时为战乱时代。醍醐之国的领主景光为了领地的繁荣而与魔神进行交易，作为代价而献上了自己的儿子。时光流逝，就在年幼的盗贼·多罗罗遭到妖怪袭击的时候被一名神秘少年拯救。这位少年的身体，基本上都是人造的。

身为医生的寿海巡游于各地，为了给在战争中伤亡的人们装上义肢。某天他在河边捡到了一个欠缺了身体上各个器官的婴儿，并赐予了他的人造身体后将他抚养长大。被起名为“百鬼丸”的这位少年，为了取回自己的身体而开始了旅行。

进入了醍醐之国的多罗罗和百鬼丸，听闻了残留在国境曾经发生战争的地点上的一块巨大屏障“板门”这一存在。而百鬼丸也与从板门现身的妖狐的魔神展开了对峙。

将自己的儿子交给了魔神的景光。想要夺回自己被夺走的身体的百鬼丸。而现在，在命运的指引下两人相遇了。

多罗罗被地鼠所带走，赶往了火袋所藏钱的山岬。就在为了前往山岬而在寻找小船的时候，他们遇见了独臂少年·不知火。

寻找着妖怪而走进了山林的多罗罗和百鬼丸，与赛眼三郎太这一青年相遇了。他们与说着自己也是来杀妖怪的三郎太一起前往妖怪的巢穴。