サラリーマン、三上悟は通り魔に刺されて死んだ。暗闇の中で意識が戻ると三上はなんとスライムになっていた！ 何もすることがないので薬草と鉱石を食べて暇を潰すスライム三上。そのうち、300年前にこの地で勇者によって、スキル“無限牢獄”で封じられた暴風竜ヴェルドラと遭遇してしまう。最初は怯えていたものの、話していくうちにスライム三上は、ずっとひとりぼっちのヴェルドラと友達になってしまう。 スライム三上はヴェルドラから自分が、この世界でも珍しい＜転生者＞であることを聞く。

スライム三上は暴風竜と友達になり、互いに名前を送り合う。かくしてスライム三上はリムルと名乗ることになった。 リムルはヴェルドラを封印から解放しようと試みるが、それは周辺諸国に大きな衝撃を与えることになる。

洞窟を出たリムルが出会ったのは、 牙狼族 の襲撃に追い詰められた ゴブリン たちだった。なりゆきでゴブリンの村を助けることになるリムル。その夜、牙狼族がゴブリンの村を再び襲撃する。しかし、リムルの スキル を生かした作戦が功を奏し牙狼族が次々と倒れていく。ボスをやられ、リムルの圧倒的な力に屈した牙狼族は、リムルの配下になることを誓う。リムルは自らを慕うゴブリンと牙狼族に 名前をつけ 、ゴブリンは ホブゴブリン と ゴブリナ 、牙狼族は 嵐牙狼族(テンペストウルフ) へと進化する。

リムルたちは、 ゴブリン と 嵐牙狼族(テンペストウルフ) の衣食住を支える技術者を求めて ドワーフ の王国・ 武装国家ドワルゴン を訪れる。ところが、入国の際の事件でリムルたちは牢獄に繋がれてしまう。獄中での機転がプラスに働きなんとか牢を出ることができたリムルたちは、警備隊長のカイドウに、腕のいい鍛冶屋としてカイジンを紹介される。しかしカイジンは難題に頭を悩ませていた。魔鋼を使った ロングソード 20本をあと5日で王に届けなくてはいけないという。

リムルの スキル のおかげで無事に ロングソード を王に届けることができたカイジン。ふたりは祝杯をあげに エルフ の店へと繰り出す。そこで始まった余興の水晶玉占い。リムルの運命の人が占われると、そこには日本人らしい女性の姿が映し出される。彼女は一体……。そこへカイジンに難題を課した大臣のベスターが現れる。リムルをバカにしたベスターにカイジンは手を上げてしまう。この争いは 武装国家ドワルゴン の王ガゼルの御前で行う裁判に持ち込まれることになってしまった。

武装国家ドワルゴンから超一流の鍛冶屋カイジンとその弟子たちが加わり、近隣のゴブリンも合流してますます賑やかになる村。そんなある日、リムルは自由組合（ギルド）の冒険者、カバル、エレン、ギドと遭遇する。そこにはパーティーの臨時メンバーとして、仮面の人物、シズもいた。このシズこそ、リムルが占いで見せられた“運命の人”だった。シズはリムルと同じ日本からこの世界に呼び出された召喚者。リムルはスキル思念伝達で、シズに故郷・日本の現在の風景を見せる。

シズは夢を見ていた。彼女を空襲に燃える東京から召喚した魔王レオン・クロムウェル。彼によって上位精霊イフリートを憑依させられたことによる悲劇と絶望。シズはかつて爆炎の支配者と讃えられた伝説の英雄として知られていた。だが今、イフリートが暴走を始め、シズの体は乗っ取られてしまう。物理攻撃を受け付けないイフリート。そこに単身挑むリムル。イフリートの炎化爆獄陣（フレアサークル）がリムルをとらえ、巨大な炎が巻き上がる。

魔王レオンのもとにいたシズを救い出したのはある勇者だった。その勇者のことを胸に、長い間、人々を救うために働いてきたシズ。イングラシア王国では、異世界から来た子供たちの指導者も務めた。そしてシズは今、最期の時を迎えようとしていた。リムルに最期の願いを伝える。「私を――、君の中で眠らせて……」。願いを受け入れ、スキル捕食者を発動するリムル。そしてリムルは、シズによく似た人間の姿を手に入れることになった。

