高校1年のひとみは、憧れの先輩天野に想いを伝えるべく100メートルの全力疾走に挑む。その時、高校のグラウンドに剣を構えた少年バァンと巨大な竜が現れた！ 占いとロボットという一見相反する要素を、人の想いを軸に綯交ぜにした新世代ファンタジーが今、幕を開ける！

光の柱に包まれたひとみが気づいたのは、空に月と地球が浮かび、豊かな自然の中で人間と獣人が共存し、そして竜が跋扈する不思議な世界ガイアだった。バァンの戴冠式に招かれたひとみだったが、そこに姿を消した巨大な敵の侵攻が始まり、バァンはエスカフローネに搭乗する！

再び出現した光の柱により、崩壊する王国から辺境の地に転移させられたひとみとバァン。そこで彼らを救ったのは、見目麗しくも最強の騎士、アレンだった。その姿に胸をときめかせるひとみ、最強のライバル出現を実感するバァン。三人の出会いが、ガイアの未来にとって意味するものは？

ファーネリアを滅ぼしたザイバッハのディランドゥが、アレンの砦に攻撃を仕掛けてきた。復讐に血気をはやらせるバァンに、アレンは真の侍がとるべき道を説き諌めるのだが、バァンは自ら囮となってエスカフローネで飛び立つのだった。

ディランドゥに討ち取られ、彼らの拠点浮遊要塞ヴィワンに連行されたバァンが出会った敵の軍師は、失踪した彼の実兄フォルケンだった。兄の裏切りに驚愕するバァン。一方、アレン達はひとみのビジョンでヴィワンの位置を突き止め急襲。浮遊要塞は激戦の場と化すのだった！

クルゼードは彼らの故国アストリアに、ひとみとバァンを伴って帰還した。彼らを出迎えたのは、第3王女のミラーナ。アレンに親しげに接するその姿に、ちょっとショックを受けるひとみだった。だが一見穏華美で穏やかなこの国にも、陰謀の影が忍び寄ってきていたのだった。

アレンとミラーナについての情報に、一喜一憂を繰り返すひとみ。そんな彼女が何者かに誘拐された！ 運河を潜水艇で逃げる誘拐犯を追って、バァンはエスカフローネで運河に飛び込む。そしてようやく彼女を救い出したところに、再びディランドゥのアルセイデスが強襲をかける！

アレンは、祖国を捨てる覚悟でアストリアを後にする。一方アストリアに迷惑がかかることを厭い離れたひとみとバァンは、ザイバッハのエナジスト採掘場で、敵と一戦交えることに。そして地割れがひとみを呑みこもうとした時、バァンの知られざる秘密が一つ明かされるのだった！

ひとみを地割れから救ったのは、純白の翼をはやしたバァンであった。その姿は、かつてひとみが幻視したビジョンそのもの。彼の生い立ちについての話を聞きながら、不思議な絆を意識するひとみ。しかし、平穏な一時も束の間、アルセイデスの追撃が始まった。

フレイド公国に着いた一行は、シド王子の歓迎を受ける。ザイバッハの魔の手が公国に迫りつつあることを伝える一行に、シドは捕虜にしたミゲルを尋問し真相を探るよう家臣に命じる。だがその頃、秘密が漏れることを懸念したフォルケンの放った刺客が公国に潜入しようとしていた。

バァンたちは、高僧に化けたまやかし人ゾンギの陰謀で叛逆者の嫌疑をかけられ、捕えられてしまった。ゾンギは幻の月から来た不思議な力の持主と噂されるひとみに対し尋問を開始、その秘密を知ろうとするのだが、催眠状態であったひとみに、その正体を見破られるのだった。

フレイド公王も視察から戻り、公国はザイバッハへの臨戦体制に突入して行く。ゾンギの死の瞬間のビジョンを見て以来、ひとみは占いに対し恐怖心を抱くようになるのだが、たっての希望でシド王子の運命を占うことにした。そこには、シドとアレンの知られざる関係が浮かび上がり…。

