24세기 말, 스타플릿에서 은퇴한 지 14년이 지난 장 뤽 피카드(패트릭 스튜어트 경)는 그의 포도밭에서 평온한 삶은 살고 있다. 하지만 신비로운 젊은 여자, 다지(아이사 브리온스)가 그를 찾아와 도움을 요청하자, 지난 과거와 개인적으로 연결되어 있을지 모른다는 걸 깨닫는다.

피카드는 다지의 죽음과 관련된 수수께끼와 그녀가 연방에 어떻게 관련되어 있는지 조사한다. 스타플릿의 지원을 받지 못한 피카드는 애그니스 쥬라티(앨리슨 필)와 서운한 감정이 남아있는 예전 동료, 라피(미셸 허드)와 같은 이들의 도움을 받아야 한다. 한편, 어둠 속의 적들도 다지에 관한 진실을 찾는 피카드의 탐험에 관심이 있다.

자신의 특별한 정체를 전혀 모르는 소지는 일을 계속하고 보그 큐브 연구 프로젝트 책임자의 눈에 띈다. 피카드는 주저하는 라피와 과거의 일을 떠올리고, 예전 스타플릿 장교였던 조종사, 크리스토발 리오스(산티아고 카브레라) 등 브루스 매덕스를 찾는 여정을 함께할 이들을 찾는다.

바시티 행성에 들르라는 피카드의 명령으로 프리클라우드로 향하던 여정은 경로를 바꾼다. 바시티는 피카드와 라피가 로물루스 난민들을 14년 전에 이주시킨 곳이다. 도착하자마자 피카드는 이주 당시 친했던 젊은 로물루스 청년, 엘노어(에번 에바고라)를 만난다. 한편, 나렉은 소지에 관해 더 많은 걸 알아내려 시도하지만 나리사는 성과가 없다며 조바심을 낸다.

라시레나호의 승무원들은 프리클라우드에서 브루스 매덕스를 찾는 예측 불허의 생생한 모험을 시작한다. 매덕스가 위태로운 상황에 부닥친 걸 알게 되었을 때, 친숙한 인물이 돕겠다고 나선다.

로물루스 영역에 있는 보그 큐브로 피카드와 승무원들은 소지를 찾아가고, 피카드는 악몽 같은 과거의 기억을 떠올린다. 한편, 나렉은 소지를 이용해 정보를 얻을 방법을 찾아낸다.

피카드와 소지는 신뢰할 수 있는 옛친구들이 사는 네펜세 행성으로 이동한다. 라시레나호에 남은 승무원들이 그들에게 가려고 애쓰는 동안, 피카드는 소지가 최근에 찾아낸 기억을 이해하도록 도와준다. 한편, 휴와 엘노어는 보그 큐브에 남겨지고 분노한 나리사와 맞서 싸워야 한다.

화성 공격에 관한 충격적인 진실이 밝혀지고, 라시레나호의 승무원들이 비밀을 파헤치고 자신의 과거를 드러내는 동안 피카드는 세대에 걸쳐 많은 이들이 비밀을 지키기 위해 어떠한 짓이든 서슴치 않았다는 것을 알게 된다. 나리사가 부하들에게 엘노어를 체포하라고 명령하지만, 보그 큐브에서는 예상치 못한 사건이 전개된다.

특이하면서도 위험한 경로를 통해 피카드와 승무원들은 마침내 소지의 고향, 코펠리우스에 도착한다. 하지만 로물루스인들의 전투선이 그들 뒤를 쫓고, 예상했던 것보다 훨씬 더 큰 위험이 그 행성의 거주민들에게 닥친다.

인조인간들의 고향인 코펠리우스에서 피카드와 그의 팀은 로물루스인들과 마지막으로 충돌하고, 인조인간들은 어떻게든 자신들의 존재를 지키려고 한다.

스타플릿은 이전 동료들인 크리스 리오스, 아니카 한센 대통령, 라피, 쥬라티 등이 은하계를 위협하는 이상 징후를 발견하고 다시 한번 전설적인 장 뤽 피카드를 불러들여야 한다.

피카드는 자신이 엇갈린 시간대의 2024년으로 보내졌고, 여기서 오랜 앙숙, 큐가 마지막 '시험'을 계획하고 있다는 사실을 알게 된다. 피카드는 반이상향 미래의 원인을 찾기 위해 믿을 만한 동료를 찾는다.

피카드와 선원들은 2024년 로스앤젤레스로 돌아가 엇갈린 시간의 실마리를 푸는데 도움을 줄 수 있는 '감시자'를 찾는다. 세븐, 라피, 리오스는 400년 전의 낯선 세상에서 모험을 즐기는 가운데, 피카드와 쥬라티는 위험하면서도 예상 밖인 협력자를 만나 정보를 얻으려 한다.

미래를 구할 시간이 점점 사라지는 가운데, 피카드는 위기를 인지하고 오랜 친구의 도움을 찾는다. 이 와중에 리오스는 잘못된 길로 빠지게 되고, 쥬라티는 보그 여왕과 거래를 한다.

피카드는 한 인물을 만나 그의 과거가 시간을 엇갈리게 하는 데 중요한 역할을 한 것을 알게된다. 큐는 계속 시간을 조작하고 있는 가운데, 애덤 숭 박사의 관심을 끌게 된다. 세븐과 라피는 리오스 구출을 위해 과감한 도전을 하고, 쥬라티는 보그 여왕과의 거래로 인한 결과물을 맞이한다.

탈린의 도움으로 피카드와 선원들은 합동 우주 임무 전날 밤 갈라에 침입한다. 이들이 엇갈린 시간을 되돌릴 수 있는 우주 비행사 중 한 명인 르네 피카드를 지키기 위함이다. 코레는 르네의 아버지의 업적에 대한 놀라운 발견을 하게 된다.

탈린은 피카드의 잠재의식으로 들어가 혼수 상태에서 깨우는 동시에 가장 어두운 비밀이자 두려움을 맞서게 도와준다. 세븐과 라피는 이들을 내적 괴물에 대한 두려움으로 무릎을 꿇게 한 쥬라티를 찾아나선다. 리오스는 테레사에게서 자신의 정체에 대한 진실을 들키지 않게 하기 위해 힘쓴다.

유로파 임무 발사 시간은 점점 가다오는 가운데, 피카드와 가이난은 어서 FBI 감시에서 벗어나야 한다. 세븐과 라피는 쥬라티, 그리고 그녀가 가져올 공포와 마주하게 된다.

피카드와 선원들은 새 육신을 가진 오래된 적에게 공격을 당하면서 목숨을 걸고 싸운다. 하지만 생존을 위해 피카드는 먼저 그의 과거 유령과 맞이해야 한다. 세븐과 라피는 쥬라티와의 마지막 승부를 가진다.

유로파 임무까지 몇 시간 남지 않은 가운데, 피카드와 선원들은 미래를 구하기 위해 시간에 맞서는 자신들을 발견한다.