クラスメイトと共に異世界へ召喚された“いじめられっ子”の少年・南雲ハジメはクラスメイトの裏切りにより、迷宮の奈落へ突き落とされてしまう。奈落に潜む魔物に襲われ、必死に逃げるハジメ。しかし、錬成師という地味な能力では太刀打ちできるはずもなく、重傷を負ってしまう。異世界でも最弱の彼は心身共に絶望の淵に立たされ――。

「邪魔するものは誰であろうと必ず殺す」――生きて帰るため、そう誓ったハジメ。変貌を遂げ、強化された能力で錬成した武器・ドンナーを使って、次々と魔物を倒しては喰らい、自らをさらに強化していく。一方、香織はハジメを失った現実を受け入れられないでいた。そして、迷宮を突き進むハジメは、異様な雰囲気を持つ扉を見つける。

運命的な出会いを果たしたハジメと吸血鬼の少女・ユエ。突如魔物の強襲を受ける二人だが、ハジメの強化された力とユエの吸血鬼の力を合わせて退ける。お互い“裏切られた”者同士、信頼を築き始める二人。そして、地上への道が迷宮の最深部にある可能性をユエから教えられたハジメは、さらに迷宮の奥へと進んでいく。

ついにオルクス大迷宮の最深部・100階層に到達したハジメとユエ。そこで待ち受けていたのは、六つの頭と長い首を持つ巨大な魔物・ヒュドラだった。二人の卓越した実力をもってしても、苦戦を強いられるほどの強さをもつヒュドラ。加速する激闘の中、ハジメはヒュドラの不意を突いた攻撃からユエを庇い――。

ヒュドラとの戦いで気を失ったハジメは、見知らぬ場所で目を覚ます。ユエに尋ねると、戦闘後、「反逆者の住処」と呼ばれる場所への扉が開いたのだという。二人は地上への道を探すため、辺りを散策し始める。一方、訓練を経て強くなった香織たちは、ハジメを失ったオルクス大迷宮65階層に到達し――。

オルクス大迷宮からユエと共に地上へ帰還したハジメ。しかし、喜びも束の間、何やらワケありな兎人族の少女・シアと出会い、一族の危機を救ってほしいと依頼される。次の大迷宮攻略のヒントになると考えたハジメたちは彼女の依頼を受けることに。一行はシアの故郷・ハルツィナ樹海へ向かうことになったのだが――。

新たにシアを仲間に加えたハジメたちは、迷宮があると噂されるライセン大峡谷を訪れる。偶然にも迷宮の入り口を発見し、攻略に挑むハジメたち。しかし、かなり曲者な迷宮の主、ミレディ・ライセンが仕掛けたトラップに苦しめられてしまう。数々の罠を潜り抜けた先でハジメたちを待ち受けていたものは――。

ライセン大峡谷の迷宮を攻略したハジメたちは、商業都市フューレンを訪れる。街の冒険者ギルドから、北の山脈地帯で行方不明となった冒険者の捜索を依頼されたハジメ。一行は捜索に向かう途中、湖畔の町・ウルに立ち寄る。そこでハジメはオルクス大迷宮で離ればなれとなったクラスメイトたちと予期せぬ再会を果たす。

冒険者捜索のため、クラスメイトや愛子先生と行動を共にすることになったハジメたち。一行は、ギルドの情報をもとに北の山脈地帯に向かう。ハジメたちはそこで魔物による破壊の跡と、かろうじて生き延びていた冒険者ウィルを発見する。話を聞くと、漆黒の竜に襲われたという。その日の夜、ハジメたちの前に巨大な黒竜が現れ――。

美しき竜人族の女性・ティオから、ハジメたちはウルの町が魔物の大群に襲われる危機にあることを知らされる。魔物と戦う準備に取り掛かるハジメは、その仕上げとして、住民たちの前で愛子を豊穣の女神として祀り上げる。戸惑う愛子であったが、住民たちの士気は高まっていく。そして遂に、魔物の群れとの戦いが始まる。

魔物の大群に勝利したハジメたちは、ウィルを送り届けるため、フューレンの街に帰還する。愛子を救ったシアへのお礼も兼ねて、ハジメは二人でフューレンの観光区へデートすることに。デートの途中、地下から人の気配を感知したハジメは、シアと下水道を調べてみることに。そこには薄汚れた海人族の女の子・ミュウがいて――。

