美國紐約。擁有出類拔萃的相貌與非凡戰鬥力的少年亞修·林克斯年僅17歲，就已成為街頭幫派的老大。一天晚上，亞修從一名被自己的手下開槍擊中的男子口中聽到一個地址和「Banana Fish」這個說法。亞修的哥哥、形同廢人的葛利夫也時常念叨這個詞。與此同時，亞修與作為攝影師助理前來的日本少年奧村英二相遇。

史奇普和英二被歐沙的同伙帶走。亞修趕去營救二人，被與歐沙勾結的格魯兹的部下馬賓抓住。亞修急中生智，三人試圖逃走。此時，肖達等人也趕到，一場混戰拉開帷幕。亞修追擊逃跑的馬賓，進到屋裏，目擊了一幕意想不到的情景。

亞修被關進監獄。偵探查理囑託與亞修同處一室的記者馬克斯照顧他。但是，受格魯兹庇護的囚犯葛貝向年輕帥氣的亞修發起襲擊。亞修被送往醫務室，在那裡，他得知馬克斯曾經調查過「Banana Fish」……

英二受亞修之託前往梅雷迪的醫院，歐沙等人出現在英二面前。但看到從醫院內側房間出來的葛利夫時，亞伯拉罕立即陷入混亂狀態，向葛利夫發動攻擊。由於葛利夫將亞伯拉罕叫做「Banana Fish」，英二推測「Banana Fish」指的就是亞伯拉罕，但此時伊部卻要求英二返回日本。

在傑肯的幫助下，亞修獲得保釋。得知葛利夫身亡的亞修决定自己一個人去找格魯兹。但英二堅持表示葛利夫的死是自己造成的，執意跟随亞修前往。

亞修等人認為葛利夫可能留下了有關「Banana Fish」的資料和照片，於是來到亞修的故鄉鱈魚角。到了亞修家，其父親詹姆十分冷淡。面對試圖把兒子趕走的吉姆，英二和馬克斯向其詢問理由……

亞修等人擺脫格魯兹手下的追蹤，根據「西木區42-102」 這一地址前往洛杉磯。在順路到訪馬克斯的前妻潔西卡及兒子麥可的居所后，一行人来到神秘地址指向的宅第，這時候，里面傳來叫聲！

潔西卡和麥可遭到不明身份者襲擊。亞修和馬克斯前去營救二人，英二、肖達、伊部等待亞修他們回來。月龍設計將英二劫走。覺察到異樣的亞修回到宅第……

英二和肖達被帶到格魯兹的住處，格魯兹的手下將肖達扣押起來。亞修等人也趕往格魯兹的住處。在格魯兹宅第的實驗室中，亞伯拉罕正在進行某項實驗的準備……

肖達的死讓亞修悲痛慾絕。辛和亞雷斯在外面制訂救援亞修和肖達的方案。這時候，格魯兹帶著歐沙出門。目睹這一切的月龍注意到了什麼，開始採取行動。

亞修等人從格魯兹的宅第逃出。住宅被燒、亞修逃跑，這讓格魯兹惱羞成怒。亞修回到隱匿處，與英二度過了一段安靜的時光，但很快又開始執行下一個行動計畫。

從烏奇開始，亞修相繼除掉多名歐沙的手下，歐沙被逼入困境。亞修命部下將與歐沙勾結的團夥驅趕出曼哈頓，同時安排將英二送回日本。

為了與歐沙作一個了斷，亞修前往指定地點。英二被留了下來，當他醒來時，同伴們告訴他，亞修讓他回日本。但聽說亞修將與歐沙對戰，英二不顧阻攔，急忙去找亞修。

遭歐沙刺成重傷的亞修被送到了醫院。在機場等候英二的馬克斯和伊部通過新聞知道出了事，急忙與查理聯繫。英二與其他團夥成員一起被關進了拘留所，他想知道亞修的話究竟是什麼意思。

英二不信亞修已死的消息，他將月龍挾為人質，逃出了宅邸。出來後，英二打算放走月龍，但月龍讓他將自己殺死。另一方面，前往精神衛生中心的馬克斯等人看到了接受病理解剖的亞修的尸體……

亞修從前來房間的保安那裡奪走ID，成功逃離房間並帶走了多森。保安人員雖發現亞修他們逃走，卻無法抓到他們。扮成參觀者來到精神衛生中心的馬克斯和伊部趁著混亂前去營救亞修。

逃離精神衛生中心後，亞修前往辛的藏身之處，與英二再會。知道肖達被殺原因的辛試圖告訴大家真相，但被亞修制止，雙方之間產生了對立。這時候，格魯兹被華龍叫到李家宅邸，月龍正在那裡等著他……

從奇帕德那裡回來後，亞修得到英二的悉心照顧。亞修與馬克斯一道外出時，看到了霍斯多克身亡的消息，於是推測奇帕德和霍斯多克是被人殺害的，而這個人是一個亞修不希望承認的人物。

得知亞修將參加格魯兹舉辦的派對，英二決定與辛、肯、亞雷斯一道趕往現場。與月龍一起參加派對的白悄悄地跟因受藥物影響而暫時失去視覺的亞修打招呼。

亞修等人成功地從格魯茲和月龍那裡逃走。這時，渾身受傷的辛回到他們身邊。辛的同伴們被月龍扣留，亞修和肯制定行動方案營救他們。另一方面，月龍正面對勞延泰和俘虜們，似乎在打著什麼算盤……

馬克斯等人被扣為人質，亞修出現在福克斯面前，但馬克斯等人被帶往國立精神衛生中心。英二和辛與肯一道前去營救亞修，亞雷斯去追趕搭載著馬克斯等人的車輛。

英二受到槍擊，被送往醫院。亞修試圖跟随前往，但受到白的阻止。亞修將槍指向打算給亞修包扎傷口的白。另一方面，辛為自己的同伴襲擊英二和亞修而深感責任重大，他作出一項決定。

亞修將格魯兹作為人質，要求釋放俘虜。但由於福克斯叛變，亞修落入福克斯之手。肯、辛和白與亞修一道為營救俘虜而實施行動。英二在醫院中決定回到日本，但卻放心不下亞修……