時計塔の君主のひとりであり現代魔術科の学部長、ロード・エルメロイⅡ世は今日も個性豊かな生徒たちに向け授業を行う。

授業後に時計塔の会議を終えた彼は、権力闘争に明け暮れる君主たちに対して悪態をつくが、それによる呪詛返しを食らってしまう。

その翌日、内弟子のグレイとの移動中、最近自室に寄り付いている野良猫が車にはねられているのを目撃する。それがロード・エルメロイⅡ世の命を狙ってのことであると気付いた彼は、グレイ、フラット、スヴィンとともに犯人探しを開始する。

冬木で行われた第四次聖杯戦争に参加し生き残った少年、ウェイバー・ベルベット。聖杯戦争から3年後、彼は自身の師ケイネス・エルメロイ・アーチボルトの義妹、ライネス・エルメロイ・アーチゾルテから突然の招待を受ける。多数の借金をしてまでエルメロイ教室を買い取ったウェイバーに興味を持ったライネスは、彼にその理由を問い詰めるのだった。ウェイバーが渋々と語り出したのは、聖杯戦争後にバビロンを訪れた際の出来事。イスカンダルの最期を看取ったとも言われるその街で事件に巻き込まれた彼は、思いがけず級友メルヴィン・ウェインズとの再会を果たす。

ライネスとメルヴィンからロード・エルメロイⅡ世に持ちかけられた難題――それはかつての彼の教え子、メアリ・リル・ファーゴにまつわる事件だった。メアリは天体科を統べるアニムスフィア家の一門、ファーゴ家の一人娘。かつての恩師の力を必要としたメアリに応じ、ファーゴ邸を訪れたロード・エルメロイⅡ世とグレイが目にしたのは、メアリの父、アーネスト・ファーゴのバラバラ死体だった。天体科の伝統から外れ、現代魔術の様相を呈しているという犯行現場に対し、ロード・エルメロイⅡ世は解明に乗り出す。

教室で騒がしく繰り広げられるのはいつもの現代魔術科の光景と思いきやロード・エルメロイⅡ世の様子がおかしい。聴講に来たルヴィアがグレイにその理由を尋ねると、お気に入りの喫茶店が休業状態になったためだという。このままでは仕事が捗らないと喫茶店へ事情を聞きに向かったロード・エルメロイⅡ世だが、調査に入った地下水道で不気味な影に襲われてしまう。調査から一向に戻らない彼を心配したグレイは、フラットとスヴィンに助けを求める。

降霊科の重鎮、ウィルズ一級講師。彼の父トレヴァー卿は、荒野全域を魔術工房とするマーベリー工房を所有していた。しかし工房は暴走し、トレヴァー卿も含め多数の犠牲者が出てしまい、手の施しようがない状態に。聖杯戦争への参加のため、降霊科に協力を求めているロード・エルメロイⅡ世は、この一件の解決を仕方なく引き受ける。しかし、屋敷へとたどり着いた一行を待ち受けていたのは、時計塔内部の調査・執行を行う法政科の化野菱理だった――。

マーベリー工房での調査が進む中、落雷により新たな犠牲者が生まれてしまう。改めてこの事件の犯人が誰かで対立する、ロード・エルメロイⅡ世と化野菱理。ロード・エルメロイⅡ世は再捜査のため、ネクロマンサーである獅子劫界離に協力を求めるが、グレイと獅子劫は突如出現した獰猛な獣―ブラックドッグの強襲をうける。グレイの魔術礼装にブラックドッグが反応したのをきっかけに、ある結論を導き出したロード・エルメロイⅡ世。マーベリー工房に集った魔術師たちの力を借りて儀式の準備を開始する。

ある穏やかな日。グレイは一人、ライネスのもとへと足を運ぶ。二人はひょんなきっかけから伝統ある百貨店“カルナック”へショッピングに赴くことに。慣れない百貨店でのショッピングで、ライネスに翻弄されるがままのグレイ。さらに途中でルヴィアと偶然出会い、女子三人でのお茶会が始まり…。

ロード・エルメロイⅡ世のもとから盗まれた征服王イスカンダルの聖遺物。そこには代わりに、魔眼を商うといわれる列車――魔眼蒐集列車（レール・ツェッペリン）からの招待状が残されていた。ロード・エルメロイⅡ世とグレイはカウレスを伴い、魔眼蒐集列車へと向かう。そこには法政科の化野菱理、エルメロイ教室のイヴェット、天体科の君主（ロード）の娘オルガマリー・アースミレイト・アニムスフィア、さらには聖堂教会のカラボー・フランプトンといった錚々たる顔ぶれが揃っていた。様々な思惑とともに列車は発車する…。

