたびギアを上げた光は快速球を連発するが、打ち取ったはずの小フライを追って光と大吾が衝突、まさかのサヨナラ負けの幕切れとなった。そして、試合の翌週、光の様子が気になる大吾は、群馬へと向かうのだが…。

ゴメン、大吾くん…ここまで回復してることを、ずっと黙っててゴメン！ ホントは完全復活した姿を見せられるまで、みんなにもナイショにしたかったんだけどね…。ほら、大吾くん！ ボクが前に手紙で書いたよね？ いつか必ずふたりで最強バッテリーを組もうって！ まだ走るまではできないけど、ボクは中学も野球部入って復活する！ 必ず復活する！ だから…だから、大吾くんも好きな野球をやめたりしたら絶対にダメだよ！

メジャーリーグでも活躍したプロ野球選手を父に持つ主人公・茂野大吾は中学２年生。幼なじみで少年野球時代からのチームメイトである佐倉睦子とともに私立風林中に通う。野球部に所属する大吾と睦子だったが、部員はわずか６名、睦子を含めた４人が女子だ。新１年生を迎える４月、キャプテンの大吾はメンバー不足を補うため、新入生の勧誘に意欲をみせる。そのころ、入学式ではスポーツ推薦の１年生が顔をそろえていて…。

部員わずか６人だった風林中の野球部に、強豪少年野球チーム南陽ライオンズ出身の仁科たち５人の新１年生が加わり、上級生の大吾たちは気を引き締めて朝練習のグラウンドへ向かう。ところが、仁科たち１年生は、南陽時代の恩師であり、風林中野球部の新監督に就任予定の国友監督が着任するまでは練習に参加する気はない、と反発する。そんな大吾たちのところへ、顧問の山口先生が「話がある」とやってきて…！？

新監督の就任が取り消されたことで、１年生男子４人はシニアリーグに進み、風林中野球部の新戦力は、男子でひとり残された仁科に名門横浜リトル出身のアニータ＆千里を加え、結局３人だけとなった。こうしてギリギリ９人がそろった矢先、２週間後に公式戦が控えていることが判明する。キャッチャーのアニータはさっそくの実戦ということで鼻息もあらく、投手陣が仁科と睦子だけでは心もとない、と大吾にくってかかる。

風林中野球部が県大会の初戦を迎える朝、大吾の父・吾郎は、大リーグ時代のチームメイトでもあり、小学生時代の大吾に野球の基礎を教え込んでくれた盟友・佐藤寿也と電話で語り合っていた。お互い近況を伝え合いながらも、風林中の初戦を気にかける寿也。そんな寿也に吾郎は、思わぬ形で１年生にしてキャプテンを担うことになった大吾の半年間の奮闘を思い浮かべ、「大吾ならやるさ」と力強く言い切るのだった。

新生・風林中野球部の大会初戦の相手は五木（いつき）中学校。五木中のエース、横内はグラウンドに出てきた風林中のメンバーがわずか９人で、女子が６人もいることに驚く。「女子ばかりの相手になぜエースの自分が先発しなければいけないのか」と不満を隠せない横内は、トップバッターの千里と対決する。一方、風林中の先発・睦子は初めての公式戦の登板とあって、気持ちを引き締めてマウンドへと向かうのだが…。

地区予選の一回戦、風林中は初回に幸先よく３点を先取したが、五木中の先発・横内が封印していた変化球・スライダーをまじえてきたことで、打線は徐々に抑え込まれていった。風林中の先発・睦子も変化球を丁寧に投げ込み、なんとか五木打線をかわしていく。ロースコアの接戦を覚悟する大吾は、風林守備陣のほころびを懸念するが、その矢先、ファーストの３年生・丹波がなんでもないゴロを取り損ねてしまう。

風林中の次戦の相手は、大吾たちの小学生時代のチームメイトであった卜部（うらべ）とアンディを擁する清和（せいわ）中学校に決まった。初戦で１１もの盗塁を記録し、コールド勝ちした清和中の機動力を目の当たりにした大吾やアニータは、盗塁対策の必要性を痛感する。そこで、初戦を終えたばかりの野球部メンバーをふたたび学校に集め、ピッチャーの睦子が相手ランナーを抑えるための特訓に取りかかるのだった。

