某一天，某個都市突然消失——唯一倖存下來的少女小雪，被神秘組織所囚禁，她也漸漸封閉了自己的內心。而救出這樣的小雪的是，孤身一人的運輸員拓也。兩人以小雪父親傳來的信息為根據，打算前往消滅都市。然而在他們前行的路途上，無法想象的困難在等着他們。

在前往消滅都市的途中，由於神秘少年的襲擊而受了重傷的拓也。他判斷再這樣繼續追尋消滅事件會很危險，打算暫時從封鎖地區撤退。敵方組織的幹部·鈴奈的追兵，正在逼近着兩人。雖然得到了曾經的夥伴由美子和幸太的幫忙，但在組織所操縱的念靈面前，他們還是陷入了窮途末路。

拓也和小雪，打算與前來救援的極客一起逃出封鎖地區，就在這時，被捲入消滅事件的偶像·SPR5的由雅卻突然出現在他們的面前。極客推測他們由於消滅事件所導致的時空扭曲而穿越到了過去，而小雪的樣子卻變得有點奇怪——如何才能回到原來的世界呢……

與自己的弟弟·蒼真的悲劇再會讓小雪的精神暴走，引發了第二次的消滅現象。雖然好不容易被救了出來，但是拓也受了重傷還未醒來，小雪也暫住在英司的家中躲避風波。出現在非常消沉的小雪面前的是，繼承了死去父親的意志的警察·涼子。涼子打算找出敵方組織的秘密，以及即將查明的關於消滅現象的秘密到底是什麼。

魔術師·慶明持續地搜尋着自己分別的哥哥銀翼，他認為只要自己拿到哥哥一直在尋找着的聖物就能再次與他見面。與此同時小雪為了阻止弟弟蒼真的暴走而打算拿到聖物。拓也和小雪覺得自己和慶明利益一致，決定和他並肩作戰。而在消滅事件後消失了蹤跡的銀翼卻突然出現在了他們面前……

怪盜團X的團長銀翼在被蒼真的操控下發起了激烈地攻擊，而面對這樣的他，弟弟慶明卻感到非常困惑。拓也和小雪、以及怪盜團的成員們都團結一致來對抗銀翼。然而失去理智的銀翼的進攻非常猛烈，所有人的攻擊都對他無效。在束手無策的狀況下，慶明所採取的行動是？圍繞着聖物的三方勢力的攻防又會演變成如何……

小雪將處於昏迷狀態的蒼真留在了英司的宅邸進行養傷。與此同時，拓也得知了曾經進行過潛入調查的兒童養護設施與敵方組織有着聯繫，打算與想要報同間設施出來的慶明、涼子的仇的同事勇次、偵探圭吾一起趕往荒廢的學園遺蹟。拓也在那裡看見了理應被捲入了消滅事件的日菜子老師和孩子們的身姿，認真直視了自身的後悔。

養護設施和LACUNA化學研究所有着聯繫，孩子們被作為人體實驗的材料。得到了物證的拓也決定和夥伴們團結起來對抗敵方組織。他們認為從正面撞過去也沒有勝算，於是通過媒體來揭露敵人組織秘密的作戰開始了。另一方面，敵方組織的首領·太陽有一個可怕的計劃。拓哉他們的作戰能否成功，能將太陽逼上絕路嗎……

這是小雪出生之前，年輕時的父親·大地的故事。大地為了某個目的，和太陽、皎月一起從另一個平行世界來到了這裡。而太陽和皎月控制組織，反覆進行人體實驗。為了完成連接平行世界的傳送門，大地埋頭於研究。這樣的他，某天遇到了一位名叫美冬的女性，加深了自己對使命的執着。不久後，大地和太陽發生了衝突……

小雪親手葬送了蒼真，以及在一旁註視着小雪的拓也。英司和桔梗擔心兩人的安危，向他們擺明了一個真相。失落之地充滿了影響人體的波動性物質，進入的人無一生還。為對方着想的，進退為難的拓也和小雪。兩個人做出的決斷會是什麼？

互相確認了彼此決心的拓也和小雪，終於走向了失落之地。為了即使受到波動性物質的影響，兩人也能繼續保持意識和記憶，極客等人摸索着從外部支援的方法。另一方面，太陽也確認了大地一直存在於失落之地的內部，為了做個了斷而自行前往失落之地。在失落之地的最深處，兩人看到了什麼……