神奈川県海猫市にある県立海猫商業高等高校、通称｢ウミショー｣。沖浦要は、カナヅチなのに何故か個性的な面々が集まる“ウミショー水泳部”のマネージャーをやっている。5月のある日、浜辺にイカダが流れ着いたという知らせが！野次馬気分で浜辺に向かった要たちが目撃したのは、何とイカダの上に家、そして、かわいい女の子とおっさん！要はその女の子に以前逢ったことがあるような気がする・・・

副部長の織塚桃子に誘われ、水泳部に入部することになったあむろ。見た目が中学生に見える生田蒔輝や巨乳スイマー静岡みれいなど個性的な部員達がいるウミショー水泳部だが、その中でも一際異彩を放つ部長の碇矢雅(イカマサ)。剃毛好きのイカマサは、おもむろにあむろのムダ毛を剃り始める。さらに、新入部員歓迎と称し、部員に剃りあいを命じるイカマサ。女子部員を剃ろうと暴徒化する男子達！

毎年恒例の三校戦。かわいい女の子揃いのウミショー水泳部は、皆の視線を釘付けにする。特に、新加入のあむろは他校男子たちから注目を集める。競技が始まり、織塚は200M女子自由形1着と幸先良いスタートを切るが、男子部員の順位の影響でウミショー水泳部は総合最下位の恐れが…。そんな中、注目のあむろがスタート台に立つ！

ウミショー水泳部は“協調性”を養うために学校で合宿を行うことになった。織塚はスパルタで練習を命じるが、みんなは好き勝手に遊び放題。プールサイドでは、イカマサを中心にバーベキューをはじめる始末。それを注意しようと織塚に、異変が！？ 波乱の合宿、スタート！

嵐でイカダハウスが壊れ、あむろとあむろのパパは、沖浦家に居候することになった。あむろとの同居を意識している要と全く気にせずいつも通り自由奔放なあむろ。その態度にイラつく要は思わず、あむろにキツイ言葉を発してしまう。その言葉を聞いたあむろは、悲しげな顔をして、家を出て行ってしまった！

ウミショーに新たな転校生がやってきた。ファッションモデルで、その上、背泳で全中2連覇の実力派スイマー、魚々戸真綾。ワガママな真綾は、要と幼馴染で、要が好きで同じ学校に通うために引っ越してきたのだ。そんな真綾は、早速あむろに火花を散らす！

あむろと真綾の二人の新戦力が加わり、県大会に向けて気合が入る織塚。織塚の号令のもと、あむろが飛び込もうとした時、突風であむろの“ペケ”が片方飛ばされてしまった。すっかり元気が無くなってしまったあむろ。ふわふわと宙を舞う“ペケ”。ウミショー水泳部は、競泳水着のまま、あむろの“ペケ”を追いかけ、街へ向かう！

3年生にとっては最後の県大会前日。そんなときでもイカマサは男子部員を集めて麻雀、女子の水着の無断試着といつも通りのマイペースぶり。そして迎えた当日。女子更衣室で、織塚は因縁のライバル・四宮大付属高の南条と再会する。2人の言い争いは、他の部員も巻き込んだ対決に発展する！

県大会で大躍進を果たしたウミショー水泳部。しかし、遠征を前に肝心の部費が乏しいことに気づく。織塚は生徒会に掛け合うが、ハチャメチャな水泳部の話は聞いてもらえない。そんな中、黄瀬は、あむろ達に水泳部誕生秘話を話しはじめるが…

緒ノ島祭りにやってきたあむろと要が歩いていると、何故かあちらこちらでウミショー水泳部のメンバーに出会う。真綾は要とあむろが2人でいることに苛立つ。要が自分を相手にしない原因が、あむろより胸が小さいことだと僻み、その場を立ち去ってしまう真綾。

関東大会まであと一週間。が、調子がイマイチの織塚を中心にチューブを使用した練習などで短期間でのレベルアップを目指す。 あっという間に一週間が過ぎ、関東大会前夜、海商水泳部一行は、会場近くの旅館に到着した。

関東大会2日目を迎えた海商水泳部。前日が嘘のように織塚やあむろが幸先の良いスタートを切る。大会に出ていないマキオや武田の応援にも力が入る。そんな中、あむろはメドレーリレー予選で一緒だった玉塚学園の新堂ナギに声をかける。

織塚の負傷により、急遽、女子メドレーリレー決勝に出場することになったあむろ。第4コースにウミショー、ライバルである四宮大付属が第3コース、玉塚学園が第5コース。イカマサやマキオらの声援を受けながら決勝がスタートした！