トーマス・ウェインはCIAの支局長に昇進し、ロンドンへ再び派遣される。進行中の内戦に対するCIAの方針は中立を保つことだったため、トーマスは一度関係を持ったマーサ・ケインと対立してしまう。現在彼女はアジーズ警部と女王の下でイギリス同盟のレジスタンスを支えている。相変わらず同盟は、アルフレッドのスキルを見込んで有償で仕事を頼んでいた。マーサとアジーズ警部は、アルフレッドと彼の仲間に「鴉の連合」の重要人物ジョン・ソルト大佐の誘拐を依頼する。アルフレッドはSAS時代の上官ガリバー・トロイ大尉に協力を仰ぐ。 そのころ、大尉として「鴉の連合」の拘置所で働くベット・サイクスは、一斉検挙された学生活動家の１人、ケイティ・ブラウニングと思いがけず心を通わせる。

逃亡中のベットとケイティは隠れ場所を見つける。その間ベットは、昔からの友人ハーウッド卿に助けを求めようとする。一方ハーウッド卿はソルト大佐の恐ろしいストームクラウド計画に道徳的ジレンマを感じる。そのころロンドンではアルフレッドの身近な人が危険な目に遭い、近々アメリカへ発つ予定が保留になってしまう。トーマスは、CIAの命令で気の進まない作戦の指揮を執ることになる。これによってマーサと行き違いが生じ、宿敵アレイスター・クロウリーに借りを作ってしまう。

内戦がロンドンを襲い街角に爆弾が落とされるが、アルフレッドには優先事項があった。その１番目はアルフレッドたちから金を盗んだ図々しい犯人を特定することだった。そこでプロの強盗でかつての上官、ガリーことガリバー・トロイを訪ねて問いただすが、逆に驚くべき提案を受ける。一方クロウリーはイギリス同盟における道徳の中心人物（そして首相）であるポッター大主教を失脚させる計画に乗り出すが、意図しない結果になる。マーサは紛争に関して両陣営にいい顔をするアルフレッドとトーマスに失望する。ベットとケイティは古い友人のもとへ避難し、ついにハーウッド卿と連絡がつく。アルフレッドは犯人を突き止めるが、金を取り戻す作戦は大失敗に終わる。

先日の悲劇に心を痛め、アフレッドはイギリスを出る決意をますます固くする。罪の意識を捨てガリーの強盗チームに参加するが、アルフレッドとガリーの間に緊張が高まる。一方ようやくノース・ロンドンに戻ったベットとケイティは、ベットの姉ペギーを捜す。ポッター大主教が不在になり、イギリス同盟は新たな首相を選び始める。ジョン・リッパーは残忍なマニフェストを掲げ、衝撃的な主張をする。トーマスは姉のパトリシアの新しい恋人の件で、マーサに個人的な頼み事をする。鴉の連合内からのプレッシャーがハーウッド卿に悪影響を及ぼし、ソルト大佐による危険なストームクラウド計画を推し進めることになる。その恐ろしい実演を目撃したのは、ほかでもないルーシャス・フォックスだった。

アメリカへ渡る方法をトーマスに相談したアルフレッドは、法外な値段を支払う必要があると悟る。そして、CIAへの借金を避けるため、デイブ・ボーイと共にガリーのもとに戻って最後の強盗を行うことにする。一方、鴉の連合のフランシス・ゴーントは新首相のアジーズと密会する。イギリス同盟との対話の道を開き、ストームクラウドが使用されて手遅れになる前に降伏させたいと望んでいるからだ。この密会を知ったハーウッド卿はゴーントに裏切られたと感じ、心から信頼する唯一の友達、サイクス姉妹に連絡を取ろうとする。この時ベットの暗く忌まわしい過去が明らかになる。強盗現場でトラブルが発生し、最悪の逃走劇を演じたことでアルフレッドとガリーの対立が深まる。自分の行動が招いた結果に直面したアルフレッドは、ガリーの妻メラニーの腕の中で安らぎを見出す。トーマスは鴉の連合本部に潜入中のルーシャスからSOSを受ける。

アメリカ行きの資金を調達できたアルフレッドに、トーマスが高額報酬の仕事をもちかける。それは鴉の連合本部に潜入中のルーシャスを、正体がばれることなく救出するというものだった。アルフレッドが拒否すると、トーマスはマーサとアジーズ首相に会い、自分の代わりに彼にプレッシャーをかけるよう依頼する。その見返りとして、クロウリーとアジーズ首相の政敵リッパーを対立させる手助けをする。アルフレッドはアジーズ首相と女王の要請により、デイブ・ボーイとマーサと共に仕事を引き受けることにする。アジーズ首相がアルフレッドとメラニーの危険な関係を暴露すると脅したからだ。一方ソルト大佐はハーウッド卿の被害妄想に付け込み、ストームクラウド計画の実施に一歩近づく。そしてマーサは思いがけない人生の変化に動揺する。

While Alfred prepares to depart England for good, Bet and Peggy Sykes set out to rescue their old friend Lord Harwood from imminent danger.

While Salt sits down with the League to discuss peace, Alfred confronts Gully to do the same. And Martha finally comes clean to Thomas about her dilemma.

トーマス、マーサ、ルーシャスが自宅で傷を癒すアルフレッドのもとを訪れ、鴉の連合の迫りくる最後通告について警告する。４人は “常軌を逸した任務”を計画し、48時間以内に鴉の連合本部に侵入しストームクラウドの小瓶を盗むことにする。事実上の特攻作戦だと悟ったアルフレッドは、サンドラに謝罪と愛を告げる。その時、トーマスはマーサにプロポーズをする。アルフレッド、デイブ・ボーイ、トーマス、ルーシャスが計画を実行する一方で、ベットとペギーのサイクス姉妹は亡きハーウッド卿の遺言をかなえるため独自の計画に乗り出す。全員が鴉の連合本部に集まる中、狡猾なソルト大佐はアルフレッドの過去にまつわる人物を使って彼に揺さぶりをかける。

鴉の連合に対するアルフレッドの任務が成功し大喜びするイギリス同盟だったが、実は裏があることが判明する。ソルト大佐には、内戦に終止符を打つための別の計画があった。ストームクラウドの脅威が依然として迫る中、ペニーワース家では家族が予期せぬ再会を果たしていた。一方トーマスとマーサは、やむを得ない状況のため子供が生まれる前に結婚することを決意する。ロンドンの終焉が近づく中、アルフレッドは家族、仲間、そしてサイクス姉妹の協力を得て、背水の陣で鴉の連合の脅威に立ち向かい、ストームクラウドを阻止しようと奮闘する。