En un orfanato conocido como "Casa", 38 niños pasan sus días jugando, estudiando y participando en pruebas hasta que finalmente son adoptados. Una noche, después de que Conny de seis años, fuera adoptada por la madre del orfanato, Isabella, dos de los niños más inteligentes de la casa, Emma y Norman, van en busca de Conny para entregarle un juguete de peluche que ella olvidó. Al pasar por la puerta aún abierta, descubren a Conny muerta dentro de un camión y se ven obligados a esconderse mientras Isabella cambia a Conny como "carne" para demonios ricos. Al darse cuenta de que el orfanato era en realidad una granja que cría humanos como alimento para demonios, Emma y Norman regresan corriendo y decididos a escapar con los otros niños. Mientras, Isabella descubre el peluche que Emma había dejado al lado del camión cuando huyeron.

Emma y Norman se dan cuenta de que los niños están siendo enviados en función de su edad y puntajes en las pruebas, además de que los niños mayores con cerebros más grandes son considerados como carne de mayor calidad. Deciden escapar antes del próximo envío que será en dos meses por lo que se disponen a explorar el bosque en busca de una ruta de escape. Se encuentran con un muro de hormigón que creen poder escalar con una cuerda, pero luego se dan cuenta de que Isabella tiene dispositivos de rastreo implantados en sus cuerpos. Ray se acerca a ellos después de obtener manteles para usar como cuerda, Emma y Norman revelan su plan para escapar con los demás niños. Ray acepta colaborar con ellos después de que Norman lo convenciera. Más tarde, Isabella presenta a una nueva niña llamada Carol y a una hermana llamada hermana Krone, a quienes los tres conspiradores perciben de inmediato como otro enemigo.

Emma, Norman y Ray revalúan su situación, cuando se dan cuenta de que les habían colocado el dispositivo de rastreo y que tanto Isabella como Krone sospechaban de ellos.

Sin embargo, existe tensión entre los adultos. Krone codicia la posición de Isabella. Emma examina a la Carol y descubre que los dispositivos de rastreo están implantados en el oído de todos. El trío usa un juego clásico para entrenar a los demás para escapar, en la cual Krone decide participar y atrapar a todos excepto a Norman y Ray. Más tarde esa noche, el trío empieza a sospechar que uno de los otros niños es un espía que trabaja para Isabella.

El trío comienza a practicar a las atrapadas en equipo con los otros niños y Norman adelanta la fecha de su escape dándoles solo 10 días para prepararse. Esa misma noche, el trío comparte su secreto con otros dos niños, Don y Gilda, aunque Norman decide no decirles que Conny está muerta. Él tiende una trampa para determinar quién es el informante encubierto, diciéndoles la ubicación de sus cuerdas y esa noche, Isabella recibe una nota de su informante. Mientras tanto, Emma escucha a escondidas a Gilda y Krone, quien intenta sacarle información, pero Gilda elige no decirle nada a Krone. La noche siguiente, Norman inspecciona las ubicaciones de las cuerdas con Ray y, mediante el proceso de eliminación, acusa a Ray de ser el traidor.

La trampa de Norman expone a Ray como el informante de Isabella y Ray explica que lo hizo voluntariamente para obtener información que podría usar para escapar. Después de una larga discusión sobre la lealtad, Ray finalmente acepta ponerse del lado de Norman con la condición de que renuncien a la intención de salvar a todos, pero sin decirle a Emma. Más tarde, Ray le revela su duplicidad a Emma, pero ella cree en su promesa de seguir ayudando a escapar a todos los niños. Mientras tanto, Emma ha deducido que hay una habitación oculta en la oficina de Isabella, donde informa a la sede. Deciden no buscarla, pero a pesar de la advertencia de los riesgos, Don y Gilda entran en la oficina de Isabella y encuentran la entrada a la habitación secreta.

