Gracefield 農莊是一群沒有父母的孩子的居所。儘管沒有血緣關係，但和媽媽還有38位兄弟姐妹一起度過的每一天都充滿了幸福。11歲的艾瑪，諾曼和雷是孤兒院中最年長的孩子，他們三個人都非常優秀，每天早上的考試都能夠考取滿分。某天晚上，被人收養的柯妮將要離開孤兒院，孩子們紛紛為她送別，但是諾曼和艾瑪發現她忘帶了東西，於是便前往了被禁止靠近的大門那邊。在那裡，他們倆親眼目睹了令人震撼的真相……

被精心撫養的孩子們原來是提供給鬼享用的食物。他們最喜歡的孤兒院是一座農場。那位溫柔的媽媽是他們的敵人。艾瑪和諾曼得知了孤兒院中所隱藏的真相，並開始計畫越獄。但是，伊莎貝拉似乎發現了柯妮出貨的那天晚上，有兩個孩子來到了門附近……

新的大人，修女・克洛涅出現了，House 中監視的人增多了。雷也加入了，3人摸索著越獄的方法。艾瑪確定了自己身體裡所埋的發信器的位置。為了進行全體人員的越獄訓練，開始全力的「捉迷藏」。不過，克洛涅作為鬼角色參加了捉迷藏。

孩子們當中有內奸存在。為了弄清楚是誰，艾瑪等人開始留意孩子們的動向。為了確定內奸者，諾曼開始偷偷行動。另一方面，考慮到外出之後的事情，決定向冬和吉爾達說明情況。過於殘酷的真實。雖然無法將這一切如實說出來，但也依然成功地引入了兩位新的協助者，並且越獄計畫也在進行中。

諾曼發現了內奸是雷，向雷提議成為雙重間諜。雷表示因為了越獄做準備而自願成為了內奸，提出騙艾瑪並放棄全體人員越獄作為合作的條件。第二天，艾瑪得知雷是內奸後，依然決定全體越獄。艾瑪告訴了大夥關於伊莎貝拉的隱藏房間的事，冬和吉爾達未告知艾瑪等人、偷偷侵入了那個房間。

威廉·密涅瓦送往孤兒院的書籍上用摩斯電碼隱藏著對孩子們的信息，艾瑪等人認為房子外面可能有夥伴。而另一方面，成功侵入伊莎貝拉隱藏房間的冬和吉爾達，注意到了艾瑪等人的謊言。面對說出了真相的艾瑪等人，冬憤怒了，但是只能哀嘆於自己的弱小，艾瑪也打算重新相信兄弟們。但是第二天，看到了五個人的對話的克洛涅提議一起合作？

為了奪取伊莎貝拉的媽媽的寶座，艾瑪們從克洛涅那裡聽到了關於 House 管理系統的事情，並決定和她聯手。當晚，艾瑪和諾曼為了收集情報來到了克洛涅的房間，但是卻反被克洛涅瞭解到、艾瑪等人已經知道了發信器的地方和壞掉的方法。為了向本部控告孩子們的越獄計畫，克洛涅開始尋找破壞發信器的工具。而此時，伊莎貝拉卻向克洛涅發佈了來自本部的通知。

被伊莎貝拉送行的克洛涅向祖母控訴了伊莎貝拉的失誤。可是祖母完全不介意那個事，最終克洛涅被鬼殺害。當天下午，雷讓艾瑪和諾曼探尋圍牆外面的世界，並向伊莎貝拉傳達假情報以轉移她的注意。但是察覺到這一點的伊莎貝拉把雷關在了房間裡。隨後，面對著艾瑪和諾曼，伊莎貝拉告訴諾曼明天決定將他出貨。

為了阻止諾曼的出貨，艾瑪和雷建議諾曼裝作逃跑的樣子、隱藏在 House 內。諾曼卻因為擔心自己的逃跑會致使艾瑪等人越獄失敗而拒絕了，但面對兩人的拚命勸說，諾曼還是接受了這一提議。到了第二天出貨當天，本應該為了逃跑而奔向圍牆的諾曼，卻與計畫相反，傍晚回到了孤兒院。歸來的諾曼說出了牆外的真相，艾瑪和雷聽聞後非常震驚。

