科學少年·千空天生擁有超人的頭腦，其好友·大樹，性格直率並以其體力而自豪。一直暗戀著青梅竹馬槓的大樹，在千空打趣下終於打算向槓傳達自己的感情。但是突然間，天空被耀眼的光線覆蓋，世界上的人類在一瞬間全部「石化」的謎一般的現象發生了。此後約3700年後——在文明全部消失的「石之世界」中，從石化中解放出來的千空和大樹再度重逢，發誓要從零開始創造文明。