将来を期待された秀才が集う秀知院学園。その生徒会副会長・四宮かぐやと会長・白銀御行は互いに惹かれているはずなのだが、プライドが高く素直になれない２人は、面倒臭いことに、“如何に相手に告白させるか”ばかりを考えるようになってしまう。 何もないまま半年が経過したある日、書記の藤原千花が懸賞で当てた「男女で観に行くと結ばれるジンクスのある映画のペアチケット」をきっかけに、”恋愛頭脳戦”の火蓋が切って落とされる…。

恋愛は百戦錬磨というイメージを付けられていた白銀は、交際経験がゼロなのにもかかわらず、ある男子生徒から恋の相談を受けてしまう。もしここでボロを出してしまったら、生徒会長としての威厳が保てない。焦った白銀は「恋愛のことなら俺に任せろ！」と無理を承知で引き受けてしまった。その様子を見ていたかぐやは、会長の恋愛観を探るチャンスを逃すまいと盗み聞きをするが、白銀のアドバイスはあまりに予想外で……。

校長が没収してきた不健全な雑誌をチラ見した藤原は「初体験はいつだったアンケート」のページを読んでしまい大慌て。なんと高校生の34%が経験済みだという。実際はそこまで高くないはずと藤原をなだめる白銀に対し、かぐやは「私は適切な割合だと思います」と言い放ち、自分はすでに経験済みだと告げる。恋愛をしたことがない白銀は突然の告白にショックを受けるが、その反応を好機と見たかぐやは「彼女居ないんですか？」と煽ってきた！

パリの姉妹校との交流会に向けて、藤原のアイディアでなぜかコスプレをすることになってしまったかぐやと白銀。かぐやは内心くだらないと思いつつも、猫耳を付けて「にゃあ…」とポツリ。だが大の猫好きである白銀にとって、その姿がまさかの大ヒット。あまりのキュートさに平常心が保てなくなっていく。さらに白銀も猫耳を付けると、今度はかぐやが大興奮。可愛いという気持ちを隠しきれず、だんだん二人の様子がおかしくなっていき……。

勉学において右に出るものはいないものの運動センスは絶望的な白銀は、放課後の体育館でバレーボールの練習に励んでいた。しかしどうやっても成長の兆しすら見えない。バレーの授業は来週に迫っており、このままでは完璧な生徒会長というイメージが崩れてしまう。そう一人落ち込んでいたところに、藤原がやってきた。白銀は恥を忍んで教えを請い、藤原の熱血指導によるトレーニングの日々が始まった。果たして人並みのサーブを打てる日はやって来るのか？

生徒会第４のメンバー・石上優は、１年生であるにもかかわらず白銀にスカウトされ、生徒会の会計を任された逸材である。根暗な性格ゆえに普段はあまり目立たないが、彼なしで生徒会は成り立たない。そんな石上が突然「生徒会を辞めたい」と白銀に話を持ちかけてきた。必死の説得にも応じず、彼の決意は固い。どうやら止むに止まれぬ事情があるようだ。そして石上は目に涙を浮かべながら、そのワケを語り始める。「僕、多分殺されると思うんです」と……。

柏木の彼氏から、またしても恋愛相談を受けてしまった白銀と、またしても盗み聞きをしようとするかぐや。白銀のアドバイスのおかげで柏木と付き合うことはできたが、付き合って１ヶ月が経つのに、まだ手も繋いだことがないのだという。「どうやったら手を繋げますかね!?」という低レベルな質問にかぐやは呆れかえるが、白銀は交際経験がなくても答えられそうな悩みに一安心。だが白銀のアドバイスは今回も予想外の方向に……。

期末テストが迫った生徒会室では、いつも以上のプレッシャーの中で、かぐやと白銀の心理戦が繰り広げられていた。白銀に勉学では勝てないことにプライドを傷つけられた万能型の天才・かぐや。生徒会長として学年トップの座を誰にも譲るわけにはいかない努力型の天才・白銀。二人は相手を出し抜くために嘘を付き合い、権謀術数をめぐらせていく……。ついに訪れた期末テスト当日。勝利の女神は一体どちらに微笑むのか!?

