Δεκαετίες αφότου ο Σιν Χάγιατα έγινε ένα με τον Ούλτραμαν, μαθαίνει για μια νέα απειλή για τη Γη. Ο γιος του, Σίντζιρο, δείχνει επίσης σημάδια υπερφυσικής δύναμης.

Φορώντας στολή, ο Σιν τραυματίζεται βαριά, καθώς σώζει τον Σίντζιρο από την επίθεση του Μπέμλαρ. Απελπισμένος, ο Σίντζιρο επιστρέφει για να σώσει τον πατέρα του.

Με τον Μπέμλαρ να ανοίγει τον δρόμο για επιθέσεις άλλων εξωγήινων στη Γη, ο Έντο της ΕΕΕΟ ζητά από τον Σίντζιρο να αναλάβει τον ρόλο του Ούλτραμαν.

Ο Σίντζιρο αναλαμβάνει μια αποστολή να εξοντώσει έναν εχθρικό εξωγήινο, αλλά ο στόχος του διαφεύγει μέσα στην πόλη, θέτοντας σε κίνδυνο χιλιάδες πολίτες.

Αφού ανακαλύπτει ενδείξεις εξωγήινης εμπλοκής σε μια σειρά περίεργων φόνων, ο Μορόμποσι, πράκτορας της ΕΕΕΟ, επικοινωνεί με έναν πληροφοριοδότη σε έναν θύλακα εξωγήινων.

Η απροθυμία του Σίντζιρο να εκτελέσει επικίνδυνους εξωγήινους προβληματίζει τον πράκτορα Μορόμποσι. Ο Σιν λέει στον γιο του τι σημαίνει πραγματικά να είσαι ο Ούλτραμαν.

Εκεί που ο Σίντζιρο δυσκολεύεται στη μάχη του εναντίον ενός εχθρικού εξωγήινου, ενεργοποιεί μια κρυμμένη δύναμή του. Η Ρένα ετοιμάζεται για μια μεγάλη συναυλία.

Στη συναυλία της Ρένα, ο εξωγήινος πράκτορας Αντάντ ζητά να συναντήσει τον Ούλτραμαν. Τα πράγματα πηγαίνουν από το κακό στο χειρότερο, όταν παρεμβαίνει ο Μπέμλαρ.

Ο Σίντζιρο φοβάται ότι θα αποκαλυφθεί από έναν μαθητή. Αργότερα, εκπλήσσεται όταν εμφανίζεται ένας άλλος Ούλτραμαν που τον βοηθά στη μάχη.

Ο Σέιτζι ονειρεύεται τη μέρα που οι εξωγήινοι θα είναι αποδεκτοί στη Γη. Ελπίζοντας να παλέψει για αυτόν τον σκοπό, ζητά από την ΕΕΕΟ να τον προσλάβουν.

Ο Σέιτζι διαφωνεί με τον Σίντζιρο και τον Μορόμποσι για τον τρόπο που χρησιμοποιεί τις δυνάμεις του. Η Ρένα ζητά από τον Σίντζιρο να δώσει στον Ούλτραμαν ένα μήνυμα.

Ο Μορόμποσι, ο Σίντζιρο και η ΕΕΕΟ αποφασίζουν να στηρίξουν τον Σέιτζι στην αποστολή του να τιμωρήσει τους υπεύθυνους μιας αεροπορικής τραγωδίας πριν από 12 χρόνια.

Οι τρεις Ούλτραμαν δυσκολεύονται στη μάχη εναντίον των μισθοφόρων, αλλά εκεί που φαίνεται να χάνεται κάθε ελπίδα, οι αδρανείς δυνάμεις του Σίντζιρο αφυπνίζονται.

Ενώ είναι με τη Ρένα, ο Σίντζιρο δέχεται ένα τηλεφώνημα για να σταματήσει έναν αφηνιασμένο εξωγήινο. Ο δημοσιογράφος Κόταρο Χιγκάσι είναι αυτόπτης στο περιστατικό.

Ο Κόταρο προσπαθεί να μάθει περισσότερα για τις παράξενες "καμαριέρες" που είδε πριν από τη μαζική εξαφάνιση στο Τόκιο κι ο Μορόμποσι μιλάει στον πράκτορα Αντάντ.

