Depuis le décès de sa mère, Tohru Honda vit dans une tente. Sans le savoir, elle se trouve sur le terrain de Shigure Soma, l'oncle d'un garçon de son école, Yuki, dont la famille vit avec un lourd secret.

Le nouvel an approche. Alors que Shigure, Yuki et Kyo doivent aller à la résidence principale pour l'occasion, Tohru se prépare à passer son premier réveillon seule.

À l'occasion d'une course d'endurance au lycée, Kyo met au défi Yuki. Bien que celui-ci soit malade, il décide de la faire malgré tout. Sur le chemin, Yuki et Tohru croise Hatsuharu Soma.

Kazuma, le maître de Kyo et professeur de Karaté de la famille Soma, rend visite à son disciple. Mais la joie des retrouvailles disparaît quand Kazuma décide de révéler le secret de Kyo devant Tohru.

Le lendemain de la révélation sur la véritable forme de la malédiction du chat, Kazuma décide de partir de la maison de Shigure sans le dire à Kyo, mais ce dernier a quelque chose à lui avouer. Yuki semble triste et Tohru s'inquiète.

Il reste peu de temps avant le début des vacances d'été. Mokoto, la présidente du fan club de Yuki, est déterminée à savoir qui va travailler avec lui au sein du bureau des élèves. Yuki fait la connaissance de Machi Kuragi, trésorière du BDE, et Kakeru Manabe, son vice président.

Momiji a décidé que Tohru et une partie de la famille Sohma devaient passer quelques jours dans une des résidences secondaires de la famille au bord de la plage. Lors de la première journée, tout se passe plutôt bien jusqu'à ce que Kisa et Hiro se disputent. Shigure manigance quelque chose depuis chez lui.

Le groupe se réjouit du fait que la mère de Hiro est enceinte. Shigure arrive et leur apprend la venue de Akito, qui est bien décidé à troubler leur séjour et éloigner Tohru des Soma, plus particulièrement de Yuki pour qu'il lui revienne enfin.

Alors que Kagura tente de la convaincre de rejoindre les autres Sohma à la résidence secondaire, Rin décide de quitter sa maison. La mère de Kagura refuse que sa fille y aille, du fait de la présence d'Akito. Ce dernier cherche à voir de plus en plus les Sohma, sauf Kyo, qui passe ses journées avec Tohru à la plage. Tohru finit par rencontrer un autre membre des douze par un parfait hasard.

Ce sont les derniers jours à la résidence secondare des Sohma. Akito est contraint de rentrer avant les autres pour une raison inconnue et décide de rendre visite à Torhu pour lui annoncer de nombreuses choses…

Le grand-père de Tohru est à l'hôpital. Pendant ce temps, Yuki part à la recherche d'Isuzu pour comprendre ce qui la motive.

Tohru ayant réalisé que l'homme pour lequel Arisa a des sentiments pourraient être Kureno Sohma, elle décide de s'introduire dans la résidence principale pour lui parler. Elle y croise alors la petite soeur de Momiji, qui l'observe secrètement.

La classe de Tohru part en voyage scolaire dans la ville de Kyoto.

Après avoir fait un malaise, Isuzu passe la nuit dans la maison de Shigure, donnant la possibilité à Tohru de mieux la connaître.

Yuki réalise la nature de ses sentiments envers Tohru. Pendant ce temps, les répétitions de la classe pour la pièce de Cendrillon sont chaotiques.

Le jour du festival est arrivé. La classe présente leur version de la pièce de Cendrillon, très loin de l'histoire originale.

Momiji a donné à Kureno le cadeau de Tohru. Il finit par le regarder et décide de lui avouer le secret que Akito lui a demandé de garder à tout prix : sa malédiction a été levée il y a plusieurs années. Il lui raconte également des souvenirs de son adolescence et la raison pour laquelle il est toujours lié à Akito.

Kureno raconte à Tohru tout ce qui le lie à Akito et qui l'empêche ainsi d'être avec Arisa. Pendant ce temps, Akito aperçoit Ren avec Hatori.

Tohru ne sait pas si elle doit révéler ce qu'elle a découvert aux autres ou si elle doit garder ça pour elle. Pendant ce temps, le lycée Kaibara prépare la cérémonie de remise des diplômes.

Machi est la cible d'une terrible rumeur, tandis que les élèves de terminale font tout pour déclarer leur flamme avant la cérémonie de remise des diplômes.

Tout le monde s'inquiète pour Isuzu, en particulier Hatsuharu. Kureno quant à lui, fait une découverte qui risque d'ébranler la famille Soma.

Momiji a beaucoup grandi entre la seconde et la première, mais son entourage a l'impression que ce n'est pas le seul changement qu'il a subi...

C'est bientôt l'anniversaire de la mort de Kyoko. L'occasion pour Kyo d'en apprendre davantage sur le passé de Tohru.

Ren décide de tout faire pour récupérer la boîte qu'Akito cachait si bien, mais tout ne pas se passer comme prévu...

Kyô révèle une partie de son passé que Tohru ignorait. Cela risque de changer le regard qu'elle porte sur lui.

Arisa et Hana font la connaissance d'Akito, tandis que Yuki s'efforce à faire ouvrir les yeux de Kyô. Chacun décide ensuite quel chemin est le mieux à emprunter.

Kyô parvient enfin à rattraper Tohru pour mettre les choses au clair avec elle. Tohru nous révèle aussi comment la divinité en est venue à se lier avec les animaux du zodiaque.

Yuki part rejoindre Machi suite à son appel, et Akito décide de réunir tous les signes du zodiaque pour faire une annonce importante.

Tohru et tous les Soma se préparent à prendre des chemins différents et à vivre un nouveau chapitre de leur vie.