ムルたちの村の開発は着々と進んでいた。カイジンたちがさまざまな道具や住居を建設し、ゴブリン・キングに任命されたリグルドのもとゴブリン・ロードが村を治める。順調に進む村の様子を見ながらリムルは、シズから受け継いだスキルを試しに、ひとり洞窟へと向かった。そこにランガから思念伝達で救援要請が入る。リムルが駆けつけると、そこには6人の大鬼族（オーガ）がいた。大鬼族（オーガ）のひとりがリムルに告げる「正体を現せ、邪悪な魔人め」。ジュラの大森林になにが起きているのか。

６人の大鬼族（オーガ）たちは、豚頭族（オーク）の軍勢に襲われた生き残りだった。豚頭族（オーク）たちは身鋼鎧（プレートメール）で武装し、道化の仮面をつけた謎の魔人者も同道していたという。リムルは大鬼族（オーガ）たちに自分の部下にならないかと持ちかける。「豚頭族（オーク）の首魁を倒すまで」という条件で受け入れる大鬼族（オーガ）。そこでリムルは６人に名前を授ける。その頃、豚頭族（オーク）の軍勢は、シス湖周辺の湿地を領地とする蜥蜴人族（リザードマン）に対し侵攻を始めていた。蜥蜴人族（リザードマン）首領は息子ガビルにあることを命じる。

大鬼族（オーガ）のベニマルたちを迎え入れ、さらに仲間が増えたリムルの村。そこに、リムルの村の噂を聞いた蜥蜴人族（リザードマン）のガビルがやってくる。ガビルはジュラの大森林を巡り、豚頭族（オーク）の侵攻に怯える様々なゴブリンの村をどんどん配下に従えていたのだ。挑発的な態度のガビルに対峙したランガは、ゴブタに勝てたら話を聞いてやろうと条件をつける。ガビルとの勝負に挑むコブタ。果たして勝敗の行方は。

リムルの前に現れた樹妖精（ドライアド）のトレイニー。大森林の管理者である彼女は豚頭帝(オークロード)の脅威を知りリムルに討伐を依頼しに来たのだ。強力なスキルを持つ豚頭帝(オークロード)とその貪欲な力に突き動かされる20万の豚頭族（オーク）は森を席巻しつつあった。蜥蜴人族（リザードマン）と同盟を結び豚頭帝(オークロード)と戦うことを決意するリムル。そのころガビルのもとに、謎の魔人・ラプラスが現れ、ガビルに部族の首領の座を奪うようにそそのかしていた。

蜥蜴人族（リザードマン）と同盟を結ぶため湿地帯を目指すリムルたち。道中、リムルたちは豚頭族（オーク）に襲われていた蜥蜴人族（リザードマン）を助ける。それはガビルの妹だった。ガビルの妹はガビルが謀反を起こし、先走って豚頭帝（オークロード）に戦いを挑んだことを打ち明ける。その上で、ガビルと一族を助けて欲しいとリムルに懇願するのだった…。一方ガビルは豚頭族（オーク）の大軍と戦っていた。ユニークスキル飢餓者（ウエルモノ）の力を目の当たりにしてガビルは驚愕する。

ついに魔人ゲルミュッドが姿を現す。ゲルミュッドの真の狙いは豚頭帝（オークロード）を豚頭魔王（オークディザスター）へと進化させ、ジュラの森を支配させることだった。ゲルミュッドに名付けられたガビルは、その計画を知り動揺する。さらにゲルミュッドは役に立たなかったガビルを処分しようとするが、リムルによって阻まれる。ゲルミュッドの真意を感じ取った豚頭帝（オークロード）はその野望を叶えるためにゲルミュッドを食い、豚頭魔王（オークディザスター）へと進化してしまう…。

豚頭族（オーク）との戦いは終わった。戦後処理の席でリムルは豚頭魔王（オークディザスター）・ゲルドと交わした最期の約束を打ち明ける。それはリムル自身がオークの罪を背負い、残った豚頭族（オーク）を受け入れるというものだった。驚くべき内容だが、蜥蜴人族（リザードマン）、大鬼族（オーガ）は度量を見せてそれを受け入れる。続けてリムルは、多種族が共生する国家の建設を提案。そして、ここにジュラの森大同盟が成立することになる。