盗塁やバントなど脅威の機動力を誇る清和中を封じるため、ピッチャー睦子を中心にランナーへの牽制（けんせい）を入念に準備し、大吾たちは二回戦に臨む。「序盤から清和中が無謀に仕掛けてくることはない」と予測する大吾だったが、清和中のトップバッター森口がいきなり出塁。さっそく風林バッテリーに揺さぶりをかけてくる。動揺する睦子にハッパをかけるキャッチャーのアニータも、いつしか平常心を失って…。

地区予選の二回戦。清和中の機動力を警戒するあまり周りが見えなくなっていたキャッチャーのアニータは、ライトの仁科にいくつかのミスをズバリと指摘され、言葉に詰まる。小学生時代に所属していた名門・横浜リトルでも、キャッチャーのポジションをめぐり苦い思い出を抱えていたアニータ。自らがキャッチャー失格なのではないかと、試合中にもかかわらず意気消沈し、大吾にキャッチャー交代を申し出るのだった。

アニータの一発で同点に追いついた風林中だったが、終盤の６回表、清和中に長打を浴び、勝ち越しを許してしまう。さらにそのクロスプレーでキャッチャーのアニータは手首を負傷。レフトの大吾がマスクをかぶることになる。一・三塁にランナーをかかえ、さらなる失点のピンチで打席に迎えるのは、清和中の四番アンディ。強打を誇るかつてのチームメイトを相手に、大吾と睦子のバッテリーが選んだ作戦とは!?

地区予選二回戦はついに最終回へ！７回表、清和中に追加点を許し、さらにリードを広げられるが、緊急登板した仁科が連続三振を奪い、風林中はなんとかピンチを切り抜ける。そして７回裏、風林中の最後の攻撃は３番の沢から始まる上位打線。だが、４番のアニータは右手首を負傷したばかり…。卜部とアンディの清和バッテリーは、そんなアニータの弱点である内角を厳しく攻め立てるのだった。

大吾の劇的なサヨナラヒットで、旧友の卜部＆アンディを擁する難敵・清和中を破り、地区大会準決勝に駒を進めた風林中。激戦の疲れも引きずったまま、他校の試合を偵察する風林メンバーだったが、太鳳と弥生はそそくさと球場を後にしてしまう…。横浜リトル時代から太鳳と弥生の後輩だったアニータは、憧れていた先輩ふたりの淡白な行動が気になりながらも、足早に自らのケガの治療に向かう―。

前日からの雨が上がりきらないまま、地区大会の準決勝、柳川（やながわ）中学校との対戦をむかえる。連戦のなか、負傷のアニータは６番に下がり、４番大吾、５番仁科とオーダーを組み替えて臨む風林中だが、先発ピッチャーには引き続き睦子が起用される。てっきり千里が先発に抜擢されると予想していた睦子は戸惑いをみせるが、初戦からの成長ぶりを実感する大吾はそんな睦子を力強く励ますのだった。

関鳥の豪快な満塁ホームランで準決勝を制した風林中は、連戦となる午後からの決勝戦に向けて慌ただしく準備を始める。一方の準決勝である、英邦学院（えいほうがくいん）と大尾（おおび）中学校の対戦の偵察を睦子たちに任せ、決勝で先発する仁科の投球練習に付き合う大吾。しかし、英邦と大尾の試合が思わぬ展開になり、急きょスタンドに呼び出された大吾は、大尾中の顔ぶれに衝撃を受ける。

部員９人で勝ち上がってきた風林中と、名門・横浜シニア勢をそろえた大尾中との地区大会決勝がついにプレーボール！ともに左利きの眉村道塁（みちる）がショート、出光がセカンドという布陣を目の当たりにした大吾は、先発世古、キャッチャー魚住とシニア出身者でセンターラインを固める大尾中の意図に気づく。そして、風林中のトップバッター千里の打球がさっそくショートの道塁を襲うが…。

眉村道塁ら強力メンバーを擁する大尾中との決勝戦。風林中先発の仁科は序盤から力投を続けるものの、スタミナ切れと守備の乱れで３回裏に５点を失ってしまう。仁科の続投をあきらめ、４回から急きょ風林マウンドを引き継いだのは、センターの千里。横浜リトル時代に投手経験のある千里だが、中学では初めての実戦登板となる。父・藤井もスタンドから興奮して見守るなか、マイペースの千里はどんな投球を見せるのか…！？

