Astrophysicienne à l’Institut de radioastronomie millimétrique, le docteur Catherine Durand intercepte une transmission venue d’une autre galaxie, faisant ainsi la preuve de l’existence d’une vie extraterrestre intelligente. Dès lors, le monde vit suspendu, dans l’attente d’un premier contact.

Après la dévastatrice attaque extraterrestre, il ne reste que quelques poignées de rescapés qui comprennent rapidement qu’ils doivent mettre leurs différences de côté s’ils veulent survivre. A présent, la menace est omniprésente. Mais qui sont ces assaillants et que signifie cette soif de destruction ?

Catherine découvre avec effroi le rôle qu’elle a joué dans cette attaque alien. Helen et Bill partent à la recherche de leur fils Dan. De son côté, Emily recouvre momentanément la vue. Ce miracle doit-il être considéré comme une chance ou n’est-ce pas plutôt une malédiction ?

Le colonel Mokrani se résout à mener une attaque contre les aliens. De son côté, Ash se retrouve face à un cruel dilemme. Il doit prendre une décision difficile. Pendant ce temps, Chloé est rattrapée par son passé qui menace l'apparente normalité à laquelle elle s'accroche. En vain. Mais sauver les apparences ne semble plus être une option envisageable pour la jeune femme.

Catherine parvient à repérer le signal d'un vaisseau qui a atterri près de l'Observatoire. Elle se rend sur place en compagnie du colonel Mokrani et de ses soldats. Pendant ce temps, Bill et Helen rejoignent un petit groupe de survivants, emmené par Ash et Kariem. Bill a ramené le cadavre d'un alien. Le scientifique cherche du matériel afin de pouvoir l'examiner avec précision.

Emily semble de plus en plus connectée aux créatures extraterrestres. Elle reste la seule personne à pouvoir les approcher sans être attaquée. Depuis la disparition tragique de Noah, le comportement de Sacha a changé. Sa mère croit comprendre qu'il dissimule un lourd secret. De son côté, Bill met au jour une découverte stupéfiante concernant l'ADN des aliens.

Catherine est heureuse d'avoir retrouvé sa petite soeur, Sophia, qu'elle croyait morte. La jeune femme est parvenue à survivre en compagnie d'un groupe de réfugiés dans les montagnes. De son côté, Emily a pris le parti de savourer son bonheur d'avoir recouvré la vue. Pendant ce temps, les relations se tendent entre Jonathan et Sacha. L'adolescent ne supporte pas les questions au sujet de son père.

Le colonel Mokrani et Catherine organisent une expédition pour aller sauver le groupe de survivants qui accompagnait Sophia et qui se cache en ville. De son côté, Emily cherche à communiquer avec les extraterrestres ; en vain. L'adolescente demeure la seule à pouvoir les approcher sans risquer de se faire tuer. De son côté, Sacha avoue à sa mère la vérité sur la mort de son père.

Londres, quatre mois après l’attaque. Les survivants organisent la Résistance. Bill poursuit ses recherches sur les aliens et comprend que leur ADN est humain mais que leurs organes souffrent de dégénérescence. Accompagné de Chloé et de Sacha, Jonathan, lui, continue de chercher sa famille. Dans un vaisseau déserté, Tom retrouve sa sœur Emily disparue depuis plusieurs mois. Parallèlement en France, un alien dissident grièvement blessé, parvient jusqu’à l’Observatoire.

A l’Observatoire, Mokrani et Catherine s’affrontent sur le sort à réserver à Micah, que Catherine considère comme une source d’informations capitale. Micah révèle à Catherine qu’elle doit trouver Bill Ward. Ce dernier, de son côté, tente d’en savoir plus sur Emily, toujours assaillie de visions d’Adina, la chef des aliens lui enjoignant de tuer Bill.

Sans rien dire à Emily, ni à ses parents, Bill décide avec Zoé de tester sur Emily l’arme biologique qu’il espère pouvoir utiliser contre les Aliens. Catherine, de son côté, gère difficilement son chagrin depuis la mort de Mokrani. Elle n’a, à présent, plus qu’une chose en tête : découvrir qui est Bill Ward et le retrouver. Sophia est prête à l’aider, mais Nathan hésite.

Catherine, Nathan et Sophia font route vers Londres, en compagnie de Victor, survivant rencontré par hasard. En chemin, les dangers se multiplient. Les sentiments de Sacha envers Emily s’intensifient et le comportement du jeune homme devient de plus en plus inquiétant. Se sentant particulièrement menacé, Bill est contraint de prendre la fuite.

Bill rejoint le groupe militaire formé par Ethan, Dominic et Michael. Les trois hommes tiennent une jeune alien en otage, Isla. Catherine, Sophia et Nathan continuent de chercher Bill. Adina, et les Aliens eux aussi se sont, lancés à la recherche de Bill. Chloé accuse le coup lorsqu’elle comprend que Sacha a tué Ash. Elle propose à son fils, de plus en plus instable, de fuir avec elle.

A l’université, Sophia visionne les vidéos enregistrées par Dylan, qu’ils ont retrouvé mort, tandis que Catherine se concentre sur les algorithmes qu’il a laissés et qui décryptent le comportement des créatures. Grâce à l’intervention de Bill, Isla se remet peu à peu des violences infligées par Dominic. De leur côté, Jonathan et Tom se font piéger par des extraterrestres.

Emily consent à aider Bill à tester le virus sur elle, mais subit bientôt de graves effets secondaires. Sacha qui a suivi secrètement le groupe pour rester proche d’Emily, tente de la soustraire au groupe. De leur côté, Catherine, Sophia et Nathan repartent à la recherche de Bill Ward...

Catherine, Sophia, Zoé et les autres survivants, enfin réunis, se préparent à l'ultime attaque. Mais c'est Bill qui est le seul à tenir le destin de l'humanité entre ses mains, à condition d’être aidé par Isla...