Ο εξωγήινος Πένταντ διατυπώνει τα αιτήματά του και δίνει στην ανθρωπότητα 24 ώρες διορία για ν' απαντήσει. Ο Τάρο προσπαθεί να πείσει τον Τζακ να τον αφήσει να βοηθήσει.

Ενώ ο Τζακ, ο Τάρο κι ο Επτά πλησιάζουν τον στόχο τους, το αρχηγείο της ΕΕΕΟ δέχεται επίθεση. Η Μάγια παίρνει μια δύσκολη απόφαση.

Με τον χρόνο να τελειώνει, ο Σίντζιρο πάει με τον Τζακ, τον Επτά και τον Τάρο για να αντιμετωπίσουν το Χρυσό Οχυρό, το απόλυτο όπλο που εξαπέλυσε ο Πένταντ.

Ο Τζακ κι ο Τάρο προσπαθούν να καταστρέψουν το Χρυσό Οχυρό εκ των έσω. Στη μάχη που ακολουθεί, ο Σιν κι ο Σίντζιρο αντιμετωπίζουν τον Πένταντ μαζί.

Ο Σίντζιρο βοηθά στη δημιουργία και τη δοκιμή μιας νέας στολής για τις μεταβαλλόμενες δυνάμεις του και καταλήγει να την χρησιμοποιήσει πολύ νωρίτερα από ό,τι περίμενε.

Δεν μπορεί να θυμηθεί τι έκανε, αλλά ο Σίντζιρο δεν επιτρέπεται να φορέσει τη στολή του για λίγο. Ο πατέρας του νιώθει ότι υπάρχει μια κατάρα για τον Ούλτραμαν.

Αποφασισμένος να αναλάβει δράση, ο Σίντζιρο θέλει να πάρει την εκδίκησή του. Αλλά για ακόμη μία φορά, ξυπνά χωρίς να θυμάται τι συνέβη.

Το δημόσιο αίσθημα έχει στραφεί εντελώς εναντίον του Ούλτραμαν. Ξαφνικά, ο Μεφίστο καταλαμβάνει τα ερτζιανά για να στείλει ένα μήνυμα απευθείας στους ανθρώπους.

Ο Ίντε στέλνει τον Τάρο και τον Μορόμποσι να ψάξουν για τον Σίντζιρο, ο οποίος βρίσκεται σε φυγή, μπερδεμένος από όλα όσα του συμβαίνουν.

Στο κρησφύγετό του, ο Ντάισουκε Άρασι μιλά στον Σίντζιρο για το παρελθόν του πατέρα του και προσπαθούν να εντοπίσουν ποιος μπορεί να είναι ο επόμενος στόχος του Μεφίστο.

Έχοντας λάβει συνταρακτικά νέα, η Ρένα συναντά τον Σέιτζι Χοκούτο. Ο Σίντζιρο μιλά στον Ντάισουκε για τα περίεργα όνειρα που βλέπει για τον Ζέτον.

Η Ρένα δεν μπορεί να καταλάβει τι της συνέβη, οπότε ο Σέιτζι τη φέρνει να συναντήσει τον εξωγήινο που τον μεγάλωσε. Ο Τάρο βρίσκει τελικά τον Σίντζιρο.

Ο Τζακ εμφανίζεται ξαφνικά, εκπλήσσοντας τον Τάρο και τον Σίντζιρο. Η Ρένα αναζητά απαντήσεις για την προέλευση των δυνάμεών της. Η ΕΕΕΟ δέχεται έφοδο από την αστυνομία.

Η μάχη εναντίον του Μεφίστο ενισχύει το αίσθημα εναντίον του Ούλτραμαν. Ο Μορόμποσι και ο Σίντζιρο προσπαθούν να εισβάλουν στο βαριά φρουρούμενο αρχηγείο της ΕΕΕΟ.

Ο Σίντζιρο και η Ρένα αποκαλύπτουν μυστικά ο ένας στον άλλον. Μαζί με τους φίλους του, ο Ούλτραμαν αντιμετωπίζει έναν πανίσχυρο εχθρό από το παρελθόν.

Καθώς ο Σίντζιρο δίνει τον δικό του αγώνα, οι φίλοι του κάνουν ό,τι μπορούν για να νικήσουν τον Ζέτον. Ένα νέο κεφάλαιο ξεκινά για την ΕΕΕΟ.