Emma les cuenta a Norman y Ray que encontró mensajes en código morse sobre la granja humana en varios libros ex libris almacenados en la biblioteca a nombre de William Minerva. Mientras tanto, Don y Gilda obtienen acceso a la habitación oculta de Isabella, donde descubren un dispositivo de comunicación y juguetes que pertenecían a los niños que abandonaron la casa y se dan cuenta de que les mintieron acerca de que Conny aún estaba viva. Extraen la verdad de los demás sobre el verdadero propósito del orfanato y, a pesar de cierta hostilidad inicial hacía el trío, finalmente Don y Gilda deciden reafirmar su deseo de ayudar a todos a escapar. Al día siguiente, Emma le dice a Norman que tiene una idea para sacar a todos a salvo. Más tarde, Norman encuentra algunas cosas que Ray le dejó, y Don roba algunos productos químicos para el plan de Emma.

Krone les propone a los conspiradores que trabajen juntos para que su escape provoque la muerte de Isabella para que Krone pueda convertirse en la madre del orfanato. Ella revela que una vez fue huérfana como ellos, pero que nunca pudo abandonar su área asignada debido a un chip de monitoreo mortal implantado en su pecho. Acuerdan unirse a ella. Esa noche, Emma y Norman visitan a Krone y le hacen una serie de preguntas que ella responde. pero también se dan cuenta de que sabe más de lo que revela. Mientras tanto, Ray recibe una cámara instantánea de Isabella como recompensa por su ayuda. Al día siguiente, Emma y Norman se preparan para escalar el muro e inspeccionar los alrededores, mientras Ray planta información confidencial sobre Isabella para que Krone la encuentre. Krone encuentra la nota y se emociona al descubrir lo que parece la "segunda debilidad" de Isabella. Momentos después, Isabella le da a Krone instrucciones oficiales de que será transferida.

Krone ha sido nombrada como madre de la planta 4 y tiene que irse de inmediato. Se encuentra con la abuela en la puerta e intenta socavar a Isabella sin éxito. Cuando la abuela se va, Krone se da cuenta de que un demonio está a punto de matarla. Ella recuerda su vida cuando era huérfana, los años de entrenamiento para convertirse en madre y espera que los niños puedan escapar y destruir el mundo actual. Mientras tanto, los conspiradores implementan su plan para investigar el muro, mientras que Isabella le informa a Ray que se ha deshecho de la hermana Krone y que su trato con él ha terminado. Ella lo encierra en una habitación, luego usa su dispositivo de rastreo para encontrar a Norman y Emma. Mientras Don rescata a Ray, Isabella encuentra a Norman y Ray y les dice que dejen de resistirse, explicando que han vivido vidas felices y sin preocupaciones y que morirán rápidamente.

Los conspiradores están decididos a no dejar morir a Norman. Ray le dice que rompa el dispositivo de rastreo y pretenda escapar para poder esconderse y unirse a los demás en su escape planeado. Norman se niega, diciendo que solo reforzaría la seguridad, lo que dificultaría el escape de los demás, y Emma sugiere que Ray se rompa un hueso o se enferme para evitar esto. ya que los demonios no enviarían productos dañados, y Norman finalmente acepta. Esa noche, Ray les cuenta a Emma y Norman que sabía el secreto del orfanato desde el principio ya que no había sido afectado por la amnesia infantil. Tiene recuerdos de cuando era bebé, pasando por el cuartel general del demonio y la puerta antes de ser llevado a la casa. Al día siguiente, Norman se prepara para su falso escape, pero la primera prueba de su escape son escalar la pared para ver el bosque más allá.

Norman les dice a los conspiradores que toda la granja está rodeada por un canal y que la única forma de salir es a través de la puerta, que conduce al cuartel general del demonio. Norman devuelve el dispositivo para romper los rastreadores y esa noche, Norman se despide de todos en la casa. Emma abraza a Norman en un último esfuerzo para que utilice el dispositivo para romper los rastreadores y escapar. Él se niega, sabiendo que es demasiado imprudente y pondría en peligro el intento de escape del grupo. En la puerta, Isabella lleva a Norman a una habitación lateral para esperar a los demonios. Más tarde, Don y Gilda le preguntan a Ray cuál es el pan ahora, pero él se rindió y se disculpó. En la enfermería, Isabella encuentra a Emma llorando y se ofrece a recomendarla como candidata a madre, diciendo que si completa el entrenamiento podría regresar a la casa como madre o hermana, pero Emma se niega.

