Eines Tages wurde eine Stadt vernichtet. Yuki ist eine junge Frau, von der gesagt wird, dass sie die einzige Person ist, die nach der Vernichtung der Stadt noch übrig geblieben ist. Takuya ist ein Einzelgänger und Schmuggler. Zusammen mit dem Brief, den Yukis Vater hinterlassen hat, gehen sie auf die Stadt zu, die jetzt Lost heißt, aber unerwartete Hindernisse stehen ihnen im Weg. Die Gedanken der Zurückgelassenen, geheime und mysteriöse Organisationen und versteckte Verschwörungen erwarten Yuki und Takuya, während sie sich dem Geheimnis hinter Lost nähern.

ある日、ひとつの都市が消滅した――　一匹狼の運び屋の男タクヤと、消滅から唯一生還したと言われる少女ユキ。ふたりは、消息を絶ったと思われていたユキの父親からのメッセージを頼りに消滅都市へと向かうことになる。しかし、そんなふたりの前に思わぬ障害が立ちはだかる。それはユキにとって、あまりに衝撃的な現実で――残された人の想い、暗躍する謎の組織、そして隠された陰謀。タクヤとユキ、全くの他人だったふたりは、旅の中で絆を深めつつ、消滅都市の謎へと迫ってゆく。

Em um dia, uma cidade desaparece de repente, sem deixar vestígios. Yuki é uma jovem que se diz ser a única sobrevivente da cidade após o desaparecimento, e Takuya é um mensageiro contratado que salva Yuki de um laboratório. Juntos, com uma carta deixada pelo pai de Yuki como única pista, eles vão em direção à cidade, agora chamada de "Lost", mas obstáculos inesperados estão em seu caminho. Os pensamentos daqueles que ficaram para trás, organizações secretas e misteriosas conspirações ocultas esperam Yuki e Takuya enquanto se aproximam do mistério por trás da cidade perdida "Lost".

一天，某个都市突然消失——

孤身一人的运输员拓也，与唯一从消灭中生还的少女小雪。两人靠着本以为音信全无的小雪父亲传来的信息，而开始前往消灭都市。

然而，两人面前出现了意想不到的阻碍。那是对于小雪而言，过于冲击的现实——

对幸存者的思念，暗中活跃的神秘组织，以及被隐藏起来的阴谋。拓也与小雪，原本素昧平生的两人，随着旅行逐渐加深关系，并逐渐逼近消灭都市的谜团