주남대에서도 선택된 정교수 가족들만 살 수 있는 SKY캐슬. 교육이면 교육, 명예면 명예, 부면 부, 뭐하나 빠질 것 없는 사람들의 더 큰 욕망을 향한 첫번째 이야기가 시작된다. 한서진은 3대째 의사가문을 이뤄낸 이명주를 위한 축하파티를 연다. 축하라는 명목 아래 모이긴 했지만, 그들의 진짜 속내는 다른데… 은행 VVIP 투자설명회에 가게 된 한서진(염정아 분), 하지만 무늬만 투자설명회, 실상은 비밀스런 초호화 입시코디네이터 선발대회?!

SKY캐슬에 밤사이 울려 퍼진 한 발의 총성, 이명주의 죽음은 남아있는 사람들을 충격과 혼란에 빠뜨린다. 봄이 찾아오고, SKY캐슬에는 이수임 가족이 이사 온다. 그들을 불청객처럼 여기는 한서진, 진진희와 달리, 노승혜는 동지를 만난 듯 반가운데… 김주영의 철저한 코디 하에 의대로 가는 황금로드맵이 예서에게 펼쳐지길 기대하는 한서진, 그러던 중 봐선 안될 것을 보고야 마는데…

태블릿 속 영재 일기를 읽고 경악을 금치 못한 한서진은 김주영에게 곧장 달려가 뺨을 후려쳐버리고, 예서의 코디 역할도 끝을 내버린다. 원래 자신의 집에 살았던 이명주 가족의 사연을 듣게 된 이수임은 그들의 비극적인 결말에 마음이 쓰인다. 여느 때와 같이 열린 SKY캐슬 독서토론회, 그 곳에 새 멤버 이수임과 우주가 들어오며 작은 반란(?)이 일어나는데…

곽미향을 알아본 이수임, 이대로라면 SKY캐슬에 소문나는 건 시간문제?! 한서진은 마음을 다잡고, 이수임을 찾아 간다. 한서진은 어렵게 구했던 코디 김주영 없이, 홀로 예서의 완벽한 입시플랜을 세팅해보지만 쉽지 않아 고군분투 하는데… 한편, SKY캐슬의 자랑스런 독서토론회 ‘옴파로스’ 존폐를 가르는 투표현장, 차민혁은 압도적인 승리를 자신만만해한다.

김주영 사무실 앞에서 마주친 영재의 몰골에 놀란 서진은 단번에 영재의 분위기가 심상치 않음을 직감한다. 한편, 편의점에서 예빈의 도둑질 현장을 목격한 수임은 예빈이를 위해 할 수 있는 일이 없을까 고민하고, 서진은 그런 수임의 참견이 거슬리기만 하다. 승혜는 두 아들을 위해서, 집안에 큰 폭풍우를 몰고 올 변화를 남편 몰래 감행하는데…

첫사랑 김은혜의 전화에 가슴이 철렁한 준상. 서진은 당황하는 준상의 모습이 의심스럽다. 강압적인 민혁의 교육방식에 반기를 든 승혜는 삼시 세끼 진수성찬으로 차렸던 민혁의 밥상에 달랑 ‘이것’만을 내놓는데... 주남대 척추 센터장의 자리가 결정되는 이 시점! 하필 준상이 죽어라 피해 다녔던 환자 ‘개구리’와 마주치며 준상은 뜻하지 않은 사건의 주인공이 된다.

태블릿 속 일기를 본 수임과 예빈은 전혀 알지 못했던 영재의 속마음에 충격을 받는다. 서진은 놀란 예빈에게 한가지 비밀을 들려 주는데… 한편, 양우의 허리 상태는 더욱 악화되고, 당연히 준상에게 수술 받아야 할 양우가 치영의 진료실을 기웃거린다? 영재 집의 비극이 주영과 관련이 있다고 생각한 수임은 본격적으로 취재를 시작하고, 서진은 그런 수임이 못마땅하고 불쾌하다.

수창이 주영을 어디론가 데려가자 심상치 않은 분위기에 걱정된 서진은 그들을 따라 나서는데… 전교회장선거에 혜나가 우주와 러닝메이트로 나와 속상해하는 예서가 마음에 걸린 서진은 어른들 자존심싸움으로까지 번진 이 선거에서 이기기 위해 묘안을 생각해 내는데… 승혜의 도움으로 주영을 찾아간 수임, 과연 수임은 주영을 만나 비극의 실마리를 찾을 수 있을까.

혜나는 엄마가 오랫동안 간직했던 비밀을 알게 되고 큰 충격에 빠진다. 그 후, 의도적으로 예서에게 다가가기 시작하는데… 예서전교회장당선파티를 열어 사람들을 초대한 서진. 당선파티는 명분일 뿐 본심은 이 자리에서 수임이 스카이캐슬을 배경으로 소설을 집필한다는 사실을 까발리는 것인데... 한편, 승혜는 회장양보의 딜을 통해 서진에게 받은 대가를 보고, 크게 분노하며 민혁에게 달려간다.

혜나(김보라 분)를 집에 들이라는 주영(김서형 분)의 제안에 의아하지만 이유가 있을 거라 생각한 서진(염정아 분). 하지만 예상대로 어마어마한 예서(김혜윤 분)의 반대에 부딪힌다. 수임(이태란 분)의 소설 집필을 반대하는 스카이캐슬 주민총회가 열리고, 수임은 사람들의 집단공격을 받는다. 그러던 중 폭로된 두 가지 진실은 사람들을 흥미롭게 만드는데… 한편, 준상(정준호 분)은 기조실장의 발판이 민혁(김병철 분)에게 있다는 걸 알고 민혁과 오월동주의 길을 걷게 된다.