ノーヒットに抑えられていた風林中は、５回表に大尾中の二番手ピッチャー・出光を攻め、千里のタイムリーなどで２点を返す。だが、大尾中はリリーフに眉村道塁を投入、太鳳をショートゴロに打ち取って逃げ切りを図る。４回から登板し、意外な（？）好投をみせた千里だったが、２イニング目に突入した５回裏に早くもスタミナ不足から握力を失ってしまう。連投制限で睦子も登板できないなか、マウンドに立つのはいったい…？

千里のあとを受けて緊急登板した弥生が大尾打線を抑え込むものの、風林中の反撃も封じられ、地区大会決勝は大尾中３点リードのまま最終回に突入する。絶体絶命の７回表、風林中はツーアウトながら、一・三塁の最後のチャンス！トップバッターの千里は粘り強くフォアボールを選び、二死満塁と大尾中の道塁にプレッシャーを与える。そして、前の打席でショートゴロに封じられた２番の太鳳へと打順がまわる。

千里のあとを受けて緊急登板した弥生が大尾打線を抑え込むものの、風林中の反撃も封じられ、地区大会決勝は大尾中３点リードのまま最終回に突入する。絶体絶命の７回表、風林中はツーアウトながら、一・三塁の最後のチャンス！トップバッターの千里は粘り強くフォアボールを選び、二死満塁と大尾中の道塁にプレッシャーを与える。そして、前の打席でショートゴロに封じられた２番の太鳳へと打順がまわる。

季節は秋を迎えた。夏の大会を終えた風林中野球部は、最上級生だった丹波が引退し、新たなチーム作りを迫られる。とはいえ、残る部員はわずか８人だけ。そのため、週末の練習試合には引退した丹波に助っ人を頼み、どうにかこうにか９人での活動を続けていた。部員不足を解消しようと、在校生から野球部の新しい部員を募ることを考える大吾たち。そうしたなか、1年生の千里には新しいメンバー勧誘のアテがあるという…!?

ふたたび部員不足に見舞われた風林中。大吾は野球経験のある千里の姉・千代に声をかけたものの、あっさりと断られてしまう。推薦入学組のショート・千葉が加わったことで、かろうじて９人目の部員を確保することができたが、アニータや千里は、千代の加入をあきらめてはいなかった。そんなある日、仁科の下駄箱にアニータから意味ありげな手紙が届く。期待しながら（？）放課後の中庭に向かった仁科だったが…。

強豪・辻堂（つじどう）学園中学校との待望の練習試合が実現した風林中は、入院した千葉に代わり、マネージャー志望の千代をスタメンに組み込み、なんとか試合開始を迎える。ところが、女子が７人ということで、初回から１０点ものハンデが与えられ、大吾も悔しさを隠せない。そんな辻堂中を見返すべく、初回から弥生や太鳳が好守を連発、そして、打席に立った大吾やアニータも相手先発・岡をとらえて打ち崩してゆく。

アニータのホームランや、この日がデビューの千代にもヒットが生まれ、強豪の辻堂中を一気に引き離した風林中。しかし、辻堂の二番手に登板した１年生投手・マリオの豪速球と大きく変化する「マリオボール」に追撃を封じられる。先発の睦子は、このままリードを守ってコールド勝ちに持ち込むことを狙うが、３回裏、辻堂中はマリオのツーベースをきっかけに攻勢に出る。さらにレフトを守る千代の前にも打球が飛んできて…!?

練習試合に臨み、辻堂中を大量リードしていた風林中だったが、本来の主力である辻堂Ａ組メンバーが登場したことで、一気にリードを詰められてしまう。さらに辻堂のキャッチャーとして、大吾や睦子の小学校時代のチームメイトだった坂口光（佐藤光）が姿をあらわし、大吾たちは驚きを隠せない。元メジャーリーガーである父親の寿也と同じキャッチャーをつとめるという光。はたしてその実力はどれほどのものなのか…？

風林中野球部は辻堂中に屈辱的な敗戦を喫した。男子との差を突きつけられ、吹っ切れたような弥生や太鳳。リベンジを誓い、より一層練習に打ち込もうとする仁科やアニータ。ピッチャーとしての自信を打ち砕かれた睦子。そして、再会した光にやりこめられ、意気消沈の大吾。そんな仲間たちを見つめるしかない関鳥や千代に、やっぱりマイペースの千里…。すっかりバラバラになった風林ナインを再びつなぎとめるものとは…？