El Dr. Allen Hynek, astrofísico del estado de Ohio, es reclutado por la Fuerza Aérea en su programa de alto secreto que investiga ovnis llamado Proyecto Libro Azul. En asociación con el capitán Michael Quinn, investigan el caso de un piloto militar que sobrevivió a una pelea de perros con una nave alienígena. Basado en el caso "Gorman Dogfight".

Un extraño encuentro OVNI con un avión comercial lleva a Hynek y Quinn a un programa de alto secreto que involucra a ex científicos nazis en Huntsville, Alabama, conocido como Operación Paperclip, que tiene una agenda misteriosa.

Hynek y Quinn siguen una serie de extrañas pistas que los llevan a un grupo secreto que no solo dice haber sido testigo de extrañas luces durante el combate llamado "Foo Fighters", sino que también dice que sabe cómo contactarlos.

Después de que las misteriosas bolas de fuego verdes casi causan un desastre nuclear durante una prueba de armas, Hynek y Quinn deben investigar cómo podría haber ocurrido esto, cada uno con alteraciones de las teorías sobre lo que realmente está sucediendo.

After a Scoutmaster vanishes when he and his troop witness a strange craft hovering in the woods, Hynek is sent to investigate for Project Blue Book, while Quinn is pulled into a rogue mission for General Harding.

When a film emerges documenting an Army platoon under UFO attack, the Generals send Hynek and Quinn in to investigate, where they find the soldiers not only suffer from physical effects of war, but psychological ones as well.