ニューヨーク。並外れて整った容姿と、卓越した戦闘力を持つ少年・アッシュ・リンクスは、17歳にしてストリート・ギャングをまとめ上げていた。 ある夜、アッシュは自身の手下によって銃撃された男からある住所とともに「バナナフィッシュ」という言葉を伝えられる。 それは廃人同然の兄・グリフィンがしばしば口にする言葉だった。 時を同じくして、カメラマンのアシスタントとしてやってきた日本人の少年・奥村英二と出会う。

オーサーの仲間に連れ去られてしまったスキップと英二。 2人を助けに向かったアッシュは、オーサーと手を組んだゴルツィネの部下・マービンに捕まってしまう。 アッシュの機転で逃げ出そうとする3人。さらにショーター達も現れ、乱闘が始まる。 逃げるマービンを追うアッシュだったが、部屋に入ると意外な光景を目にすることに──。

刑務所に送られることになってしまったアッシュ。 同室になったジャーナリストのマックスは、刑事・チャーリーからアッシュの面倒を見るよう依頼されていた。 しかし、若く容姿のいいアッシュはゴルツィネの息がかかった囚人・ガーベイに襲われてしまう。 運ばれた医務室でマックスが「バナナフィッシュ」について調べていたことを知り…。

ジェンキンズの計らいにより、保釈されることになったアッシュ。 グリフィンが死んだことを知ったアッシュは1人でゴルツィネの元へ向かおうとする。しかし、英二はグリフィンが殺されたのは自分のせいだと言い張り、アッシュに無理矢理ついていくことに。

オーサーとの決着をつけるためにアッシュは指定された場所へ向かう。 残された英二が目が覚めると、日本に帰るように、というアッシュの伝言を仲間達から伝えられる。 しかし、アッシュがオーサーとの戦うことを知り、仲間達を振り切って彼の元へ向かうのだった。

ユンに撃たれ病院に運ばれる英二についていこうとするアッシュを止めたのはブランカだった。 傷の手当てしようとするブランカにアッシュは銃を向ける。 一方、自身の仲間が英二とアッシュを撃ったことに責任を感じたシンはある決意をする。

ゴルツィネを人質に捕虜たちの解放を求めたアッシュだったが、フォックスの裏切りにより、アッシュはフォックスの手におちてしまう。 ケイン、シン、ブランカはアッシュと捕虜を助けるために動き出す。 英二は病院で日本への帰国を決めるが、アッシュのことが気掛かりで…。