リムルを盟主とするジュラ・テンペスト連邦国は武装国家ドワルゴンとの間に同盟が成立した。そのまま穏やかな日々が訪れるかと思われたある日、リムルは、巨大な魔力の塊が接近するのを感知する。その魔力の塊は、異常な速度でリムルのいた場所へと正確に降り立つ。着地と同時に舞い上がった爆煙が晴れるとそこには人影があった。それはただひとりの竜魔人（ドラゴノイド）にして、破壊の暴君（デストロイ）のふたつ名を持つ魔王・ミリムだった。その強大な力の前に、ランガやベニマルたちは圧倒される。

ジュラの大森林には魔物たちが住む町とそこを治めるスライムがいる。自由組合支部長(ギルドマスター）・フューズはそれを確かめようと決意する、その頃、中央都市リムルは、魔王・カリオン配下の三獣士のうちのひとり、魔人フォビオの来襲を受けていた。だがフォビオはミリムの返り討ちにあい瞬時にノックアウトされてしまう。カリオンの命を受けたファビオは、豚頭族（オーク）に勝利した魔人たちをスカウトしに来たのだという。

ミリムへの怒りが収まらないフォビオ。その前に現れたのは中庸道化連の怒った道化（アングリーピエロ）のフットマンと涙目の道化（ティアドロップ）のティア。2人はフォビオに自ら魔王になって復讐すればいい、暴風大妖渦（カリュブディス）の力を使えばそれが可能になるとそそのかす。一方、ジュラ・テンペスト連邦国は、リムルたちから目をそらすため、ヨウムを「豚頭帝（オークロード）を倒した英雄」として旅に出す計画を実行していた。

封印を解かれた災厄級モンスター、暴風大妖渦（カリュブディス）は、空泳巨大鮫（メガロドン）を引き連れて、中央都市リムルを目指して進む。リムルたちはジュラ・テンペスト連邦国の総力を結集してこれを迎え撃とうとする。そこにガゼル王からの助太刀としてペガサスナイツ100騎も参戦する。だが、固有スキル「魔力妨害」とエキストラスキル「超速再生」を持つ暴風大妖渦（カリュブディス）は手強い。その時、リムルが新たなスキル・暴食者（グラトニー）を解き放つ。

暴風大妖渦（カリュブディス）の脅威は去った。その夜、リムルは夢を見る。それはシズがイングラシア王国で、召喚された子供たちの先生をやっている夢だった。シズの未練が見せた夢。リムルはシズの想いに応えるため、平和なジュラ・テンペスト連邦国をあとにし、イングラシア王国の王都を目指すことを決める。リムルはまず、自由組合（ギルド）を統括するユウキ・カグラザカに会うことにする。ユウキもまた召喚者でシズの教え子だった。

シズの教え子たちの先生となるリムル。しかし、一方的に召喚され、限られた寿命となった子供たちの胸中は複雑で、リムルにも反抗的な態度をとってくる。そこでリムルは、模擬戦をしようと子供たちに持ちかける。

自由学園の子供たちはやがて死ぬ運命にあった。だが、リムルは上位精霊を宿らせれば子供たちを救うことができると考える。そこでリムルは子供たちとともに、上位精霊がいるという「精霊の棲家」へと足を踏み入れる。

うまく精霊を呼び出すことができるのか。精霊の棲家の最深部にたどり着いた子供たちは、順番に光の台座の上で精霊を呼び出すことに挑戦する。それを見守るリムル。そして、子供たちに応えるように姿を現す精霊たち……。

これはリムルが転生してくる前の物語。フィルウッド王国が多くの冒険者を集めて、復活した悪魔の退治を依頼する。そこには「爆炎の支配者」の二つ名で知られるシズの姿もあった。だがこの依頼には大きな裏があった。

