L'humanité tout entière a été pétrifiée, et les causes sont pour le moment inconnues. Heureusement, Senku et Taiju, deux lycéens, se réveillent 3 700 ans plus tard et comptent recréer la civilisation de zéro. De plus, il faut impérativement sauver Yuzuriha !

La ligne d'arrivée n'est plus très loin, le royaume de la science aura bientôt fabriqué un portable ! Senku répartit à nouveau habilement les tâches entre plusieurs équipes pour optimiser le travail.

Grâce à l'aide des villageois, Senku achève la fabrication de son arme stratégique contre Tsukasa : le téléphone portable ! C'est alors que Senku apprend, grâce à la prêtresse Ruri, l'existence d'un message venu d'un autre temps…