결국 서진(염정아 분)은 혜나(김보라 분)를 예빈(이지원 분)의 입주과외 선생님으로 집에 들인다. 혜나는 럭셔리한 서진의 집을 보며 의미심장한 다짐을 하는데… 수임(이태란 분)은 소설을 써나갈수록 영재(송건희 분)네 이야기를 빼놓을 수 없게 되자 허락을 구하려 수창(유성주 분)을 찾아간다. 크리스마스가 찾아온 캐슬에 민혁(김병철 분)의 자랑거리 하버드생 첫째딸, 세리(박유나 분)가 온다! 딸바보 민혁의 입꼬리는 내려올 줄을 모르는데…

혜나(김보라 분)가 준상(정준호 분)의 딸임을 확인하고 충격에 온 몸이 부들부들 떨리는 서진(염정아 분)은 계획적으로 자신의 집에 들어왔다는 생각에 혜나가 두려워지기까지 하는데… 주영(김서형 분)이 의도적으로 자신에게 접근했다는 걸 눈치 챈 수임(이태란 분)은 슬쩍 주영을 떠보기로 한다. 엄마에게 잔뜩 혼난 수한(이유진 분)이 ‘태어나서 죄송합니다’말을 남겨놓고 사라져버리자, 진희(오나라 분)는 캐슬이 떠나가라 수한이를 찾아 헤맨다.

주영(김서형 분)의 머그샷을 보고 충격에 빠진 서진(염정아 분)은 도저히 믿을 수 없는 상황에 직접 주영을 찾아가 묻기로 한다. 세리(박유나 분)의 하버드 입학이 다 거짓이었다는 사실을 받아들이기 힘든 승혜(윤세아 분), 깊은 배신감에 몸부림이 쳐지지만 본인보다 민혁(김병철 분)이 이 사실을 알까 두렵기만 한데… 한 집에서 예서(김혜윤 분)와 혜나(김보라 분)의 갈등은 깊어지고, 중간에서 이러지도 저러지도 못하는 서진의 괴로움은 커져간다. 혜나를 집에 들이게 한 주영이 원망스러운데…

혜나(김보라 분)가 준상(정준호 분)의 딸임을 알고도 집으로 들이게 한 주영(김서형 분)을 이해할 수 없는 서진(염정아 분), 주영의 알 수 없는 속내에 폭발한다. 예서(김혜윤 분)가 점점 엄마인 서진보다 주영에게 의지하자 주영은 이 점을 교묘히 파고든다. 서진은 하는 수 없이 수임(이태란 분)에게 도움을 요청하는데… 결국 세리(박유나 분)의 진실을 알게 된 민혁(김병철 분), 큰 폭풍우가 불어 닥칠거라 예상했지만 의외로 침착하게 세리를 맞이하는데…?!

우주(강찬희 분)의 19살 생일파티가 열린 날 밤, 갑작스런 혜나(김보라 분)의 추락. 혜나는 대체 왜 떨어져야만 했을까. 세리(박유나 분)는 당당히 클럽 MD로서 자신의 삶을 살아가지만, 여전히 이런 세리를 못마땅해하는 민혁(김병철 분)때문에 매일이 끝나지 않은 전쟁이다. 간밤에 일어난 추락사건으로 SKY캐슬에는 아무도 반기지 않는 손님들이 들락거린다. 이에 네 부부는 한 자리에 모여 대책회의를 하는데…

혜나(김보라 분)의 죽음에 예서(김혜윤 분)가 관련돼있다는 주영(김서형 분)의 말에 가슴이 내려앉은 서진(염정아 분). 모정이냐, 양심이냐 고민은 깊어지고… ‘당신을 김혜나 살인사건의 용의자로 체포합니다.’ 가뜩이나 혜나의 죽음으로 힘들어하는 우주(강찬희 분)에게 더 큰 시련이 찾아 오는데… 괴로워하는 예서에게 힘이 되어 주는 건 주영뿐, 이에 서진은 뭔가 잘못되어 간다는 걸 깨닫지만 어찌할 도리가 없다.

혜나(김보라 분)가 자신의 친딸임을 알게 된 준상(정준호 분)은 자신의 지난 행동이 죽을 만큼 고통스럽고 원망스럽다. 서진(염정아 분)은 그간 주영(김서형 분)이 준 예상문제집이 학교에서 빼돌린 시험지임을 알게 되지만, 이는 곧 예서(김혜윤 분)의 미래와도 직결돼 두려워지는데… 초췌하기 이를 데 없는 구치소 안 우주(강찬희 분)의 모습에 진범을 찾고자 하는 수임(이태란 분)과 치영(최원영 분)의 마음은 커져만 간다.

혜나(김보라 분)의 죽음과 주영(김서형 분)이 관련돼있다는 서진(염정아 분)의 말을 듣고 분노한 준상(정준호 분)은 미친 듯이 주영을 찾아 가고, 큰 결심을 하게 되는데… 예서(김혜윤 분)는 예전처럼 주영을 의지하기가 어렵고, 마음 속 죄책감에 매일이 괴롭기만 하다. 여전히 변하지 않은 민혁(김병철 분)의 교육관에 지친 승혜(윤세아 분)는 가족들을 불러모아 초강수를 두는데…

서진(염정아 분)에게 신아고 3학년 1학기 중간고사 시험지를 건넨 주영(김서형 분), 서진의 내면적 갈등은 극도로 커져 간다. 집 나간 승혜(윤세아 분)와 아이들은 돌아오지 않고, 민혁(김병철 분)의 생활은 점점 엉망이 되어 간다. 민혁은 아이들을 찾아가지만 돌아온 건 충격적인 말뿐인데… 케이(조미녀 분)를 위한 요리를 마친 주영은 절대 들어가지 않았던 케이의 방에 들어가는데…