La noche anterior a la partida de Ray, Emma revela que nunca ha renunciado a la idea de escapar. Mientras Isabella los observa de cerca a ella y Ray, Don y Gilda continúan preparándose para escapar. Ray propone que prendan fuego a la casa esa noche como una distracción. Después de que Emma acepta, Ray revela que el planea prenderse fuego para distraer a Isabella y negarles a los demonios su festín. Cuando el reloj marca la media noche, Ray, que ahora tiene 12 años, enciende el fuego. A medida que se propaga, los niños evacuan y Emma se corta la oreja para que no pueda ser rastreada. Isabella intenta extinguir el fuego y salvar a Ray, quien cree está envuelto en llamas, pero los niños habían envuelto carne y cabello en su ropa como señuelo. Meses antes, Norman le contó a Emma sobre el plan de Ray de quemarse y preparó un contra plan para ella, lo que significaba que ya estaban preparados para escapar.

Los niños encuentran y trepan la pared del límite. En un flashback, Phil le dice a Emma que siempre sospechó del propósito de la granja y aceptó que los niños menores de cuatro años se quedarían, con la esperanza de ser liberados antes de ser cosechados. Mientras tanto, Isabella notifica a la sede el incendio y que 15 niños han escapado. La alarma suena cuando los niños se preparan para cruzar el canal de la pared. Después de que Don primero lanzara una cuerda a través del canal, los niños comienzan a cruzar hacia el bosque usando la cuerda y perchas como tirolesas. Cuando no hay señales de los niños en el puente, Isabella corre a lo largo de la pared y llega a tiempo para ver a Emma, la última niña, cruzar el bosque antes de que se corte la cuerda. Isabella recuerda cuando era niña en una granja viendo cómo cosechaban a sus amigos y comenzó a entrenarse para ser madre para sobrevivir.

Emma and the children have finally escaped the House and now head to the place indicated on the pen Norman gave them. But on their way, a large, wild demon attacks the group…

The children’s saviors turn out to be demons named Mujika and Sonju. The pair claims that their religion forbids them from eating humans. Emma and Ray visit Sonju while the others are sleeping in order to find out what happened to humans thirty years ago.

Emma and the group learn the necessary skills to survive in this world from Mujika and Sonju. Back on their own, the children traverse a wasteland in search of a place called “B06-32.”

Without warning, the shelter’s phone begins to ring, echoing through the halls. Emma hesitantly answers and finds that it is William Minerva. Meanwhile, in an underground room at the farm headquarters, a deal is made…

Emma and the other escapees manage to survive the attack on the shelter. Now they have settled in an abandoned temple a short ways from a demon town. Unlike the shelter and Grace Field House, here there is a limited supply of food, and they are barely surviving.

Norman, thought to have been shipped, stands before Emma and Ray. It is a reunion they never dreamed of, and they embrace tearfully. Norman reveals his plan to create the future Emma wants, where the children can live happily.

Though Emma pleads with him, explaining she has no wish to eradicate the demons, Norman is set in his decision and deaf to her arguments. To resolve their dispute, Emma proposes a deal.

Norman, seized by a terrible fit of coughing, spits up blood. He lied about not being experimented on when he was at Lambda. With the little time he has left, Norman manages to reunite with Emma and hopes to create a world where she and the children can live in peace.

Norman has begun executing his plan without waiting for Emma. When Emma, Ray, and Sonju appear, Norman is hesitating to kill Vylk and his grandchild, but he tells them that they are too late and that the plan is already in motion.

Vincent reveals his plan to enter the farm. After hearing this plan, Peter reconfigures the security on the farm to prepare for the intruders. Meanwhile, the shipment of children from the house has been set in motion, and Phil has already arrived at the gate.

As Emma extends her hand to Peter and says, "Let's be free," he shows a calm expression, but realizes his true fate. The children finally arrive at the gate leading to the human world, where they hope to pass through.