4世紀末，從星際艦隊退役14年的尚路克·畢凱（派崔克·史都華爵士飾）在他的葡萄莊園過著平靜生活。一名神祕年輕女子達姬（伊莎·布里歐內斯飾）突然找上門，向他求助。他很快發現，這名女子可能跟他的過去有著特殊連結。

畢凱開始調查達姬的身世之謎，以及她對星際聯邦的意義。畢凱失去星際艦隊的支持，只能仰賴其他人的幫助，包括艾格妮絲·朱拉蒂博士（艾莉森·皮爾飾）和與他不睦的前同事拉菲·穆斯卡（蜜雪兒·赫德飾）。畢凱為了達姬追尋真相的同時，敵人也在暗處伺機而動。

索姬完全不知道自己的特殊性，她繼續她的工作，並吸引了博格方塊研究專案執行主任的注意。在與不情願的拉菲重溫過去的事件後，畢凱尋找其他願意加入他對布魯斯麥道進行搜查的人，包括飛行員和前星際艦隊的軍官克里斯里歐斯（聖地牙哥卡布瑞拉）。

原定前往自由雲的一行人，奉畢凱的命令，繞道去瓦實提星。原來14年前，畢凱和拉菲將一批羅穆蘭難民安置在那裡。抵達瓦實提後，畢凱和安置期間結識的好友—羅穆蘭年輕人艾爾諾（伊凡·伊瓦戈拉飾）重逢。同時，納瑞克繼續嘗試挖掘索姬的秘密，但娜莉莎認為他進展緩慢，因此愈來愈沒耐心。

為了尋找布魯斯麥道，海妖號船員們在自由雲展開驚險刺激的探險。他們發現麥道深陷險境，這時，一個熟面孔伸出她的援手。

畢凱和船員為了尋找索姬而來到位於羅穆蘭領地的博格方塊，讓畢凱又想起不愉快的回憶。而納瑞克認為自己終於找到能安全地從索姬身上套出情報的方法。

畢凱和索姬來到尼彭特星，因為有些可靠的老朋友住在這裡。海妖號的其他成員試圖來此地跟他們會合，畢凱則幫助索姬理解最近才解開的回憶之謎。留在博格方塊上的休和艾爾諾則得正面迎戰憤怒的娜莉莎。

火星襲擊事件的可怕真相浮出水面，畢凱才瞭解有些人會不擇手段地保護世代流傳的秘密。而海妖號的船員們也在努力地揭開被埋葬的過去，吐露自己的心聲。娜莉莎派守衛去追捕艾爾諾，在博格方塊上引發一連串出乎意料的事件。

畢凱和船員們使用一種非傳統的危險傳輸方式，終於抵達索姬的故鄉柯貝留斯。然而，更大的危機隨他們而來，因為羅穆蘭戰鳥艦隊緊追在後。船員們也越來越瞭解這顆行星的居民。

在人造人的家鄉柯貝留斯，畢凱率領船員與羅穆蘭人展開最終對決，人造人則不計代價地保護自己生存的權利。