ミュウを救ったハジメたちはイルワの手紙を届けるため、宿場町ホルアドのギルドを訪ねる。そこへ、必死な形相をしたクラスメイトの遠藤浩介が現れる。遠藤は迷宮で魔人族に襲われた仲間たちを救うため、助けを呼びに地上へ戻ってきたのだという。ハジメは実力を知った遠藤に、協力を求められるが――。

女魔人族・カトレアに苦戦する香織たちの前に姿を現した白髪眼帯の少年。それはかつて迷宮の奈落に落ちて死んだと思われていたクラスメイト・南雲ハジメだった。それぞれのクラスメイトがさまざまな感情を抱くなか、かつて無能の烙印を押されたハジメが圧倒的な力で魔物たちを蹂躙していく――。

新たに香織を仲間に迎え、オルクス大迷宮をあとにしたハジメたちは、次の目的地を目指して果てしなく続くグリューエン大砂漠を突き進んでいた。その道中、多数の凶悪な魔物にハジメたちは襲われてしまうが……。

砂漠に倒れていたビィズから、魔力暴走で人々が倒れているという話を聞いたハジメたち。原因はアンカジ公国にあるオアシスの水の汚染だった。ハジメたちは清涼な水を確保し、倒れた人々に応急処置を行う。そして大迷宮攻略と魔力の暴走を抑える静因石を求め、グリューエン大火山へと向かうのであった。

灼熱のグリューエン大火山の大迷宮で順調に攻略を進めていた一行だったが、上空からいきなり降り注いだ極光にハジメが飲み込まれてしまう。瀕死のハジメを抱えるユエたちにも追撃は止まらない。ハジメたちをも脅かす最強の敵とは――

魔人族フリードの猛攻撃に耐え抜いたハジメから、ティオは静因石の入った宝物庫の指輪を託された。治療にあたる香織と合流するためアンカジ公国へと飛び立つ。一方、噴火する大火山の中に取り残されたハジメは、ここから脱出するための秘策を明らかにし――

魔人族フリードの猛攻撃に耐え抜いたハジメから、ティオは静因石の入った宝物庫の指輪を託された。治療にあたる香織と合流するためアンカジ公国へと飛び立つ。一方、噴火する大火山の中に取り残されたハジメは、ここから脱出するための秘策を明らかにし――

メルジーネ海底遺跡を攻略中に、他のメンバーと離れ離れになってしまったハジメと香織。自分の力不足やハジメに対する気持ちに自信を喪失していた香織は、これからも一緒に行動するか否かをハジメに問われていた。一方、王都では不穏な気配が動き始めていて――。

メルジーネ海底遺跡を攻略したハジメたちは、ミュウとの別れを惜しみ、次なる目的地へなかなか出発できずにいた。他のメンバーに見守られながら、ハジメは旅立ちをミュウに伝えようとする。一方、王都にいるリリアーナは王宮の人々の異変に気づき――。

愛子は神山の塔に囚われ、フリード率いる魔人族も大きく動き出していた。そして警備が手薄となった王都では、メルドが虚ろな表情を浮かべたホセと裏切った檜山に襲われ、深手を負わされてしまう。忍び寄る謎の影にハジメたちは気づくことができるのか――。

リリアーナから王都で起きている出来事を聞いたハジメは、神山に囚われている愛子のもとへ急ぐ。そこに現れたのは、神の使徒・ノイントであった。リリアーナとともにユエたちが向かった王都では大結界が破られ、魔人族と魔族の大軍が進軍を始めているところだった。

ハジメとノイントの戦いが始まり、彼女から神・エヒトの望みが語られる。人々を駒としか見ていないエヒトは、盤上をかき乱すイレギュラーであるハジメの死を望んでいたのであった。絶大な力を持つ大いなる存在にハジメは抗うことができるのか――？

神山でのノイントとの戦いを終え、大迷宮の攻略を果たしたハジメは、魔人族の侵攻を受ける王都へと向かう。その王都では、すでに恵里の降霊術によって操られた人々にクラスメイト達が包囲されていた。恵里が裏切った真相とは――。

王都での一連の騒動は、光輝を手に入れるために魔人族と手を組んだ恵里の仕業であった。王都に侵攻した魔人族を退けたハジメは、香織を蘇生させるべく神山に向かい――。