L’unidicenne Masaru Saiga eredita il patrimonio del padre morto in un incidente e diviene preda di misteriosi rapitori che mirano alla sua ricchezza. Il giovane Narumi Kato lo salva ma i rapitori tornano alla carica e si scopre che si tratta di bambole dalla forza sovraumana. Tutto sembra perduto quando appare una donna dai capelli d’argento: Shirogane

Dopo una brevissima pausa Masaru, Narumi e Shirogane vengono rintracciati e nuovamente assaliti. L’assassino Eiryo Ashihana attacca con il burattino Pulcinella, dalle fattezze di un clown. Shirogane risponde dispiegando il suo burattino Harlequin, ma in un momento di distrazione uno degli scagnozzi di Ashihana agguanta Masaru

Dopo aver resistito a numerosi attacchi, Masaru viene infine rapito e conddotto a Karuizawa. Per salvarlo, Narumi e Shirogane irrompono nella villa di Zenji Saiga, zio di Masaru e artefice del rapimento. Masaru sta per fuggire dalla villa, quando scopre alcuni misteriosi documenti appartenuti al padre ormai scomparso, Sadayoshi Saiga

Sfuggire a Zenji e smettere di piagnucolare: queste le decisioni di Masaru che, nel frattempo, incontra di nuovo il suo potenziale assassino Eiryo Ashihana. Anziché fuggire, però, gli propone un’alleanza. Intanto Narumi e Shirogane vengono catturati dai burattinai di Zenji e sembrano essere spacciati

Narumi, che ha più volte tirato fuori Masaru dai guai, rimane coinvolto nell’esplosione di villa Saiga e di lui non si hanno più notizie. Benché sovrastato dal sentimento di perdita, Masaru decide di essere forte come lui gli ha insegnato e torna a frequentare la scuola. Shirogane, per proteggerlo, si iscrive ad un liceo vicino.

Narumi, ritenuto morto dopo l’esplosione a Karuizawa, si risveglia in una stanza di ospedale. Lì conosce il seduttore Guy ed un’anziana donna di nome Lucille. Mentre lotta per recuperare la memoria, fa amicizia con i bambini ricoverati e capisce che sta succedendo qualcosa di strano quando nota che le sue ferite guariscono in maniera inaspettatamente veloce...

Narumi viene a conoscenza della sindrome ZONAPHA e della causa della sua diffusione: il Circo della Mezzanotte. Per garantire un futuro ai bambini deve annientare gli automi. Decide quindi di trasformarsi in uno "shirogane", un distruttore di automi. Nel frattempo Masaru e Shirogane si sono uniti al Circo Nakamachi, dove incontrano la misteriosa Vilma.

Il Circo Nakamachi sta per partire con un nuovo spettacolo a Izu, grazie ai fondi ottenuti e al nuovo numero della lanciatrice di coltelli Vilma. Contemporaneamente Narumi, Guy e Lucille si imbarcano su un volo diretto a Shangai, sulle tracce del Circo della Mezzanotte. Ma sullo stesso aereo ci sono anche gli automi e nei cieli dell'Oceano Pacifico ha inizio una feroce battaglia.

Guy viene ferito e cade in mare. Lo salva il gruppo del Circo Nakamachi e si scopre, con stupore, che è stato il maestro burattinaio di Shirogane. L'incontro porta Shirogane ad aprirsi con Masaru e Masaru, a sua volta, a partire per un viaggio solitario alla ricerca della sua infanzia. Anche Narumi e Lucille, giunti in Cina incontrano il loro maestro di Kenpo, Liang.

Liang narra la verità sul passato, sui fratelli aspiranti alchemisti Jin e Yin e sulla donna innamorata di entrambi, Francine. A causa della differenza di vedute tra i tre, in un villaggio della Francia ebbe origine la ZONAPHA, che avrebbe contagiato il mondo. Narumi e i suoi devono ancora riprendersi quando improvvisamente compare Pantalone, uno dei quattro automi più anziane.

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