Tým – unavený pobytem v Šéfově domě – se rozhodne v jeho nepřítomnosti navštívit město. Tento zdánlivě neškodný výlet má však nedozírné následky, včetně setkání s tajemným a mocným darebákem jménem pan Nikdo.

Poté, co pan Nikdo zajme Nilese Cauldera a město Cloverton ve státě Ohio je zničeno, Doom Patrol vyšetřuje tajemného albínského osla a zjistí, že jde o portál do paralelního vesmíru, který ovládá pan Nikdo. K jejich pátrání se připojí cyborg zvaný Vic Stone, z části muž a z části stroj, hrdina z Detroitu, který má komplikovaný vztah s Nilesem Caulderem.

Doom Patrol sleduje svou jedinou stopu při pátrání po Nilesi Caulderovi a vydává se do Paraguaye. Tam najdou doktora von Fuchse, nacistického lékaře, který z Erica Mordena udělal pana Nikdo.

Zatímco tým sbírá síly po bitvě ve Fuchtopii, Willoughby Kipling, kouzelník a jeden ze starých přátel Nilese Cauldera, nečekaně požádá Doom Patrol, aby mu pomohla odvrátit konec světa zastavením nihilistického kultu.

Blíží se soudný den a Doom Patrol se musí spojit s nečekaným společníkem – a velmi zvláštním mopsem – aby odvrátila konec světa.

Jane, Larry a Rita se vydávají po stopě, kterou zanechal pan Nikdo, a navštíví školu, kam odešel Nilesův starý tým hrdinů, původní Doom Patrol. Mezitím se mezi Cliffem a Vicem vytvoří křehké pouto díky jejich společným problémům s otcem.

Po Cliffově násilném výbuchu se tým zapojí do skupinové terapie, která vede k jejich sblížení.

Uvědomělý transgenderový kluk z ulice Danny, který se umí teleportovat a je pronásledován Úřadem pro normalizaci, potřebuje Nilesovu pomoc - ale místo toho dostane Vica a Larryho.

V důsledku předchozí skupinové terapie se Jane uchýlí do podzemí, nebezpečného místa hluboko ve svém vlastním vědomí.

Vic a Rita zjistí, že do sídla pronikl Ernest Franklin, nebezpečný muž zvaný Lovec vousů, kterého vyslal Úřad pro normalizaci, aby našel Nilese Cauldera.

Larry navštěvuje svou ztracenou lásku Johna – jak ve skutečném světě, tak ve světě snů – a Cliff cestuje s Ritou do země aligátorů, aby se po třiceti letech znovu setkal se svou dcerou Clarou.

Vic je zajat Úřadem pro normalizaci a uvězněn na Mravenčí farmě a jeho otec Silas Stone vymyslí plán, jak ho spolu se zbytkem Doom Patrol osvobodit. Ale věci nejdou podle plánu.

Doom Patrol uteče z Mravenčí farmy s Flexem Mentallem a snaží se mu vrátit jeho vzpomínky a schopnosti, aby našla Náčelníka.

Doom Patrol se za pomoci Flexe a Dannyho z ulice vydává do Bílého prostoru, aby zachránila Náčelníka před panem Nikdo. Ten jim však učiní nabídku, které je těžké odolat.

Po odhalení Náčelníka se Doom Patrol v závěrečné epizodě sezóny rozdělí. Když však pan Nikdo vymyslí nový plán, musí se tým znovu spojit, aby pomohl Šéfovi s nečekanou (a podivnou) novou hrozbou pro svět.

Niles, Jane, Cliff, Rita, Vic, Chief a Dorothy jsou i dlouhé týdny po událostech z finále první série stále zmenšení. Dorothy se pokouší spřátelit s Cliffem a Jane, zatímco Larry se ze všech sil snaží přijít na to, jak všechny členy týmu zvětšit do původní velikosti.

Cliff, Jane a Rita se ve snaze pomoci Nilesovi a Dorothy vydávají po stopách dr. Tymeho – a jeho vesmírného talismanu. Vic na podpůrné skupině potkává Roniho, odvážného válečného veterána, který zpochybní jeho přesvědčení.