ザイバッハ帝国の大攻勢に、フレイド公国の王宮は陥落した。王宮を脱出したひとみたちは、公王と共にフォルトナ大寺院へ移動、篭城する。そこには、公国が守り続けてきた秘密が封印されていた。ザイバッハ帝国は、アトランティスの力を解き放つ封印の剣を要求する。

フレイド公国での戦闘後、原因不明の重態で生死の境を彷徨うバァン。やがて一行は、その症状がエスカフローネの破損個所と一致することから、両者が同調していることに気づくのだが、どうすることもできない。そこへアストリアの商船団に乗ったミラーナの婚約者、ドライデンが現れる。

死の世界から何とか生還したものの、死の恐怖に憑かれ剣をふるえなくなってしまったバァン。だがそれを乗り越えるのは、自分の中の真の奥義に気づくしかないのだ。そして、新たな敵が奇襲をかける。金と銀のティリングを操るしなやかな幸運強化兵姉妹ナリア、エリヤ登場！

レンの父レオンの手記に記された、幻の谷に向うことにした一行。レオンの手記によれば、彼が幻の谷究明に没頭したきっかけは、ガイアに転移した若き日のひとみの祖母との再会であったという。運命のいたずらに困惑するひとみ。そこにティリングの攻撃が始まった！

古代アトランティス人の街並みが拡がる幻の谷。それは、かつてひとみが死の淵で目撃したビジョンそのものだった。死者の想いが交錯する空間で、一行はガイア界創生の謎を知ることになる。この世に亡き人々との邂逅が、ひとみに、アレンに、そしてバァンにもたらしたものは？

ひとみ、バァン、アレンは、光の柱に導かれ、ザイバッハ帝国の皇帝ドルンカークのもとへ転移した。ドルンカークは自身の数奇な出自と、民のために運命改変装置で運命を自由に操作する計画について語ると、彼らに協力するよう求めるが、ひとみ達はその言い分が納得できず…。

計画を遂行するには、ひとみとバァンの仲を裂くことが急務だ！ ドルンカークの命により、フォルケンはひとみとアレンを運命改変装置によって結びつける作戦を実行する。おりしも、ひとみ、バァン、アレン、ミラーナそしてドライデンらの間には、いくつかの転機が迫っていた。

ひとみはミラーナの頼みで、ドライデンとの結婚を占うことになったが、その結果は最悪。だが、アレンとの仲を壊されたくないひとみは、そこに出た幸運のカードに願いを託し、偽りの結果を教えてしまう。そして式の当日、幸運血液で強化したナリア、エリヤが式場を襲った！

結婚式場を襲ったナリアとエリヤだったが、すんでのところで幸運強化の反作用に襲われ、二人は退却した。だがその直後、舞い戻ったナリアによりひとみは誘拐されてしまう。ひとみの身を案じるバァンはエスカフローネを駆ると、兄フォルケンの浮遊要塞に向う。

ナリア、エリヤを失ったフォルケンは、ドルンカークのやり方に疑念をいだくようになった。そしてフォルケンは、バァンをファーネリアに呼びだした。今や廃墟と化した故国で対峙する兄弟。そこに突如現れ、バァンに襲いかかる地竜！ 果たしてフォルケンの真意は何なのか？

フォルケンの亡命を契機に、周辺諸国と軍事同盟を結び、ザイバッハ帝国との臨戦体制をとるアストリア。だが出陣を前に各国の船団が集結する港に、突如真紅の新型ガイメレフ、オレアデスが奇襲をかけてきた。そう、あの男が還ってきたのだ。その狂戦士の名は、ディランドゥ！

突如出現した光の柱によって、ガイアに転移する前日の地球に戻って来たひとみ。明日、天野に告白すれば、同じように再びガイアへ行くことになるだろう。だが、告白しなければ、このまま地球にとどまれる…。思い悩みながら、ついにひとみが辿り着いた答えは…。

アストリア同盟軍とザイバッハ帝国の、決戦の火蓋がついに切って落された。戦場で熾烈な戦いが繰り広げられている頃、ひとみは戦いの元凶であるドルンカークとの決着を望むフォルケンと共に、ドルンカークの元へ赴いた。そして、フォルケンの刃はドルンカークの肉体を切り裂くのだが…。