体内で事件発生！

免疫細胞が駆けつけて、ウイルス感染細胞をやっつける！そんないつもどおりの光景を、一般細胞は退屈そうに眺めていた。

（俺も、一度でいいから誰かをカッコよく助けて、「助けてくれてありがとう」──なんて言われたりしてーよ）

そんな一般細胞の目の前に、突如、謎の細菌が現れて……!?

乳酸菌を仲間のもとに届けるため、白血球（好中球）とともに腸に向かう一般細胞だが、その途中、一体の乳酸菌と離れ離れになってしまう。

必死に乳酸菌を探す一般細胞……だがそこに、新たなるウイルス感染細胞が襲いかかる!!

ある細胞の抗原情報が流出した。NK細胞の言葉に、白血球（好中球）の表情が変わる。乳酸菌を仲間のもとに届ける旅は、やがて大腸にたどり着いた。悪玉菌の出す有毒ガスにより、荒れた腸内にて、一同はキラーＴ改め、メモリーＴ細胞に出会う。

最強の敵、再び──。

遂に復活したがん細胞、そして悪玉菌に荒らされる腸内環境。体内を襲うかつてない危機。この体を守るため、白血球（好中球）たちは、世界の命運をかけた大血戦に臨む。

「やめるんだ、がん細胞──ッ!!!」

世界を守るため、白血球（好中球）たちはがん細胞に立ち向かう。だが、がん細胞と戦う彼らの前に立ちはだかったのは、制御性Ｔ細胞だった！？その頃、決死の覚悟で乳酸菌を救った一般細胞にも悪玉菌の魔の手が迫り――！！果たして、この世界、そして細胞たちを待ち受ける運命は──！？