Kapitel 1: Der Priester Myoue lebt mit seiner Frau Koto und drei Kindern im Enzanji-Tempel in Kyoto. Die Leute finden die Familie unheimlich, deshalb entscheidet sich Myoue für ein Umzug in die Spiegelstadt.

Kapitel 2: Die Familie führt ein glückliches Leben, aber Koto hat einen Traum, in dem eine Katastrophe die Stadt ereilt, weshalb die beiden Eltern ihre Kinder zurücklassen.

Kapitel 3: Da ihre Eltern verschwunden sind, haben die Kinder die Stadt für sich. Eines Tages taucht ein Mädchen namens Koto auf.

Kapitel 4: In der Vergangenheit lebte Koto mit Inari zusammen, der für den Hohepriester des Schreins arbeitete und auch ihr Lehrer war.

Kapitel 5: Koto wird klar, dass Inari vielleicht ihr echter Vater und das schwarze Kaninchen aus dem Bild in Wirklichkeit ihre Mutter sein könnten, aber sie hält es geheim.

Kapitel 6: In der Spiegelstadt der Gegenwart vermutet der Rat der Drei, dass Kotos rote Augen ein Zeichen für die Rückkehr ihrer Mutter sein könnten.

Kapitel 7: Kurama, der Quasi-Herrscher der Spiegelstadt, erzählt Koto, dass das schwarze Kaninchen die Mutter von ihnen ist.

Kapitel 8: Kurama war schon in jungen Jahren geistig hochbegabt und voller Neugier, und liebte es, wenn sein Vater ihn für seine Erfindungen lobte. Er will herausfinden, was er außerhalb der Spiegelstadt tun kann.

Kapitel 9: Die Identitäten von Doktor Shouko und Fushimi werden enthüllt...

Kapitel 10: Die Bahnhofseröffnung, der Tag, an dem alle ihre nicht mehr benötigten Dinge loswerden, beginnt, und eine Tasse, die Yase der viel bedeutet, wird versehentlich weggeworfen.

Kapitel 11: Yase lebte ihr ganzes Leben umgeben von Dingen, die sie an ihre Mutter erinnern. Koto versucht, die Tasse wiederzufinden, aber...

Kapitel 12: Koto versucht, die Dinge zwischen Kurama und Yase in Ordnung zu bringen, und spürt zwischen den beiden eine Verbindung zu ihrer Mutter.

Kapitel 13: Myoue hat viele Treffen des Rats der Drei ausgelassen und ist verärgert, als er sieht, wie viel Spaß Koto hat während er von seinen Verantwortungen erdrückt wird.

Kapitel 14: Aber sein Zorn gilt in echt nicht ihr, sondern sich selbst und seinem Verhalten zu einer Zeit als er noch Yakushimaru genannt wurde.

Kapitel 15: Auf seinem Roller nimmt er Koto mit in die verbotene Zone und unterbreitet ihr einen Vorschlag.

Kapitel 16: Yakushimaru wurde von Priester Myoue aus den Flammen gerettet und wurde Teil der Familie, aber...

Kapitel 17: Als die Zeit verstrich, begann Myoue zu glauben, dass Koto in Wirklichkeit ihre jüngere Schwester sei. Aber als er Bilder von Inari sieht, ist er überrascht, wie wenig ihn dieser an den Priester erinnert, den er kannte.

Kapitel 18: Währenddessen bringen Kurama und Yase Koto dazu, gegen Bishamaru zu kämpfen, in der Hoffnung, die Energie des Hammers Aratama nutzen zu können, um ihre Mutter zu beschwören.

Kapitel 19: Koto bringt ihre Mutter von den Gründen des heiligen Schreins mit in die Spiegelstadt.

Kapitel 20: Die drei Geschwister genießen die Zeit mit ihrer Mutter, aber...

Kapitel 21: Koto versucht, ihre Mutter nach dem Geheimnis hinter ihrer Geburt zu fragen, aber stattdessen wird sie gebeten, ihren armen Vater zu retten. Da sie nicht weiß, was sie mit ihren Gefühlen machen soll, lässt sie sie an Myoue aus.

Eine Schockwelle und ein Asteroid treffen die Spiegelstadt, und die Menschen versuchen zu fliehen während die Stadt einstürzt. Dies alles wurde durch Kotos Verwendung des Aramata verursacht. Der Schrein- und der Hohepriester erscheinen, und die Wahrheit hinter der Stadt wird enthüllt... Koto droht, alles zu zerstören, falls nicht die Stadt und die Menschen gerettet werden.

Kotos Wunsch, die Wahrheit hinter der Spiegelstadt zu erfahren, bewegt Inari, und er beginnt ihr die Geheimnisse des Universums anzuvertrauen. Nachdem er fertig ist, ersticht er sie mit seinem Schwert. Die anderen sind schockiert. Kotos Aratama explodiert und die Welt wird zerstört. Myoue tritt Kurama und Yase inmitten des Schutts gegenüber. Er erwacht als der wahre Herrscher der Stadt, und rennt los, um den Untergang der Welt aufzuhalten.

Inari fragt Koto nach dem Grund seiner Existenz, und sagt ihr, sie soll weiterleben, denn er selbst werde bald verschwinden. Myoue und Koto nutzen ihre Gebetsperlen um die Stadt wiederherzustellen. Sie werden in den Himmel geschickt, wo sie Gott treffen, der ihnen sagt, sie sollen die neuen Herrscher der Spiegelstadt werden. Koto tritt auf den heiligen Gründen Inari gegenüber, um seine wahren Beweggründe und die Antwort auf alles herauszufinden.