かぐやが風邪で学校を休んでしまい、白銀がプリントを届けることになったと話すと、藤原は「私が行きます！」と大興奮。藤原が言うには、風邪を引いたかぐやは「あまえんぼ」になってしまうそうだ。素直で可愛いかぐやの姿を妄想してドキドキの白銀だったが、生徒会メンバー全員で家に押しかけたら迷惑がかかる。そこで誰がお見舞いへ行くのか、神経衰弱で決めることに。石上も巻き込み、真剣バトルがスタートした！

お見舞い事件のせいでケンカをしたかぐやと白銀は、お互い素直になれず険悪なムードになってしまう。そんな中、かぐやは恋人がいる柏木に、友だちの話だと偽って恋愛相談をしてみることに。その一方、白銀もラブコメ好きの石上に、どうしたらケンカした異性と仲直りできるのかを相談してみたところ、石上のテンションがどんどんヒートアップしていく……。様々なアドバイスを聞いているうちに、かぐやと白銀は自分の本当の気持ちに気付き始める。

学校が夏休みに突入してから半月、生徒会がないため白銀と会うことができず、かぐやはもどかしい日々を過ごしていた。しかし夏休みの後半には、生徒会のメンバーと花火大会へ行く約束がある。財閥の令嬢として厳しく育てられたため、夏休みの思い出を作れてこなかったかぐやは、皆と一緒に遊べる日が来ることを心待ちにしていた。ついに花火大会当日、夏らしく浴衣を着て出かけようとしたかぐやのもとに、父の執事が現われ……。

生徒会のメンバーと花火大会へ行く約束をキャンセルしてしまったかぐやは、暗い自室に一人閉じこもっていた。落ち込んだ様子を心配した侍女の早坂はかぐやを励まし、屋敷を抜け出す計画があることを告げる。執事たちの目をかいくぐって、何とか会場に辿りついたかぐやだったが、花火大会はすでに終わっていた……。皆と一緒に花火が見たかったと涙するかぐや。そこに「だったら俺が見せてやる」と懐かしい声が響く。

白銀のアドバイスのおかげで柏木とカップルになった男子生徒が、またまた恋愛相談にやってきたものの、以前とは印象がまるで違う。夏休みを終えた彼は、身も心もチャラ男に成り果てていたのだ。相談とは名ばかりのノロケ話を聞かされた白銀と石上は、その自信満々な振る舞いから、すでに彼女と“神聖な行い”をしてしまったのではないかと訝しむ。そこで柏木と二人っきりにして様子を覗き見してみると、恋人同士でムードが高まってきたらしく……。

待望のウィンドウショッピングに出かけたかぐやは、白銀の妹・圭と仲良くなるチャンスを虎視眈々とうかがっていた。一緒にやってきた藤原姉妹に邪魔されながらもようやく圭と隣同士になれたかぐやは、その横顔に白銀の面影を感じてドキドキが止まらない。さらに白銀の誕生日プレゼントに何を贈ればいいのかを探ってみると、「兄とはそんな仲良くないですよ」と不満げな表情に。圭の口から暴露される白銀の知られざるエピソードとは!?

秀知院学園第67期生徒会の活動最終日、4人が生徒会室を片付けていると、思い出の品が次々と見つかった。フランス校との交流会の看板、神経衰弱で使ったイカサマトランプ、NGワードゲームのカード、コスプレ用のネコミミ、生徒から没収した不健全な雑誌、「とっとり鳥の助」の映画チケット……。それぞれの胸に懐かしい記憶がよみがえり、話題は尽きることがない。そして4人は空になった生徒会室を後にする。

生徒会選挙の予測速報ではトップを独走中の白銀だったが、それを追う1年の女子生徒・伊井野ミコのことが気になっていた。選挙運動中のミコと話をしてみると、学年1位の才女だけあって弁が立ち、白銀のライバル心がメラメラと沸き上がっていく。一触即発の空気を感じて仲裁に入る藤原だったが、そんな彼女にミコは予想外の言葉を投げかける。「私が生徒会長になった暁には、藤原先輩が副会長になって頂けませんか！」。

勉学において右に出るものはいないが音楽にはちょっと自信のない白銀は、学園の校歌斉唱を口パクで誤魔化していた。その事実を藤原に見破られてしまったが、もし音痴であることが他の生徒にバレてしまえば完璧な元生徒会長というイメージが崩れてしまう。そこで白銀の運動音痴を直した実績のある藤原が、今度は歌のレッスンに付き合ってあげることに……。ところが白銀の音痴は“ちょっと”どころのレベルではなかった！

ついに生徒会選挙当日を迎えたが、ミコの努力もむなしく、元生徒会長としての手腕を誇る白銀の当選はほぼ確実。さらにかぐやも完璧な応援演説を披露して、ミコ陣営との格の違いを見せ付けた。だが石上の表情はなぜか浮かない。上がり性のミコが演説で上手くしゃべれずに、生徒たちの笑い者になるのが耐えられないからだ。怒りを露わにした石上に対し、白銀は「伊井野ミコを笑わせない勝ち方をすればいいんだな？」と言い壇上へ登っていく……。

