某一天，醒來的裕太發現自己失去了記憶。他看著鏡子中的自己，因想不起自己究竟是誰而陷入了混亂。這時候，上了年頭中的古舊電腦中傳出了呼喚裕太的聲音，而裕太朝著聲音引導著的方向前進。那台舊電腦的屏幕爍著光芒，聲音的主人出現了。那是從HyperWorld攜帶著使命而來的Hyper Agent 古立特！

下課後，為了探尋謎團，裕太他們再次詢問古立特。聽到為完成使命的古立特告訴他們的話語，裕太他們開始調查昨晚發生的事件後那哪些發生了變化。

六花在這樣一個憂鬱的雨天不知為何早退了一個小時，並在公園內與一個少年相遇了。雖然交談了幾句，轉眼間少年卻離開了。另一方面，和裕太討論著怪獸真面目的內海有了一個恐怖的想法……

裕太他們要進行校外學習而來到城市外的地方。因為失憶所以第一次經歷這種事情的裕太感到格外的浮躁。在山河之間，裕太和同學們進行水上漂流的活動的時候，他們遭遇了....？

裕太對校外學習時茜的發問耿耿於懷，想要和內海、六花商量，卻一直找到合適的時機，因此只能自己心懷疑問。這時，裕太遇見了一個奇怪的少女————

裕太知道了這座城市的真相，他將一切告訴了內海和六花，但他們二人卻都沒當回事兒。裕太想要和茜好好談談卻……就在此時，城市的上空浮現出了一個巨大的UFO。

杜鵑太高中已經有許多年沒舉辦校園文化節了，這次終於又迎來了文化節，大家都在有條不地紊準備著。裕太等人覺得新條茜可能是被亞歷克西斯利用了，他們試圖說服她。

城市力出現的怪獸什麼也沒做，就那樣漂浮在空中。小茜為了讓城市變回自己想像的樣子，干涉了裕太他們的時間。裕太他們與古立特失去聯繫，迎來了至今為止最大的危機。

茜有段時間沒去學校了，怪獸也沒有出現，每一天都風平浪靜。茜造出的最後一隻怪獸被古立特輕鬆擊敗，但它卻一直沒有倒下，令人毛骨悚然。

城市被天花板所覆蓋，大家迎來一個與以往不同的早晨。失去了古立特，城市裡湧現出大量的怪獸。小茜靜靜的俯視著整座城市。

裕太與古立特合為一體，以其真正的姿態覺醒了。大家的心連接在一起，發起了最終挑戰。