Se trata de un ninja, Hanzo Hattori, que viene de Iga, a la ciudad donde vive Kenichi, un niño que no confiaba en sí mismo, Hattori elige a Kenichi para ser su amo. Junto a Shinzo, su hermano, y Shishimaru, su perro ninja, que hacen cosas maravillosas, técnicas, comportamientos, habilidades ninja, etc., con Kemuzo Kemumaki, ninja de Koga, que siempre lucha con Hattori y se mete con Kenichi, Shinzo y Shishimaru.

伊賀の里で修行を積んだ忍者、ハットリくんが東京に修行の場を移し、ひょんなことから三葉家の居候になることから物語りは始まる。

三葉家のひとり息子の“ケンイチ”とその友達、さらに正体を隠しケンイチと同じ小学校に通うライバルの甲賀忍者“ケムマキ”たちと毎回、様々な事件に巻き込まれてしまう。今回はどんな忍術が飛び出すのか!!