「ボクサーパンツを穿いてる奴は全員ヤリチン」という石上の偏見を真に受けたかぐやは、白銀のパンツを確認したくてたまらない。どうすれば自然にパンツを見られるのか策略を巡らせるが、思い浮かぶアイデアはどれもアブナイものばかりだった。もうストレートに聞いてしまおうと、どんなパンツが好きなのかを尋ねるが、白銀はランジェリーの好みを聞かれたものだと勘違い。かぐやに穿いてほしいパンツを想像し始める。

ミコを会計監査に迎えた新生徒会がスタートしたものの、なぜか生徒会室はギスギスとした空気に包まれていた。ルールに厳しいミコは、学園で不健全なことをしている（ように見える）かぐやと白銀や、校則を無視してゲームで遊んでいる石上が許せず、ついついキツく怒ってしまうからだ。「時には優しさも必要」という尊敬する藤原のアドバイスを受けて、「何があっても絶対に怒らない」という訓練をすることになったものの……。

根暗な性格を変えてリア充の仲間入りを果たすため、体育祭の応援団に立候補した石上だったが、団員たちはウェイ系のパリピだらけ。石上の戸惑いをよそに、会議はノリとテンションだけでどんどん進んでいき、男子は女子の制服を着て応援することになってしまった。しかし、陰キャの石上には制服を気軽に貸してくれるような女友だちが思い浮かばない。もう応援団を辞退した方がいいのだろうかと悩んでいたところに、かぐやが現れて……。

勉学において右に出るものはいないがダンスはうまく踊れない白銀は、体育祭に向けて藤原と三度目の猛特訓を繰り広げていた。しかし仏の顔も三度まで。出来の悪い白銀に愛想を尽かした藤原は怒って出て行ってしまう。それでも一人黙々と練習を続ける白銀のもとに、今度はかぐやがやってきてレッスンをすることに。ところが様子を見に戻った藤原との間で、指導方針を巡りバトルが勃発！　はたして上手く教えられるのはどっちなのか？

体育祭もいよいよ中盤戦、応援団のパフォーマンスは大盛況で、石上の心はこれまで味わったことのない充実感に包まれていく。だが中等部のときのクラスメイト・大友京子に話しかけられたことで表情が一変。動揺を隠せない中、怪我をした応援団団長の代わりに、対抗リレーにアンカーとして出場することになってしまう。真っ青な顔のままトラックに立った石上は、かつて自分が学園で起こしたある事件のことを思い出していた。

学園案内のパンフレットのモデルに選ばれた生徒会だが、かぐやは家の方針でメディアに顔を出すことを禁じられていた。屋上での撮影の様子を羨ましげに見つめていると、最後に携帯電話のカメラでプライベートの集合写真を撮ろうという提案が。喜ぶかぐやだったが、その瞬間、突風が吹いて携帯を屋上から落としてしまう。地上でバラバラに壊れた携帯を拾い上げるかぐや。これまで皆と一緒に撮った写真が消えてしまったことを思うと、悲しくてたまらない……。

念願のスマホデビューを果たしたかぐやだが、白銀からのラインにどう返信をすればいいのか悩んでアタフタするばかり……。それを横目で見ていた早坂は、かぐやが「既読」のシステムを理解していないことに気付く。もしここで「今読んだ所です」などと嘘をつけば、白銀のメッセージが嬉しくてスマホに齧り付いていた事実までバレかねない。主人のためを思ってラインの仕組みを教えようとしたところ、そこに新たなトラブルが舞い込んだ！

白銀がカラオケ合コンに誘われたと知ったかぐやは大慌てで、早坂に対して「現場から連れ出すように」と無茶を命じる。その仕打ちに不満げな早坂だったが主人の言い付けは断れず、白銀と面識のあるスミシー・A・ハーサカの姿で合コンに参戦。かつて白銀にフラれた過去をおおっぴらにして、合コンの雰囲気を悪くする作戦に打って出た。そして何とか白銀を連れ出すことに成功したものの、かぐやへの反抗心が芽生えてきて……。

学園内で倒れていた女子生徒・四条眞妃（マキ）を踏んづけてしまい、生徒会室で介抱する羽目になった白銀。どうやら彼女は恋の悩みのせいで卒倒していたようだ。マキは身の上を相談しながらも、高飛車な態度を見せたり、不安げな顔になったり、怒りを爆発させたり、涙を流したりと、表情がコロコロと変わっていく。そんな喜怒哀楽の激しさを目の当たりにした白銀は、なぜか強いデジャビュに襲われる。この感じは一体何なんだ？

二学期の期末テストを終えて、かぐや家でお泊まり会を計画したが、白銀たちの都合は付かず参加者は藤原一人だけだった。落ち込むかぐやを尻目に藤原は、イケメン執事のハーサカくんが早坂の男装だとは気付かずに興奮状態。夜のパジャマパーティーでは恋バナに華を咲かせて、寝不足のかぐやもいつしか謎のテンションに。その勢いのまま白銀に電話をかけ、とんでもないことを問い詰めてしまう。