Poté, co dostanou děsivé znamení, se Niles a Rita přenesou do mezidimenzního paláce nechvalně proslulého Red Jacka, který se živí bolestí a vězní Larryho. Jane je povolána do Podzemí, kde je postavena před ultimátum, zatímco její tělesná schránka cestuje na Floridu s Cliffem, který touží dokázat, že je dobrý otec. Dorothyina hra na schovávanou mezitím končí špatně.

Když obyvatelé ulice Danny uspořádají v Šéfově domě velkolepý večírek, jehož cílem je resuscitovat Dannyho, Dorothy se chce zúčastnit oslav a okusit život dospělých. Párty je v plném proudu a Rita požádá Flexe Mentalla, aby jí pomohl ukázat její potenciál, což by ovšem mohlo mít velmi nebezpečné následky.

Dorothy se konečně spřátelí s Panenkou, dokud jejich hra nenabere katastrofální spád. Cliff zjistí, že ho Niles hodlá vylepšit do lidské podoby. Vic osnuje plán, jak získat Roni zpět. Larry vezme Ritu po jejím zpackaném konkurzu za svým synem, aby poznal jeho rodinu a dozvěděl se více o životě, který opustil.

Larry dostane za úkol postarat se o Nilesův starý výzkumný tým poté, co se nestárnoucí kosmonauti vrátí z vesmíru. Když se Niles a Cliff vydají hledat zmizelou Dorothy, Jane nedokáže přestat myslet na pohřeb v Podzemí. Vic mezitím odhalí podivné spojení mezi Roni a S.T.A.R. Labs, a Rita zjistí, že její role v připravované divadelní hře je až příliš osobní.

Miranda se po objevení záhadného balíčku snaží chránit Doom Patrol před opravdu příšernými nápady. Ritu přiměje její návštěva v Clovertonském včelařství čelit svým vleklým problémům s matkou. Niles se vydá na sever najít Dorothyinu matku.

Jane je odhodlaná prokázat své schopnosti v podsvětí, a tak se vydává s Larrym na arkansaský venkov, aby našla neocenitelný artefakt. Niles uspořádá zvláštní den pro Dorothy, která před svým otcem, jehož stav se zhoršuje, tají svůj osobní rozvoj.

Než Doom Patrol ve finále druhé série zachrání svět před Svíčkařem, musí se nejprve postavit svým imaginárním přátelům z dětství.

Jane je stále uvězněna v Podsvětí, zatímco hlavní postavu ovládne zlá síla. Rita je mezitím Nilesem pověřena úkolem a musí hledat útěchu u Larryho.

Ritu tíží povinnosti, které na ni Šéf naložil, a tak se rozhodne, že by Doom Patrol měla odjet na dovolenou.

Když se Cliff, Rita a Vic probudí v Tunelu duší, jsou vrženi do různých očistců, kde se setkávají s důležitými lidmi ze své minulosti.

Doom Patrol, která je otřesena nečekanými komplikacemi spojenými s nemrtvými, cítí inspiraci k nápravě. Jejich úsilí však naruší příchod bývalého nepřítele a náhlé zmizení záhadné ženy.

Madame Rouge požádá o pomoc Doom Patrol poté, co se dozví o své nepříjemné minulosti. Zatímco se zbytek týmu snaží proniknout k cíli, Rita zůstává v pozadí a objevuje překvapivé spojení se svým tajemným přítelem.

Po přistání v roce 1917 se strojem času a velmi specifickým vzkazem začíná Rita pracovat pro Úřad pro normalizaci, kde se setkává se známou skupinou.

Jane se kvůli Kay ujímá "těch druhých", Vic se radí se starým přítelem o velké životní změně, Cliffovy online návyky se zhoršují a Larrymu je odhalen nádor.

Mlha ovlivňuje nejen ovzduší, a tak Vic, Cliff, Jane a Larry musí znovu prožít nejostudnější okamžiky svého života, dokud nedojde ke zlomu a Rita nezačne vše chápat.

Madame Rouge bojuje o své staré místo v Bratrstvu zla a hlídka se připravuje na jejich nadcházející návštěvu.

S blížícím se Bratrstvem zla odkládá Doom Patrol staré zášti v naději, že se buď stane skutečným superhrdinským týmem, nebo bude jednou provždy poražena.