魔眼蒐集列車（レール・ツェッペリン）の車中で、トリシャ・フェローズが何者かによって殺害される事件が発生する。事件の捜査に乗り出したロード・エルメロイⅡ世に対し、オルガマリーは魔術師らしからぬ彼の在り方に対して疑問を抱くのだった。その一方で、ライネスの命を受けた獅子劫とルヴィアは独自の捜査を進めていく。再び走り出した魔眼蒐集列車でロード・エルメロイⅡ世たちの前に突如現れた人物。圧倒的な力をもって2人に襲い掛かったのは、人類史に刻まれた英霊の具現化――サーヴァントで――。

深手を負ったロード・エルメロイⅡ世に懸命な治療をおこなう中、グレイたちはマスターの姿が見えないサーヴァントの存在に疑問を持つ。ロンドンで調査を進める獅子劫たちはジャンマリオ・スピネッラのもとを訪れ、7年前に起きた連続殺人事件について尋ねる。休息も束の間、進路に異常が発生した魔眼蒐集列車（レール・ツェッペリン）は死徒の森――腑海林（アインナッシュ）の仔へと突入する。ロード・エルメロイⅡ世の衰弱を案じるグレイは、列車を動かすために行動するカラボーたちへの助力を決意する。さらに噂を聞いて魔眼蒐集列車へと駆け付けたメルヴィンもその一行に加わるのだった。グレイへの協力を拒否し一人立てこもったオルガマリーは、自室にて“あるもの”を発見する。

腑海林（アインナッシュ）の仔の中で激突する、グレイとサーヴァント――へファイスティオン。しかし雪崩に巻き込まれ、休戦を余儀なくされてしまう。一時的に矛を収める中で二人は主従の関係について、互いの在り方を語るのだった。獅子劫とルヴィアは、トリシャが7年前の連続殺人と聖杯戦争について調べていたことを突き止め、魔眼蒐集列車（レール・ツェッペリン）との繋がりを見出していく。様々な思惑が絡み合う中、魔眼蒐集列車ではロード・エルメロイⅡ世に代わって化野が自身の推理を開陳し――。

化野の推理が展開されていく中、復活を遂げたロード・エルメロイⅡ世。グレイの証言からトリシャ殺害の真犯人の糸口を見出した彼は、メルヴィンに魔眼オークションの開始を遅らせる依頼をする。その目的はオルガマリーに協力を要請し、化野の推理を覆す決定的な証拠を掴むことだった。一方ロンドンでは獅子劫がフラットとスヴィンを集め、とある準備を進めていた。各々が思案を巡らせる中、運命の魔眼オークションが遂に始まる――。

犯人として突如拘束されたのは、カウレス・フォルヴェッジ。魔眼オークションを中断し推理を披露するロード・エルメロイII世のもとに、ロンドンにいたはずのライネスも駆け付ける。彼女が連れてきたのはカウレス・フォルヴェッジ本人で、ここまで魔眼蒐集列車で同行していたのは真犯人が化けていた偽のカウレスだった。かくしてロード・エルメロイII世の口から語られる真犯人の名前。それは先代の現代魔術科学部長、『妖精に心臓を盗まれた男』と言われたその人で――。

魔眼蒐集列車の事件から数日後。現代魔術科ではスヴィンの典位（プライド）昇格の儀式が厳かに行われていた。10代の若さで典位への昇格を成し遂げた教え子の姿を、ロード・エルメロイⅡ世も万感の思いで見つめる。一方グレイは、ロード・エルメロイⅡ世が聖杯戦争への参加のため、遠く旅立ってしまうのではないかという不安を拭いきれずにいた。そんな中、クリスマスが迫り賑やかさを増す街中でメルヴィンと出会う。

ロード・エルメロイⅡ世の元に届いた一通の手紙――それは、かつての時計塔の同窓会の報せだった。

だが開催日が近づくある朝、ロード・エルメロイⅡ世は、鏡に映る自分の姿に驚愕する。

身体が10年前のウェイバー・ベルベットの姿に戻っていたのだ。

高度な幻術によるものと推測したロード・エルメロイⅡ世は、自分の身に起きた異変を解明するために調査を進める。

そして同窓会当日、同期たちで賑わう会場へと足を運び、この変身を引き起こした人物とその目的を解き明かす。

しかし事態は、蒼崎橙子の登場によって思わぬ方向へと進んでいくのだった――。