人間は時に弱さを曝け出す必要もある、という言葉をハーサカに言えなかった白銀は、ラップなら伝えられるはずだと練習に励んでいた。しかしラップの腕前は壊滅的。以前歌やダンスを教えてくれた藤原がレッスンに付き合ったが、ラップに関しては素人同然、単なるダジャレだと思い込んでいるレベルだった。そこで藤原は猛特訓をスタート。ラップ知識だけは豊富な白銀のアドバイスを受けてめきめき上達していくが、やはり何かが足りない！

秀知院学園の三者面談が始まり、ある者は内部進学を望み、ある者は外部大学の受験を考え、それぞれが将来の展望を述べていく。父と一緒に参加した藤原は冗談を交えつつも外部進学を希望する。一方、かぐやの父は姿を見せなかったが、彼女は親の言いつけ通り、内部進学の意向を伝えた。マキや早坂も各々の夢を語る中、最後に面談を受ける白銀。彼ははっきりとした口調で、自分が進むべき道を答える。その決断は……。

秀知院学園の文化祭・奉心祭の準備で全クラスが活気づく中、白銀たち2年B組はバルーンアート作りに励んでいた。藤原がかわいいクマのバルーンを軽々と仕上げる一方、不器用な白銀は何度やっても割ってしまう。教室には風船の破裂音が物悲しく響くが、これまで白銀の特訓に何度も付き合ってきた藤原は心を鬼にして、今回は手伝わないと決意。白銀も他人の力を借りずに乗り越えてみせると、練習のため一人生徒会室へ向かうが、部屋にはかぐやがいて……。

「文化祭でハートの贈り物をすると永遠の愛がもたらされる」というロマンティックな言い伝えを知ったかぐや。白銀にバレないようハートを忍ばせたプレゼントを贈る方法はないかと想像をめぐらすが、失敗案ばかり浮かんでパニックに。ネガティブなアイデアしか思い付けない臆病な自分に嫌気が差してしまう。そこに文化祭の準備で疲れ気味の白銀がやってきた。生徒会長としてみんなのためにがんばる白銀を見たかぐやは……。

特待生として秀知院学園に入学して一週間が経った白銀は、自分が来るべき学校ではなかったと早くも後悔していた。周りの生徒は名家に生まれたエリートぞろい。ごく普通の家庭から外部入学した白銀は、食事をする相手さえ見つからず、昼休みは食堂から離れた場所でひっそりと時間を潰していた。そんな惨めな気持ちを爆発させる白銀のもとに、学生帽を被った上級生が現れる。その胸元には生徒会長の証である純金飾緒が輝いており、白銀を生徒会にスカウトしに来たのだと言う。

つばめ先輩を文化祭デートに誘い出すことに成功した石上は、二人の距離を縮めようと校内の出し物をめぐっていた。結局あまり思うようには運ばなかったけれど、普段からお世話になっている先輩に感謝の気持ちを伝えようと、ある行動に出たところ、予期せぬ事態を巻き起こしてしまう。その想定外の出来事を目撃した白銀は驚愕。密かに企んでいた「四宮告らせ計画」が台なしになるのではと恐れを抱き、あれこれと思案に暮れる。

「良かったら一緒に文化祭回らないか」と白銀から誘いを受けたかぐやは、まさかの展開に驚きを隠せない。祭りの空気に当てられたのだろうと少しからかってみたが、白銀はシリアスな表情を崩さず、その迫力に押されたかぐやは一緒に校内を散策することに。周囲からはデートだと噂されて赤面するかぐやだが、恋愛占いや模擬店、ライブステージを満喫して、いつしか幸せな気分に。「こんな日が、ずっと続けばいいのに……」と心から願う。

文化祭がフィナーレを迎えた瞬間、白銀が作った宝玉のオブジェがアルセーヌを名乗る怪盗によって盗まれてしまう。かぐやたちは怪盗が出没した屋上に向かうも、その姿はない。名探偵と化した藤原は予告状の謎を解いて正体を暴こうと奔走するが、その場に残されたかぐやには犯人の目星が付いていた。問題はその居場所だ。今どこにいるのか、怪盗の思考をトレースしたかぐやの向かった先は……。

マントに身を包んだ怪盗アルセーヌこと白銀は、秀知院学園を見下ろせる時計塔の屋上でかぐやの到着を待っていた。「どうしてこんな事を…？」と問われた白銀は、かぐやに見せたかったものがあるのだと言う。すでに日の暮れた学園では後夜祭が始まっていて、キャンプファイヤーを囲んで楽しむ生徒たちの様子がよく見える。二人の胸に言葉にできない感情が交錯する中、白銀はウルトラロマンティック作戦を実行した!!