Um dia, uma certa cidade desaparece completamente do mapa. Três anos depois, um mensageiro solitário chamado Takuya salva Yuki, a única sobrevivente da cidade agora conhecida apenas como Lost, e os dois começam sua viagem para o vazio que já foi uma vez uma cidade.

Depois que Takuya é gravemente ferido por um garoto misterioso, fica decidido que ir direto para Lost é muito perigoso. Yuki e os outros tentam fugir, mas Suzuna e a Agência interferem. Assim como uma perigosa faca que empunhada por Tama-shi.

Takuya, Yuki e Geek ficam presos em uma estranha abertura no espaço perto de Lost. Preocupados com Yumiko e Kouta, eles procuram uma saída. Mas Geek se depara com algo em que não pode acreditar. Os membros do SPR5, incluindo Yua, aparecem bem diante de seus olhos.

Takuya é enviada à UTI e Yuki está traumatizada por ter machucado seu irmãozinho. Sem que eles soubessem, várias pessoas começaram a tomar medidas. Algumas apareceram para ajudar. Para encontrar a verdade. Enquanto outros trabalham para manter os planos da Agência em andamento.

Com a recente descoberta de Tsuki's Tears, o famoso mágico Yoshiaki aparece diante de Takuya. Ele pede ajuda para capturar Tsubasa, líder da Brigada de Ladrões Fantasmas X. Com dúvidas em seu coração, Yoshiaki e Yuki perseguem sua família.

Yuki luta com Souma na esperança de trazê-lo de volta aos seus sentidos. No entanto, às vezes é difícil entender os verdadeiros sentimentos de seus irmãos. Justamente quando eles pensam que encurralaram Souma, ele convoca e ataca com Tsubasa.

Takuya entra em contato com seu passado, uma missão fracassada na Academia Luz da Esperança para Crianças Deficientes. Ao entrarem, Takuya e os outros caem em outra abertura no espaço. Eles têm um objetivo, encontrar evidências para derrubar a Lacuna.

Takuya e os outros decidiram infiltrar-se no Laboratório Químico de Lacuna, a fim de arrastar a Agência para o exterior. Com a ajuda de Yoshiaki, eles usam a mídia pública para chamar a atenção para as infrações da empresa e estimular a polícia a agir.

Entre os voluntários, apenas Daichi, Taiyo e Tsuki sobrevivem. Os três começam a trabalhar no Projeto Noah, a fim de salvar milhões de pessoas. Enquanto Daichi continua sua pesquisa, ele conhece uma mulher chamada Miyuki e começa a questionar suas ações.

Yuki e Takuya têm que fazer uma escolha. Eiji e Kikyo tentam impedir que os dois vão para Lost, contando-lhes os verdadeiros perigos do lugar. Enquanto isso, Taiyo começou a avançar para as etapas finais de seu plano para completar o portal.

Takuya e Yuki conseguem se manter unidos quando entram em Lost. Eles encontram Taiyo tentando eliminar o pai de Yuki, Daichi. Enquanto Daichi luta, ele revela à Yuki que tinha preparado tudo para ela e que ela agora deve fazer uma escolha.