鐘塔的君主之一，現代魔術科學部長—君主·艾梅洛二世，今天也帶著極富個人色彩的學生們學習。在課後的鐘塔會議結束後，他咒罵了這些每天都熱衷爭權奪利的君主們，卻被自己隨口說出的咒語反撲。隔天，與宿舍弟子格蕾外出時，目擊了最近經常出沒在自己住處的野貓，遭到車輛輾過。君主·艾梅洛二世察覺到有人企圖要他的命，開始帶著格蕾、費拉特、史賓追查犯人。

參加過冬木市第四次聖盃戰爭生存下來的少年——韋佛·維爾維特，在聖盃戰爭結束3年後，受恩師肯尼斯·艾梅洛·亞奇伯的義妹萊涅絲·艾梅洛·亞奇索特之邀，在亞奇索特宅邸內會面。萊涅絲對於韋佛不惜大量貸款，也要把艾梅洛教室買下來的行為感到非常有興趣……

萊涅絲為了一個棘手的案件來拜訪君主·艾梅洛二世，原來是二世以前的學生瑪麗·利爾·法果，她的父親突然驟逝，疑似遭人暗殺。二世帶著弟子格蕾造訪以天文魔術著稱的艾尼姆斯菲亞一族分支－法果家，發現瑪麗的父親阿涅斯特的遺體被分屍，並以不合邏輯的陳列方式四散家中。

君主·艾梅洛二世在課堂上情緒失控，讓特地來英國聽課的露維雅感到相當不滿，課後露維雅逼問格蕾之下才知道……鎮上咖啡廳的電路系統明顯遭人蓄意破壞，接著驅鼠公司的技師下落不明，君主·艾梅洛二世在調查途中負傷送醫，這時候就是弟子們大顯身手的時候了。

這些年來，君主·艾梅洛二世仍然掛心於聖盃戰爭，甚至拜託索非亞莉的當家布拉姆幫忙關說參戰名額，布拉姆提出了一個條件……媲美神殿力量的魔術工作室，接二連三的落雷意外讓法政科不得不出手干涉，所有的陰謀和嫌犯都被困在今晚的暴風雨中。

災禍連天的宅邸內又出現新的犧牲者，無論證據多麼的薄弱，化野仍然一口咬定凶手就是威爾斯，然而君主·艾梅洛二世嘗試新的方法召喚事件關係人，果然成功召喚出一名妖精，而凶手竟然是一個意想不到的人，而法政科誣陷威爾斯又是為了另一個目的。

難得格蕾主動找萊涅絲聊天，卻馬上被她猜中自己的來意。萊涅絲和格蕾來到大型百貨公司卡納克，購物途中遇到露維雅，露維雅表示三人難得相遇乾脆一起逛街。第一次體驗百貨公司購物的格蕾，被奢華的商場裝潢還有美麗的衣服弄得暈頭轉向。突然間，萊涅絲的魔眼一個刺痛，某個術式發動把三人關進魔術空間內。

君主·艾梅洛二世為了追查偷走聖遺物的犯人，根據犯人留下的邀請函，跟格蕾一行人搭上傳說中的魔眼收集列車——齊柏林列車。此行得知天體科艾寧姆斯菲亞家的千金小姐也參與這次的魔眼拍賣會，目標是最高等級的虹之魔眼……

受害者的死因相當不尋常，而且所有的手段都找不到犯人的線索，彷彿是透明人犯案一樣。另一方面，獅子劫和露維雅調查聖遺物被盜走的居室，發現居室周圍的結界沒有被破壞的痕跡……時時惦記著伊斯坎達爾的君主·艾梅洛二世，此時眼前出現一位女子向他宣戰。

列車員羅丹發現鐵軌被人竄改，列車被迫朝向死徒之森前進，並且困在裡面動彈不得。列車繼續受困的話，拍賣會很有可能被迫取消，極欲擺脫魔眼的卡拉博召集了願意協助的魔術師，準備對付有思考能力並且會獵食人類的魔物森林。

君主·艾梅洛二世陷入昏睡中。露維雅在瑪麗的闡述中，得知艾寧姆斯菲亞君主7年前曾經調查過聖盃戰爭……化野一口咬定卡拉博就是殺害特麗莎的凶手，傳喚案件新證人只見奧嘉瑪麗捧著一個大盒子走進車廂，打開後裡面竟然是……

為了奪回卡拉博的魔眼，面對來勢洶洶的競標對手，梅爾文使計讓拍賣會延長到午夜，讓君主·艾梅洛二世等人得到準備應戰的時間。獅子劫開車把史賓和費拉特從課外教學帶走，說有個工作要交給他們。拍賣會開始，稀有的魔眼喊價金額逐漸攀升，君主·艾梅洛二世突然中途喊停……

萊涅絲在獅子劫跟露維雅等人的幫助之下抵達魔眼蒐集列車，看見化野施法將卡雷斯緊緊捆住。覬覦聖盃戰爭利益、以及被過去回憶所糾纏的人們，全都聚集在這個拍賣會場裡。眼看戰爭一觸即發，此時從萊涅絲身後走出另一個卡雷斯，原來真兇一直假冒身份混在人群之中，他的真面目竟然是……

遇劫歸來的君主·艾梅洛二世與格蕾，躺在醫院裡療傷，包括卡雷斯等人埃爾梅羅教室的學生們分別去探望兩人。史賓在眾人祝福之下完成傳綬典位的儀式，儀式後的慶祝派對，每個人臉上洋溢著開心的笑容。酒過三巡，君主·艾梅洛二世最後不勝酒力回到書房，在迷迷濛濛的夢境中……

A letter is delivered to Lord El-Melloi II informing him of a Clock Tower reunion. One morning, as the reunion's date draws near, Lord El-Melloi II takes a look in the mirror and reels in shock. He is suddenly a full decade younger! Lord El-Melloi II has become Waver Velvet, his former self! Believing himself to be in the grip of a powerful, magically induced delusion, Lord El-Melloi II immediately begins investigating how this could have happened. On the day of the reunion, he makes his way to the gathering of his contemporaries, planning to confront whoever transformed his body and hoping to reveal their intentions. However, when Touko Aozaki arrives, things take a sudden turn...