諾曼從圍牆上看到的景象使得整個農場的結構明朗了。但諾曼已經做好了出貨的覺悟，並不打算逃跑。儘管艾瑪和雷拚命挽留，但是諾曼依然將紙杯提線電話裝進行李箱出發了。艾瑪和雷因為失去了諾曼而絕望，看起來他們終於放棄了越獄計畫？

一邊假裝死心，一邊推進越獄的準備的艾瑪和蕾。雷提出在出貨前夜，用準備的道具引起火災，逃出那個間隙的事,不過，那個是連在火中留下雷自己的事也編入了的計劃。但是在最後阻止了雷的艾瑪，說出了預期雷的行動的諾曼的信的事，並且與住宅的孩子們推進了的準備的事。艾瑪他們逃出伊莎貝拉，背對著被火焰包圍的房子。越獄能成功嗎 ——？

艾瑪答應一定會來接她，決定留下4歲以下的孩子們。並且5歲以上的孩子們發揮訓練的成果，陸陸續續渡過懸崖。另一方面，伊莎貝拉向總部通報，想要阻止越獄，但是看到懸崖對面的艾瑪們，終於放棄了追趕。伊莎貝拉是曾經在家長大的孩子，靜靜地目送著遠去的孩子們的背影 ——。越獄成功渡過懸崖的艾瑪們在對岸的森林中奔跑。懷著獲得自由的喜悅和決心今後要活下去的艾瑪穿過森林，在那裡閃耀著為他們祝福的朝陽。

艾瑪一行人成功逃出孤兒院，依照諾曼留下來的筆，前往其指引的目的地。然而，他們卻在半路上碰到巨大的野生鬼。雷為了吸引野生鬼的注意，使其掉進陷阱，與艾瑪等人分頭行動，卻一步步陷入絕境。與此同時，艾瑪等人雖然擺脫野生鬼的追逐，但艾瑪耳朵上的傷口突然裂開，出血與高燒使她失去意識。從危機中解救一行人的是，全身以布包覆，看似人類的神祕少女與高大男性。

艾瑪等人的救命恩人其實是鬼，名字分別是「穆吉卡」與「孫居」。基於宗教原因，他們不吃人類。在其他孩子熟睡之時，艾瑪與雷來到孫居身旁，提出疑問 ── 三十年前人類發生了什麼事。世界現在是什麼樣子。這時孫居告訴他們這個世界的現狀，娓娓道來一個「故事」，闡述鬼與人類的世界所做的某個「約定」。此時，艾瑪等人得知了這個世界的真相，下定決心從「鬼的世界」逃出去。

孫居與穆吉卡教導艾瑪等人如何在這個世界生存，並協助指路，告訴他們如何前往筆所顯示的目的地。雙方分道揚鑣，艾瑪等人認為威廉‧米涅瓦就在「B06-32」，以此為目標在荒野前進。然而，他們對著筆輸入新的密碼之後，出現了一張所在地周圍的地圖，冒出通往地下避難所的入口。避難所裡面有充足設備，雖然孩子們睽違許久能安心休息，但是隨著日子過去，他們碰到了幾件不可思議的事情。

電話忽然響起。艾瑪心驚膽戰地拿起話筒，竟然是來自威廉‧米涅瓦的電話。然而，由於聲音是事前錄音，眾人只能默默接受米涅瓦說出的真相。孩子們為了前往人類的世界，預定在米涅瓦提供的避難所打造穩固的生活基礎，並且回到恩典農場之家，救出菲爾等人。另外，在農場總部的地下室，出現了伊薩貝拉的身影。她接到一個命令，以帶回所有脫逃者作為交換條件，將能獲得自由，離開農場。她神情篤定並給予回覆：「我發誓將他們帶回」。

避難所遇襲，艾瑪等人逃至離鬼村落有一段距離的神殿廢墟，以其作為據點。然而，不同於他們在避難所與恩典農場之家的時候，能取得的食材有限，光是活下去就很吃力。艾瑪看著弟弟妹妹們的睡臉，明知自己身負重責，需要打破現狀，卻遲遲找不到對策。

另一方面，托馬與拉尼恩跟著艾瑪等人一起去蒐集食材，回途中，在鬼村落暴露了他們的真面目是人類。

A special episode detailing the events leading up to the current situation with the Grace Field Farm children.