暴風大妖渦（カリュブディス）の一件で、獅子王（ビーストマスター）の異名を持つ魔王カリオンに貸しができたリムルは、正式にカリオンの治める「獣王国ユーラザニア」と国交を結ぶべく、ベニマルを代表とした使節団を送ることになった。入れ替わりに、ユーラザニアから派遣された使節団を迎え入れる予定だったが、そこは武闘派の獣王国……三獣士の一人、スフィアのリムルを見下す様な発言にシオンは激怒。友好関係を築くはずが、意図せず戦闘が勃発してしまう。

一悶着あったものの、互いを「友誼を結ぶに足る存在」と認め合い、本格的にユーラザニアとの国交がスタートした。魔国連邦（テンペスト）からは工業技術を、ユーラザニアからは農業技術を交換。二つの国の技術が合わさり醸造された、上質な蒸留酒を手土産に、今度は武装国家ドワルゴンとの友好宣言に赴く。同行するのはシュナとシオン。さらにカイジンらドワーフたちも、国賓という形で里帰り。

武装国家ドワルゴンとの二国間友好宣言。前日にシオンが泥酔してしまうというハプニングもあったが、式典当日にはビシッと……演説したつもりのリムルだった。しかし、ガゼル王からはダメ出しの嵐。己の未熟さに反省しつつも、夜にはかつてゴブタと約束した「夜の蝶」へパーッと呑みに行くことに。そこでリムルは、改めてガゼル王の助言の重さを知る。一方そのころ、テンペストに向かおうとしていたヨウムに新たな出会いが訪れていた。

テンペストではリムルの帰還を目前に控え、宴の準備が進められていた。そこにやってきたのが魔王クレイマンの尖兵としてテンペストを調査するべく送り込まれた、魔人ミュウラン。ヨウムの一行に軍事顧問という形で同行し、テンペストに入り込むとその国力に驚きつつも、住人たちとの交流を深めていく。その頃、テンペストを目障りに思うファルムス王国のエドマリス王は、西方聖教会と結託し、テンペストへの侵攻を企てていた。

クレイマンに指示されたミュウランは、彼女を想うヨウムとグルーシスの言葉を振り切り、魔法不能領域（アンチマジックエリア）を発動させた。同時に、最悪のタイミングでレイヒムの四方印封魔結界（プリズンフィールド）も発動される。これにより満足に動けなくなったシオン達は、三人の異世界人に劣勢を強いられてしまう。いまだテンペストに還らないリムルに連絡を試みるベニマルだが、今はその声さえも届かない。

テンペストが攻撃されていたのと同時に、リムルもまた攻撃を受けていた。相手をひと目見たリムルは、彼女こそがシズのもうひとりの教え子であり、異世界人でもある、最強の聖騎士（ホーリーナイト）――ヒナタだと悟る。聖浄化結界（ホーリーフィールド）の影響でほとんどの魔法を封じられたリムルは、ジリジリと追い詰められていく。同時に、同じ原理の結界によって魔力を封じられたシオン、ハクロウもまた、ショウゴとキョウヤの攻撃に追い詰められていく。

ヒナタとの戦闘で絶体絶命の窮地に立ったが、分身体を身代わりに間一髪逃れ、急いでテンペストに帰還したリムル。そこで目にしたのは、悲壮な血と煙に包まれるテンペストの惨状だった。その惨劇をもたらした第一容疑者としてミュウランを捕らえようとするベニマル、それを身を挺して庇うヨウムとグルーシス。怒りと悲しみを飲み込んで、本当に対処すべき敵を見定めるリムルは、冷静にミュウランを尋問する。

クレイマン、そしてファルムス王国の企みを知るリムル。だが、どんなに願っても失われた仲間の命と温かな日常は戻らない。諦めかけたリムルに、エレンは「希望になりうるおとぎ話」を打ち明ける。確率はおよそ３％……リムルが１万人の人間をヨウブンに魔王となることで、仲間を蘇生できるかもしれないというものだった。ファルムス２万の軍勢がテンペストに接近する中、リムルは希望をつかむために、魔王となる決意をする。

「俺は魔王になろうと思う」――自らの甘さにケジメを付け、シオンやゴブゾウたちを蘇生させるため、決戦を前にリムルは自分が人間であったことを打ち明けた。しかし仲間たちはそれが当たり前のことであるようにリムルを受け入れる。そんな温かな環境のありがたさを改めて噛みしめ、リムルはファルムスの軍勢へと焦点を当てる。敵の四方印封魔結界（プリズンフィールド）を発生させている装置の破壊はベニマル達に任せ、リムルは魔王への進化の糧として本隊を叩く。

