FBI tar del av stulen mjukvara. Keaton utnyttjar situationen och skickar ut Shepherd på undercover-uppdrag för att överlämna teknologin till dess tilltänkta mottagare, ett 19-årigt datorgeni.

Genom tillbakablickar avslöjas de ödesdigra händelser som ledde till att Erica Shepherd förrådde sitt land, och den utredning som satte henne i kollisionskurs med Will Keaton.

När en grupp entreprenörer anställda av CIA blir mördade ombord på sitt flygplan, upptäcker Keaton och hans team att CIA undanhåller information om Tal för FBI.

Keaton och teamet får avgörande information från en tillfångatagen Tal-kontakt, som hjälper dem stoppa ett mord på en viktig kongresskvinna.

Shepherd övertalar Keaton till att låta henne åka till Kuba för att förhindra Tals attack mot Sierra Maestra, CIA:s hemliga fängelse.