出現在艾瑪與雷面前的人，是應該已被出貨的諾曼。還以為再也無法相見，艾瑪與雷不禁流淚，緊緊抱住諾曼。一行人回到神殿，諾曼與孩子們久別重逢，感動不已。然後，諾曼娓娓道來，他被出貨之後，至今為止的事情。關於他被移送至「Λ7214」，以及在那裡得知的真相：「為什麼鬼需要吃人類」。然後，為了打造艾瑪期望的「食用兒童笑著生活的未來」，諾曼宣示：使鬼滅絕，將鬼的世界變為食用兒童能安全生活的世界。孩子們聽到這個作戰計畫，滿心喜悅，但是艾瑪卻悶悶不樂。

艾瑪與雷從諾曼口中得知「邪血的少女」穆吉卡的傳聞。即使對穆吉卡的力量感到驚訝，艾瑪仍然將希望寄託於此。然而，諾曼認為這個能力對自己的作戰來說是危險因素，必須殺死穆吉卡與孫居。艾瑪告訴他「不希望將鬼趕盡殺絕」，諾曼並沒有退讓，而是態度平靜地試圖說服艾瑪。如今兩人立場完全對立，艾瑪決定向諾曼提出一個交易。

諾曼發作咳血。他曾說自己在 Λ 沒有接受實驗，其實是騙人的。他為了在僅存的時間內活下去，與艾瑪等人重逢，並打造一個艾瑪等人能夠安心生活的世界，奮戰至今。另一方面，艾瑪、雷、唐、吉爾妲四人順利找到穆吉卡與孫居，向他們尋求協助，卻突然傳來爆炸聲。艾瑪等人認為諾曼已經開始進行作戰計劃，馬上趕回村落。

諾曼不等艾瑪一行人歸來，逕自執行了作戰。然而他感到迷惘，無法下手殺死維爾克及他的子孫，此時艾瑪、雷與孫居出現在他眼前。諾曼告訴他們：「作戰已經開始，為時已晚」。艾瑪試圖說服諾曼：「現在還來得及終止使鬼滅絕的計劃」但是諾曼卻聽不進去。艾瑪彷彿早已看透諾曼真正的想法，繼續說服他。另一方面，於農場總部，伊薩貝拉發現孩子們使用避難所的無線電，竊聽農場的定時聯絡。她刻意洩漏情報──恩典農場之家的食用兒童即將全員出貨。

文森特洩漏情報，他們將乘坐熱氣球，從空中入侵農場。彼得接獲報告以後更改農場警備，針對脫逃者的入侵作好萬全準備。然而，文森特的背叛行為也是艾瑪等人的作戰之一。他們利用熱氣球擾亂敵方，入侵農場的作戰就此開始。同時，農場開始進行食用兒童的出貨，菲爾已經抵達大門。這時潔米瑪現身，幫艾瑪傳話。艾瑪向孤兒院的孩子們打信號，成功讓孩子們離開修女身邊。艾瑪等人與孤兒院的孩子們會合，打算大家一起搭乘前往人類世界的電梯。然而，成為祖母大人的伊薩貝拉率領全副武裝的修女們，再加上彼得，一行人擋住了艾瑪等人的去路。

彼得‧拉特利從小就憧憬拉特利家的前任當家，也就是他哥哥 ── 詹姆士。然而，彼得堅信守護約定是一族使命，無法理解詹姆士為何自稱「威廉‧米涅瓦」並成為拯救食用兒童的支援者。他下定決心，即使犧牲哥哥，仍要維護世界的秩序。面對表情沉穩說著「掌握自由吧」並伸出手的艾瑪，彼得接受自己的命運，選擇自我了結。接著一行人終於來到通往人類世界的門。他們使用米涅瓦的筆，打開那扇門，向前邁進。但是，艾瑪、諾曼、雷、希斯洛、芭芭拉與薩吉卻留在鬼的世界，目標是拯救全部的食用兒童。