雪辱戦の口火がきられた。ベニマル達が各々の任務を遂行していく中、ショウゴ、キョウヤが再度立ち塞がる。しかし蓋を開けてみればハクロウとキョウヤの太刀合いは、まさに「目に物を見せる」結果となり、ゲルドは他人の痛みを知らぬショウゴに、一生分以上の痛みを教え、敵を圧倒する。ラーゼンの助けによって命からがら逃げ延びたショウゴだったがラーゼンに肉体を奪われる羽目に。その頃、ファルムス軍本隊と相対するリムルは、「誰一人逃さない」と、彼らに等しく死の雨を降らせるのだった。

計画通り、進化に必要な魂を確保したリムルに、「魔王への進化（ハーベストフェスティバル）」が訪れる。しかし同時に強烈な睡魔に襲われたリムルは、一人逃げたラーゼンを捕らえさせるため、咄嗟に悪魔を召喚する。その後テンペストに戻ったリムルは、無事に魔王への進化を終え、シオンたちの蘇生に取り掛かる。その際に、大賢者から進化した「智慧之王（ラファエル）」の働きによって、ついに、「反魂の秘術」と「死者蘇生の秘術」が開始される……果たして仲間は蘇るのか？

ファルムス軍を退けて、何とか事なきを得たテンペストだが、問題は山積みで……。そんな中、智慧之王（ラファエル）から「無限牢獄の解析に成功した」と吉報が舞い込む。

仲間達の蘇生とヴェルドラの復活。それを祝した宴も終わり、今後の方針について会議が始まる。リムルは全世界に向けて魔王を名乗り、クレイマンへの宣戦布告を決意する。

テンペストで各国の要人が集まり会議が開催される中、ラプラスたちはクレイマンにまつわる計画を企てていた。そこには、とある人物も同席していて―――。

リムルはファルムスの新たな王にヨウムを擁立するという計画を発表。それを聞いたガゼル王はヨウムに覚悟を問う。そんな会議の様子を黙って聞いていたエラルドだったが…。

「ジュラの大森林の新勢力であるスライムが魔王を騙ったため、制裁する」という議題で、クレイマンが魔王達の宴（ワルプルギス）を発議した。リムル達はクレイマン討伐に備えるが…。

ユーラザニアの民の救出、クレイマン軍への対抗。後手に回ったリムルは「智慧之王（ラファエル）」からの助言を受ける。さらに、クレイマン討伐の策は秘書からの進言で！？

予想外の抵抗を見せるリムルに、怒りを募らせるクレイマン。一方、最古の魔王ギィと魔王レオン、そしてヴェルドラの姉ヴェルザードは、リムルへの関心を強めていた

転送魔法で一気にユーラザニアに到着したベニマル達。ついにリムルVSクレイマン両軍が激突する。カリオンの生存を信じる三獣士はテンペスト軍と共に敵軍将の討伐に挑む。

依然として激しい戦いが各地で繰り広げられる中、三獣士のスフィアは竜を祀る民、ミッドレイに苦戦を強いられていた。一方のアルビスはヤムザを追い詰めるが…。

リムルは、ついに魔王達の宴（ワルプルギス）へと赴く。一方で、シュナたちもクレイマンの領地に向けて出発するが、城の近くに到着すると同時に敵の妨害を受けてしまう。

リムルとクレイマンの一騎打ちになるかと思いきや、クレイマンは洗脳したミリムをけしかける。ミリムの相手はリムルが引き受け、クレイマンはシオンが迎え撃つことに。

クレイマンの手駒も、クレイマン自身も、リムル達に全く歯が立たない。窮したクレイマンは、ミリムに狂化暴走（スタンピート）を発動させ、皆殺しにするよう命じる。

覚醒を果たしたクレイマンと対峙するリムル。長く続いたクレイマンとの因縁に終止符を打つため、そして名実ともに魔王へとなるために最終決戦へと臨む。