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すばるは、星の観察が大好きな中学生の少女だが天文部は彼女一人。幼なじみのあおいも、今は別の学校に通っていて疎遠な間柄になっている。ある日すばるは、校内で見知らぬ美しい温室のような場所に出てしまう。そこに佇む少年、みなと。驚くすばるに彼は優しく話しかけてきた。恥ずかしくて思わず部屋を後にしたすばるが教室も戻ると、そこには４人の女の子が話し合いの最中で......。その中には、なんとあおいもいた。

初めてエンジンのかけら集めをした翌日、すばるが登校するとあおいたち4人がクラスメイトになっていた。会長ことプレアデス星人はななこの通訳で、この5人は本来交わらない時空の人間が集まっていると、すばるに説明してくれた。放課後にすばるはドライブシャフトの操縦をあおいに教わるが、どうもぎくしゃくしてしまう。そんな時エンジンのカケラが現れた。5人は回収に向かうが、またも謎の少年が邪魔をする！

表向きは「コスプレ部」として、エンジンのカケラ集めをすることにしたすばるたち。だが５人は会長から遠回しに「ポンコツ」といわれ、すばるはそんな不完全な自分に落ち込む。それから数日後、エンジンのかけらを求めて飛び立ったすばるたちだったが、例によって謎の少年が現れて、カケラの奪い合いに。その結果、カケラは海中へと沈んでしまった。すばるたちは海底に潜って、カケラを探し出そうとするのだが......。

成層圏まで行くことが出来るようになったすばる達。だが、次のカケラはなんと月の衛星の軌道上に出現した。すばる達は、ひかるの一言をきっかけに月へ行く為の特訓を始めることに。 一方、ひかるの両親による『宇宙にピアノの音を届ける』プロジェクトが進行しているのだが...

学校の演劇祭が近づき、すばる達のクラスでは劇の配役を決めていた。 いつきは主役のお姫様に選ばれ、皆納得の結果になっていたのだが...。 そんな時、流星予報によりカケラの出現が分かる。しかし、回収に行こうにも場所が不確定。ならばとカケラを自分たちの方へ引き寄せようと試みるのだが、逆にカケラの方へと引き寄せられるすばる達。すばる達が辿りついた先は...。

これまで地球の衛星軌道上で、不可視状態にしてあったプレアデス星人の宇宙船が実体化しつつあった。カケラを回収し、宇宙船の実体化を食い止めないと、大変な事になってしまうという。 運よくカケラが出現し、回収に向かうが、謎の少年の妨害もなく、無事にカケラを手に入れることができたすばる達。 しかし、そのカケラにはどことなく見覚えが...。

みなとの姿を見失い、落ち込むすばる。温室に残っていた花を育てようと、すばるは園芸部に混じって花壇で世話を始める。一方あおいは、そんなすばるの様子を心配するも、なにもできない自分にモヤモヤしていた。 そんな時に太陽付近にカケラが出現。すばるたちは回収に向かうが、カケラは太陽に落下しつつある彗星の中にあるらしい!?

地球から0.25光年先の太陽系最外縁部に出現したカケラ。その場所は光の速さで３ヶ月もかかる上に、誰か一人が先行してその位置を特定する必要があるという。その一人旅に志願したのは、ななこだった。光速に近い速さで飛行をすることになったななこの主観では半日程度の旅だが、深遠の宇宙にただ一人という状況に、ななこは自分の家族のことに思いを巡らせる。

せまる文化祭。コスプレ部は衣装の展示を、すばるは天文部で簡易プラネタリウムをやることにした。天文部はすばる一人だが、みなとに手伝ってもらって準備は順調。いい雰囲気のすばるとみなとを見て、ひかるたちは文化祭のカップルコンテストにこっそり二人をエントリーしようと画策する。一方、天文部でプラネタリウムの準備作業を進めるすばるに、みなとは「本物の宇宙を見てみたい？」と問う。

黒衣の少年によって、文化祭の準備のため一時的に天文部に保管されていたカケラがすべて持ち去ってしまう。さらに彼は、新たなカケラを自分がいる成層圏付近へと引き寄せはじめた。カケラを奪われ魔法の力が弱まり、追跡には5本のシャフトを合体させるしかない。当然乗れるのは誰か一人だけ。みなとの正体に動揺していたすばるだが、決意を胸にその大役を買って出る。

カケラを取り戻したすばるは、引き換えに魔法の力を失ってしまった。驚き困惑するすばるだが、5人はくよくよしても仕方が無いと、今は文化祭を精一杯がんばって楽しむことにする。すばるの思いをよそに、文化祭ではコスプレ部の展示も天文部のプラネタリウムも大盛況。そして文化祭も終了しかけた頃、最後の流星予報が来た！ しかし、その位置ははるか銀河の彼方。会長は１人で行こうと考えるが......。

銀河の彼方に現れた最後のカケラを追って、ジャンプを続けて辿り着いた場所は、光すら歪む宇宙の果て、ブラックホールの目前。会長によると、最後のカケラはこのブラックホールの中にあるという。このままだと回収どころか、この宇宙から離脱してしまう！ それを食い止めるためには、ブラックホールからカケラを引き戻すしかない。果たして最後のカケラを手に入れ、宇宙船のエンジンを無事直すことができるのか？